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如何克服無標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)的重現(xiàn)性問題?

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百泰派克生物科技-生物藥物表征,生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Biotech Pack Scientific Co., Ltd. 簡稱BTP)從事以生物質(zhì)譜為依托的生物藥物表征,大分子物質(zhì)(包括蛋白質(zhì)、多肽、代謝物)質(zhì)譜分析以及小分子物質(zhì)檢測服務(wù)。

l 公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,專業(yè)提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù);

l 獲國家CNAS實驗室認(rèn)可,為客戶提供符合藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);

l 業(yè)務(wù)范圍覆蓋蛋白質(zhì)組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;

l 7大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務(wù)需求;

l 服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;

l 致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!






業(yè)務(wù)范圍主要圍繞蛋白和小分子代謝物檢測兩大板塊,從事蛋白質(zhì)和小分子代謝物的理化性質(zhì)分析及結(jié)構(gòu)解析等相關(guān)技術(shù)服務(wù),為客戶提供高性價比、高效率的技術(shù)服務(wù)。

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如何克服無標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)的重現(xiàn)性問題?檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

無標(biāo)記dànbáizhì組學(xué)(Label-Free Quantitative Proteomics)因其樣本通量高、操作流程相對簡潔、無需昂貴試劑而被廣泛應(yīng)用于疾病機制研究、生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)和藥物作用靶點篩選。然而,隨著大規(guī)模項目的不斷推進,研究者也逐漸意識到——重現(xiàn)性差是制約無標(biāo)記定量深入應(yīng)用的核心瓶頸之一。本文將從實驗設(shè)計、樣品處理、質(zhì)譜采集到數(shù)據(jù)分析四個關(guān)鍵環(huán)節(jié)出發(fā),系統(tǒng)解析如何提升無標(biāo)記dànbáizhì組學(xué)的重現(xiàn)性。


一、無標(biāo)記定量為何容易“變臉”?

無標(biāo)記定量方法主要依賴MS1級別的信號強度進行dànbáizhì定量,與TMT或iTRAQ等基于同位素標(biāo)簽的方法不同,其更容易受到樣品批間差異、離子化效率波動、LC-MS系統(tǒng)穩(wěn)定性等多種因素的干擾。

常見重現(xiàn)性問題包括:


  • 不同批次樣品定量結(jié)果波動大

  • 技術(shù)重復(fù)間蛋白定量標(biāo)準(zhǔn)差高

  • 低豐度蛋白檢出不穩(wěn)定


這不僅影響數(shù)據(jù)的統(tǒng)計顯著性,也給生物學(xué)解釋帶來偏差。因此,建立一套系統(tǒng)性的優(yōu)化策略,是提升無標(biāo)記蛋白組學(xué)可靠性的關(guān)鍵。


二、提升重現(xiàn)性的四大關(guān)鍵環(huán)節(jié)

1、實驗設(shè)計:合理控制變量是dìyī步

在蛋白組學(xué)項目中,生物重復(fù)與技術(shù)重復(fù)的設(shè)置必須科學(xué)嚴(yán)謹(jǐn)。推薦:


  • 每組設(shè)置≥3個生物重復(fù),確保統(tǒng)計顯著性

  • 同一批次內(nèi)完成樣本處理和上機,避免跨批次系統(tǒng)誤差

  • 隨機化上機順序,降低時間漂移影響


此外,對于時間跨度較長的項目,應(yīng)設(shè)立質(zhì)控參考樣品(QC sample),用于監(jiān)測系統(tǒng)波動與批次間數(shù)據(jù)歸一化。


2、樣品處理:標(biāo)準(zhǔn)化流程是重現(xiàn)性的保障

從組織勻漿、蛋白抽提、酶切消化到樣品凈化,每一步都可能引入變異。建議采取以下措施:


  • 使用統(tǒng)一的裂解緩沖液和蛋白定量方法(如BCA)

  • 盡量使用自動化液體處理系統(tǒng)減少人工誤差

  • 固相萃?。⊿PE)凈化步驟建議標(biāo)準(zhǔn)化耗材品牌與流程


3、LC-MS采集:系統(tǒng)穩(wěn)定是核心基礎(chǔ)

無標(biāo)記定量依賴色譜峰面積,因而對LC-MS系統(tǒng)的穩(wěn)定性要求jígāo。

優(yōu)化策略包括:


  • 每日校準(zhǔn)儀器,監(jiān)測保留時間漂移與信號強度

  • 使用數(shù)據(jù)依賴采集(DDA)+動態(tài)排除策略,提升譜圖覆蓋率

  • 設(shè)置iRT標(biāo)準(zhǔn)肽以校正保留時間波動


4、數(shù)據(jù)分析:合適的歸一化和統(tǒng)計模型是“zuì后一道防線”

即使在理想實驗條件下,少量技術(shù)波動仍然不可避免。此時,數(shù)據(jù)歸一化和差異蛋白篩選方法顯得尤為關(guān)鍵。

推薦使用:


  • MaxQuant、Spectronaut 等成熟平臺進行定量與識別

  • 基于總離子強度或中位數(shù)歸一化的方法進行批次矯正

  • 差異分析中使用limma、MSstats等帶有方差穩(wěn)定化模型的統(tǒng)計方法


此外,建議進行PCA主成分分析與批次效應(yīng)評估,對異常樣本進行質(zhì)控剔除。


無標(biāo)記dànbáizhì組學(xué)雖然存在一定的重現(xiàn)性挑戰(zhàn),但通過從實驗設(shè)計到數(shù)據(jù)分析的全流程優(yōu)化,wánquán可以實現(xiàn)可靠且具有生物學(xué)意義的數(shù)據(jù)輸出。選擇具備經(jīng)驗、技術(shù)平臺完善的合作方,將極大提升研究效率和結(jié)果可信度。如您正在開展大規(guī)模蛋白組學(xué)研究或關(guān)注無標(biāo)記定量的方案優(yōu)化,歡迎聯(lián)系百泰派克生物科技,我們將以嚴(yán)謹(jǐn)?shù)目蒲袘B(tài)度和zhuānyè的技術(shù)服務(wù),為您的科研項目保駕護航。


百泰派克生物科技特色項目


一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析,提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù),包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,Cduāncèxù和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù),對蛋白序列進行分析。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。



二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。



三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,采用金屬元素標(biāo)記物(通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體)標(biāo)記細胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細胞原理分離單個細胞,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個細胞的原子質(zhì)量譜,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1.技術(shù)優(yōu)良,*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標(biāo)同時進行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大,成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,而流式質(zhì)譜技術(shù)一次(單樣本)就可分析至少10^5的細胞,實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景;

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾;

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。



四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進行免疫肽組學(xué)分析,可從zuì小的樣品材料中進行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標(biāo)。



五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),MALDI TOF,高效色譜分離技術(shù),提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。



百泰派克生物科技七大檢測平臺

如何克服無標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)的重現(xiàn)性問題?




百泰派克生物科技-生物制品表征,生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設(shè)備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù);

2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務(wù)需求;

5.服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!



如何克服無標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)的重現(xiàn)性問題?檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹



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