LC-MS/MS 在無標記定量蛋白質(zhì)組學中的應用解析檢測技術服務詳情介紹

一、LC-MS/MS：無標記定量的核心技術支撐

無標記定量（Label-Free Quantification, LFQ）之所以成為當前dànbáizhì組學研究中的主流定量方式之一，很大程度上得益于 LC-MS/MS 技術的發(fā)展。LC-MS/MS 是液相色譜與串聯(lián)質(zhì)譜的聯(lián)合平臺，其中 LC 負責將復雜多肽混合物進行高效分離，MS/MS 則對分離后的肽段進行定性與定量檢測。在 LFQ 中，質(zhì)譜一級（MS1）的信號強度——即肽段的峰面積，是蛋白相對豐度計算的關鍵依據(jù)，而 MS/MS 生成的碎片譜圖則用于蛋白鑒定。這種依賴高分辨率、高穩(wěn)定性的檢測體系，使得 LC-MS/MS 成為 LFQ 成敗的決定性因素。

二、從樣本到數(shù)據(jù)：LC-MS/MS 在 LFQ 中的完整流程解析

無標記定量dànbáizhì組學的實驗流程從樣本準備開始。蛋白抽提后需進行酶解、脫鹽并統(tǒng)一濃度，確保上機一致性。隨后，樣本經(jīng)納升液相色譜分離系統(tǒng)處理，通常使用反相 C18 柱，并通過梯度洗脫在 60~120 分鐘內(nèi)緩慢釋放肽段，有效提升分離度，減少共洗脫現(xiàn)象。隨后進入質(zhì)譜分析階段，常用的數(shù)據(jù)采集模式包括 DDA（依賴zuì強離子進行碎裂）和 DIA（覆蓋所有預設 m/z 區(qū)間，數(shù)據(jù)完整性更強）。zuì后，通過 MaxQuant、DIA-NN 等工具完成蛋白定量、歸一化處理和差異分析，構(gòu)建表達譜及功能注釋。

1、蛋白樣本前處理

LFQ樣本無需標記，通常包括以下步驟：

（1）蛋白抽提與定量（BCA、Bradford）

（2）yíméi酶解生成多肽

（3）肽段脫鹽純化（C18柱）

（4）上樣濃度標準化處理

百泰派克采用自動化液處理平臺實現(xiàn)高通量樣本前處理，提升數(shù)據(jù)一致性。

2、液相色譜分離（LC）

肽段混合物上樣后，先通過納升級反相色譜系統(tǒng)進行分離：

（1）使用 C18 納柱（通常為75 µm × 15 cm）

（2）梯度洗脫時間常設為60-120分鐘，以提高分辨率

（3）搭配在線納噴（nanoESI）提升離子化效率

高質(zhì)量的分離能減少肽段共洗脫，提升峰識別的準確性，是獲得高信噪比MS數(shù)據(jù)的關鍵。

3、質(zhì)譜檢測（MS/MS）

無標記定量常見數(shù)據(jù)采集模式包括：

（1）DDA（Data-Dependent Acquisition）：

• 優(yōu)良行MS1全掃描（300–1800 m/z）

• 選擇Top-Nzuì強峰碎片化（MS2）進行定性分析

• MS1強度用于定量（LFQ核心）

（2）DIA（Data-Independent Acquisition）：

• 將m/z區(qū)間劃分為連續(xù)窗口，同時碎裂所有肽段

• 配合離線譜圖庫或人工建庫，提升數(shù)據(jù)完整性

• 更適合大樣本量或?qū)θ笔е得舾械捻椖?/p>

4、數(shù)據(jù)提取與分析

采集完成后，LFQ定量依賴于特定軟件平臺進行數(shù)據(jù)提取與統(tǒng)計：

（1）MaxQuant + Perseus：目前zuì主流的LFQ分析組合，支持蛋白鑒定、定量與差異分析；

（2）MSFragger、DIA-NN（DIA用）：支持更快的數(shù)據(jù)搜索與高靈敏度的定量建庫；

（3）數(shù)據(jù)標準化：Log2轉(zhuǎn)化、Z-score歸一、缺失值*等；

（4）差異分析 + 功能富集 + 網(wǎng)絡構(gòu)建（如GO、KEGG、PPI分析）一體完成。

百泰派克擁有zhuānyè生信團隊，可根據(jù)客戶研究目標提供從原始數(shù)據(jù)至發(fā)表級圖表的一站式分析服務。

三、無標記定量dànbáizhì組學技術優(yōu)勢與潛在挑戰(zhàn)

1、技術優(yōu)勢：

（1）無需標記，簡化流程，降低成本

（2）適合大規(guī)模樣本批次分析

（3）支持任意樣本補充、靈活上機

（4）數(shù)據(jù)易于與轉(zhuǎn)錄組、代謝組對接

2、挑戰(zhàn)與應對：

（1）批間差異與LC漂移：解決方案是引入QC樣本 + RT對齊算法；

（2）缺失值問題：通過多重插補 + 數(shù)據(jù)歸一化模型優(yōu)化；

（3）低豐度蛋白識別率低：延長色譜梯度 + 使用DIA模式 + Orbitrap高靈敏設備提升覆蓋。

四、適用場景廣泛，靈活應對各類研究需求

得益于 LC-MS/MS 平臺的不斷升級，LFQ 已廣泛應用于多種研究方向，包括癌癥組織或血漿樣本的差異表達分析、藥物處理前后蛋白譜變化監(jiān)測、細胞信號通路激活狀態(tài)評估、外泌體及微量樣本定量研究等。尤其在機制探索、標志物篩選與高通量初篩階段，LFQ 展現(xiàn)出xìngjiàbǐgāo、結(jié)果全面、流程靈活的優(yōu)勢。通過合理優(yōu)化 LC 梯度、質(zhì)譜參數(shù)與數(shù)據(jù)分析路徑，研究者可基于 LC-MS/MS 平臺構(gòu)建系統(tǒng)而穩(wěn)定的dànbáizhì表達數(shù)據(jù)庫。

五、百泰派克生物科技：為您的 LFQ 項目提供zhuānyè支撐

百泰派克配備多臺 Thermo Orbitrap 系列質(zhì)譜儀，結(jié)合高效液相色譜系統(tǒng)與自動化前處理平臺，能夠為不同研究需求提供個性化 LFQ 技術解決方案。無論是 10 樣本還是 100 樣本，無論是組織、血液還是外泌體，我們都能提供從樣本制備、質(zhì)譜上機、數(shù)據(jù)提取到功能注釋的全流程服務，并可按需整合代謝組、轉(zhuǎn)錄組等多組學分析需求。我們致力于讓科研人員以更低的實驗門檻，獲得更高質(zhì)量的數(shù)據(jù)支持與結(jié)果轉(zhuǎn)化能力。

LC-MS/MS 不僅是 LFQ 的基礎，更是其精度和可重復性的保障。隨著質(zhì)譜硬件性能提升和數(shù)據(jù)算法不斷優(yōu)化，無標記定量dànbáizhì組學將在更多科研和產(chǎn)業(yè)化場景中發(fā)揮更大潛力。如果您正在籌劃蛋白組定量研究，歡迎與百泰派克生物科技聯(lián)系，我們將為您的研究提供強有力的技術支持和解決方案，助力科研成果從“可見”到“可發(fā)表”。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術優(yōu)良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結(jié)合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!

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