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離子阱(Ion trap)，由一對(duì)環(huán)形電極(ring electrod)和兩個(gè)呈雙曲面形的端蓋電極(end cap electrode)組成。在環(huán)形電極上加射頻電壓或再加直流電壓，上下兩個(gè)端蓋電極接地。逐漸增大射頻電壓的zui高值，離子進(jìn)入不穩(wěn)定區(qū)，由端蓋極上的小孔排出。因此，當(dāng)射頻電壓的zui高值逐漸增高時(shí)，質(zhì)荷比從小到大的離子逐次排除并被記錄而獲得質(zhì)譜圖。離子阱質(zhì)譜可以很方便地進(jìn)行多級(jí)質(zhì)譜分析，對(duì)于物質(zhì)結(jié)構(gòu)的鑒定非常有用。這種由一對(duì)環(huán)電極和兩個(gè)雙曲面端電極形成的離子阱稱為三維離子阱，離子聚焦的位置是在中心的一個(gè)點(diǎn)上，具有比較大的空間電荷效應(yīng)，常規(guī)的三維離子阱的離子存儲(chǔ)數(shù)目為幾千個(gè)。 為了避免空間電荷效應(yīng)和簡(jiǎn)化電極結(jié)構(gòu)，后來(lái)人們使用四級(jí)桿的結(jié)構(gòu)加入前后端蓋的方式開發(fā)出線型離子阱，線型離子阱的離子聚焦在一條線上面，與三維離子阱相比，增加了離子的儲(chǔ)存量，提高了儀器的靈敏度。線型離子阱有被稱為二位離子阱。
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