5款常用蛋白質(zhì)序列比對(duì)工具推薦檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

引言：為什么dànbáizhì序列比對(duì)如此重要？

dànbáizhì的功能往往蘊(yùn)含在其序列信息中。氨基酸序列中的保守區(qū)域、活性位點(diǎn)或修飾位點(diǎn)，都是功能預(yù)測(cè)的關(guān)鍵線索。通過與數(shù)據(jù)庫中已知蛋白序列進(jìn)行比對(duì)，我們可以：注釋未知蛋白功能；發(fā)現(xiàn)同源蛋白或進(jìn)化分支；識(shí)別結(jié)構(gòu)域、結(jié)合位點(diǎn)或抗原表位；為蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、分子對(duì)接和藥物篩選打基礎(chǔ)。而選擇一個(gè)合適的比對(duì)工具，可以在提升準(zhǔn)確率的同時(shí)，顯著提高分析效率。

一、dànbáizhì序列比對(duì)工具

1、BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

作為zuì經(jīng)典、zuì廣泛使用的序列比對(duì)工具，BLAST 幾乎是所有dànbáizhì分析的起點(diǎn)。它通過局部比對(duì)方法，快速找出目標(biāo)序列與數(shù)據(jù)庫中相似序列的片段。

（1）用途：快速本地序列比對(duì)，識(shí)別同源蛋白

（2）亮點(diǎn)：

• 支持蛋白對(duì)蛋白（blastp）、核酸對(duì)蛋白（blastx）等多種模式

• 接入NCBI數(shù)據(jù)庫，涵蓋物種廣泛

• 可自定義數(shù)據(jù)庫進(jìn)行離線分析

（3）適合場(chǎng)景：

• 快速識(shí)別未知蛋白的可能功能或物種來源

• 疾病突變位點(diǎn)的功能保守性分析

2、Clustal Omega

Clustal Omega 是多序列比對(duì)的黃金標(biāo)準(zhǔn)，特別適合對(duì)一組蛋白序列進(jìn)行進(jìn)化分析或功能區(qū)域挖掘。

（1）用途：多序列比對(duì)，發(fā)現(xiàn)保守區(qū)域

（2）亮點(diǎn)：

• 可比對(duì)幾十到上百條序列

• 輸出格式適合用于繪制系統(tǒng)發(fā)育樹

• 效率遠(yuǎn)高于早期的 ClustalW

（3）適合場(chǎng)景：

• 探索蛋白家族的演化關(guān)系

• 分析保守結(jié)構(gòu)域與功能位點(diǎn)分布

3、MUSCLE

與Clustal Omega類似，MUSCLE 更注重dànbáizhì序列比對(duì)精度，常用于發(fā)表級(jí)別的進(jìn)化樹構(gòu)建。

（1）用途：高精度多序列比對(duì)

（2）亮點(diǎn)：

• 高保真度比對(duì)，適合高相似度序列

• 輸出兼容多種可視化軟件（如 Jalview）

（3）適合場(chǎng)景：

• 病毒、細(xì)菌株系變異序列分析

• 蛋白亞型分析及疫苗靶點(diǎn)篩選

4、PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST)

PSI-BLAST 是BLAST的進(jìn)階版，適合在標(biāo)準(zhǔn)BLAST未能檢出的情況下尋找低相似度但功能相關(guān)的蛋白。

（1）用途：識(shí)別遠(yuǎn)緣同源蛋白

（2）亮點(diǎn)：

• 構(gòu)建位置特異性打分矩陣（PSSM）

• 更適合進(jìn)化分析和功能預(yù)測(cè)

（3）適合場(chǎng)景：

• 難以注釋的未知蛋白功能預(yù)測(cè)

• 遠(yuǎn)緣物種之間的功能保守性探索

5、HMMER

HMMER 利用概率模型進(jìn)行dànbáizhì序列比對(duì)，特別適用于從序列中識(shí)別出特定結(jié)構(gòu)域、家族模式等。

（1）用途：基于隱藏馬爾可夫模型的序列比對(duì)

（2）亮點(diǎn)：

• 支持 Pfam 數(shù)據(jù)庫，專注于蛋白結(jié)構(gòu)域識(shí)別

• 精度高于傳統(tǒng)比對(duì)工具，尤其在短片段中表現(xiàn)優(yōu)異

（3）適合場(chǎng)景：

• 結(jié)構(gòu)域注釋與蛋白家族分類

• dànbáizhì組數(shù)據(jù)庫搜索、蛋白功能標(biāo)簽預(yù)測(cè)

二、總結(jié)與推薦選擇建議

百泰派克生物科技：一站式dànbáizhì序列比對(duì)與注釋平臺(tái)

在dànbáizhì組學(xué)與藥物研發(fā)服務(wù)中，百泰派克生物科技整合上述多種比對(duì)算法，構(gòu)建了自動(dòng)化、多通道的蛋白序列注釋流程，廣泛應(yīng)用于以下項(xiàng)目：

* 【靶點(diǎn)篩選】：通過 BLAST + HMMER 組合，jīngquè識(shí)別疾病關(guān)鍵蛋白及其功能家族；

• 【功能注釋】：整合 Clustal Omega 與 Pfam，實(shí)現(xiàn)多序列比對(duì)與結(jié)構(gòu)域標(biāo)注；

• 【突變分析】：結(jié)合 PSI-BLAST 與蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)工具（如 AlphaFold），預(yù)測(cè)突變影響；

• 【高通量數(shù)據(jù)挖掘】：結(jié)合質(zhì)譜定量數(shù)據(jù)與序列分析，建立靶點(diǎn)優(yōu)先級(jí)模型。

如果您正在進(jìn)行未知蛋白注釋、靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)、或功能位點(diǎn)預(yù)測(cè)，百泰派克生物科技可提供從原始數(shù)據(jù)處理到可視化報(bào)告生成的一站式解決方案，助力您在項(xiàng)目中快人一步。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

5款常用蛋白質(zhì)序列比對(duì)工具推薦檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹