一、技術簡介
ChIP(染色質免疫共沉淀)是一種研究蛋白質與DNA相互作用的關鍵技術,廣泛應用于轉錄因子結合位點鑒定、表觀遺傳修飾分析等領域。
二、技術原理
利用抗原抗體的特異性結合,將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來,能夠真實地反映結合在DNA序列上的調控蛋白。
三、應用場景
1.轉錄調控研究:鑒定轉錄因子(如p53、NF-κB)的DNA結合位點。
2.表觀遺傳學:分析組蛋白修飾(如H3K27me3)在基因沉默中的作用。
3.疾病機制:探索癌癥中異常蛋白(如MYC)的基因組結合模式。
4.可與qpcr、seq等技術聯(lián)用。
四、技術優(yōu)勢
ChIP通過甲醛交聯(lián)捕獲細胞內真實狀態(tài)下蛋白質與DNA的動態(tài)結合,避免體外實驗的假陰性或假陽性,尤其適合研究轉錄因子等短暫結合事件。而特異性抗體可又精準富集目標蛋白結合的DNA片段,結合qPCR或測序(ChIP-seq)實現(xiàn)低至千細胞級別的檢測(如優(yōu)化試劑盒),靈敏度顯著,且具有廣泛適用性。
五、樣本類型
新鮮細胞(貼壁細胞/懸浮細胞)、凍存細胞、凍存組織、交聯(lián)后細胞樣本。
六、樣本需求
細胞樣本:約1×10^7個(可以是1個10cm皿,或以懸浮細胞形式存儲于離心管中,或1個T75瓶);
凍存組織:約70mg;
交聯(lián)細胞樣本:使用1%甲醛交聯(lián)處理細胞。
七、樣本準備&運輸
活細胞樣本:距離較近的可以將養(yǎng)在皿/T75瓶/離心管內的新鮮細胞樣本常溫快遞(最遲次日達)運輸,本市內可閃送或親自遞送,距離較遠的,可-80℃凍存細胞干冰運輸;
組織樣本&交聯(lián)后細胞樣本:-80℃凍存干冰運輸。
八、需提供的試劑
檢測用ChIP級抗體。
九、實驗周期
1-2周(不包含測序)
十、其他
后續(xù)檢測選擇RT PCR時,需提供后續(xù)檢測的位點。
甲醛交聯(lián)細胞具體步驟:①在細胞皿中加入終濃度為1%的甲醛,37℃孵育10分鐘;②使用含[1mM PMSF,1μg/ml抑肽酶和1μg/ml pepstatin A]的冰冷DPBS洗滌細胞兩次。③將細胞刮入含有蛋白酶抑制劑的2ml冰冷的DPBS中,并轉移到離心管中,凍存寄送。
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