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色譜柱是高效液相色譜儀的心臟，在高效液相色譜儀的使用中，保持色譜柱的柱效、容量和滲透粉性，延長柱子的使用壽命非常重要。因此對高效液相色譜儀色譜柱的維護是關鍵。
高效液相色譜儀色譜柱是消耗品，因此盡可能地仔細使用會延長色譜柱的壽命。
1、色譜柱使用前注意事項
色譜柱的儲存液無特殊說明均為評價報告所示的流動相。在使用前一定要注意色譜柱的儲存液與要分析樣品的流動相是否互溶。如胺基(NH2)氰基(CN)柱均為正相條件下評價，所以如果使用條件為反相條件時，請用一中介流動相(如異丙醇)。
先置換掉柱內的儲存液，然后再應用反相條件對于C18固定相采用的是甲醇-水為評價流動相，若要使用含鹽濃度較高的流動相，使用前請用超純水或甲醇含量相對較低的甲醇-水頂替掉原來的評價流動相，否則會對色譜柱造成極大的傷害，將會明顯地減少色譜柱使用壽命。
2、色譜的使用方向
高效液相色譜儀色譜柱標簽上的箭頭所示方向是評價時流動相流動的方向，使用過程相流動的方向也按此方向。
3、流動相
流動相中所用的各種有機溶劑要盡可能地使用色譜，或至是分析純試劑配流動相水Z好是超純水或全玻璃器皿的雙蒸水。如果將所配得流動相再經過0.45或0.22m的濾膜過濾一次則更好，這一點對含鹽的流動相尤為重要。另外裝流動相的容器和色譜系統(tǒng)中的在線過濾器等裝置應該定期清洗或更換。總之，必須保證所使用的流動相和色譜系統(tǒng)是足夠的清潔。
4、樣品
樣品也要盡可能的清潔，同樣可選用樣品過濾器或樣品預處理(SPE柱)對樣品進行預處理;若樣品不便處理，要使用保護柱。在用正相色譜法分析樣品時，如無特殊要求，所有的溶劑和樣品應嚴格脫水。
5、PH值
以常規(guī)硅膠為基質的鍵合相填料高效液相色譜柱通常的PH值適用范圍是2.0-10.0。當必須要在PH值適用范圍的邊界(特別是在8.0≤PH≤10.0時)條件下使用高效液相色譜柱時，每次使用結束后立即用適合于高效液相色譜儀色譜柱儲存并與所使用的流動相互溶的溶劑清洗，并*置換掉原來所使用的流動相。
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