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配合力試驗(yàn)缺區(qū)數(shù)據(jù)分析思路2021/01/12: 前段時(shí)間，有用戶咨詢過(guò)配合力試驗(yàn)數(shù)據(jù)缺區(qū)怎么處理的問(wèn)題，在此簡(jiǎn)單梳理一下思路，備忘。上圖中是一個(gè)NCⅡ配合力試驗(yàn)，父本5個(gè)，母本4個(gè)，區(qū)組3個(gè)，每區(qū)組1個(gè)觀測(cè)值。A1B1組合在區(qū)組3的觀測(cè)值缺失1個(gè)。缺區(qū)估計(jì)法、平均值填入法，都是“補(bǔ)齊”數(shù)據(jù)的策略，由于對(duì)后續(xù)數(shù)據(jù)分析有影響，因此不建議采用。線性混合模型用于配合力缺區(qū)分析，本質(zhì)上跟本文給出的方法是一樣的，但是，由于矩陣求逆等計(jì)算的中間誤差或者迭代誤差，計(jì)算結(jié)果準(zhǔn)確性會(huì)略差，甚至方程組無(wú)解。往白里說(shuō)就是，一些平均數(shù)可以直接計(jì)算得出，而不是非要去解線

2020年審定品種數(shù)據(jù)分析報(bào)告（玉米、水稻、小麥）2020/09/02: 2012年，北京中農(nóng)博思科技發(fā)展有限公司先后推出了，藍(lán)玉米育種材料分析軟件、水稻育種材料分析軟件、小麥育種材料分析軟件三款軟件，隨著育種系譜數(shù)據(jù)逐年快速積累，系譜數(shù)據(jù)育種價(jià)值日益凸顯，近來(lái)發(fā)展迅猛的大數(shù)據(jù)應(yīng)用技術(shù)，更是推動(dòng)了育種材料分析軟件的進(jìn)一步發(fā)展?；谄贩N和自交系的直接雜交引用分析，衍生雜交引用分析，系譜分析，以及針對(duì)玉米的SS-NSS分析應(yīng)用等技術(shù)，構(gòu)成了目前軟件的主要技術(shù)，但同時(shí)我們也深知，育種者眼中的育種系譜數(shù)據(jù)價(jià)值跟程序員會(huì)有不同，利用的思路也會(huì)不同。為了答謝軟件用戶，特制作了這份

植物科研育種材料條碼化管理2020/08/17: 植物科研育種材料條碼化管理：將傳統(tǒng)的手寫(xiě)材料編號(hào)轉(zhuǎn)換成標(biāo)準(zhǔn)的條碼（一、二維碼），從而實(shí)現(xiàn)育種試驗(yàn)材料標(biāo)記的條碼化，規(guī)范管理，提高田間數(shù)據(jù)采集效率，降低錯(cuò)誤率。育種標(biāo)簽+農(nóng)博士條碼打印系統(tǒng)+采集設(shè)備=育種材料條碼化管理我們?cè)趪?guó)內(nèi)*開(kāi)發(fā)推廣育種掛簽，普及育種科研材料條碼化管理模式。目前已成功應(yīng)用于玉米、水稻、小麥、棉花、油菜、甘蔗、向日葵、大豆、棉花、蔬菜、果樹(shù)等植物科研育種領(lǐng)域！植物科研條碼標(biāo)簽樣式植物條碼標(biāo)簽包含了作物育種、作物栽培、田間試驗(yàn)鑒定、植物保護(hù)等科研領(lǐng)域環(huán)套掛簽、吊簽、不干膠標(biāo)簽：玉

更懂育種家需求的田間育種數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)2020/07/28: 近日有農(nóng)博士育種家軟件用戶向我們反饋：“我們進(jìn)行材料的田間表觀性狀調(diào)查鑒定時(shí)，需要對(duì)材料拍很多的照片，但是傳統(tǒng)的拍照方式又很難還原我當(dāng)時(shí)對(duì)拍攝照片的意圖，如果是直接將采集的數(shù)據(jù)和照片上傳到我電腦中的育種家軟件中是很容易進(jìn)行管理的，但是我們因?yàn)楣ぷ餍枰掌€需要單獨(dú)存儲(chǔ)，你們有沒(méi)有更好的解決辦法？”農(nóng)博士育種軟件研發(fā)團(tuán)隊(duì)針對(duì)用戶的反饋，我們?cè)谶M(jìn)一步了解用戶的實(shí)際需求后，對(duì)農(nóng)博士育種家軟件采集端進(jìn)行了功能升級(jí)，育種人員使用升級(jí)后的系統(tǒng)進(jìn)行田間材料照片的采集管理將更加的輕松，實(shí)時(shí)還原當(dāng)時(shí)采集場(chǎng)景。農(nóng)博

好消息！NBS種質(zhì)資源庫(kù)信息管理系統(tǒng)正式發(fā)布2020/06/02: 為滿足不同客戶使用需求，應(yīng)農(nóng)博士育種家軟件用戶使用反饋，現(xiàn)將農(nóng)博士育種家軟件中種質(zhì)資源管理模塊進(jìn)行拆分，打造為一款獨(dú)立的種質(zhì)資源管理軟件，便于用戶進(jìn)行獨(dú)立的種質(zhì)庫(kù)管理。一、軟件特點(diǎn)農(nóng)博士種質(zhì)資源庫(kù)信息管理系統(tǒng)主要主要為國(guó)內(nèi)育種科研單位、種子公司等農(nóng)作物種質(zhì)材料的收集、保存、鑒定等提供統(tǒng)一、規(guī)范的管理。系統(tǒng)提供種質(zhì)材料基礎(chǔ)信息登記查詢、種質(zhì)材料條碼化管理、育種資源材料出入庫(kù)動(dòng)態(tài)管理，同時(shí)支持種質(zhì)材料繁殖更新的田間表觀性狀數(shù)據(jù)的電子化、標(biāo)準(zhǔn)化、條碼化采集匯總，系統(tǒng)支持PC端和移動(dòng)端種質(zhì)材料掃碼出入庫(kù)

水稻育種材料條碼化管理模式分享2020/05/21: 植物科研育種中對(duì)于材料的標(biāo)記，傳統(tǒng)的做法是人工手寫(xiě)編號(hào)，這種方式的弊端是書(shū)寫(xiě)不規(guī)范等會(huì)造成材料混亂，對(duì)于后期育種材料的數(shù)據(jù)采集、鑒定增加難度。育種材料條碼化管理是將傳統(tǒng)的手寫(xiě)材料編號(hào)轉(zhuǎn)換成標(biāo)準(zhǔn)的條碼（一、二維碼），從而實(shí)現(xiàn)育種材料條碼化，規(guī)范管理，可以提高田間數(shù)據(jù)采集效率，降低錯(cuò)誤率。該管理模式是我們博思公司（農(nóng)博士軟件）近十年來(lái)一直推薦的管理方式，目前已成功應(yīng)用于玉米、水稻、小麥、棉花、油菜、甘蔗、向日葵、大豆、棉花、蔬菜、果樹(shù)等植物科研育種領(lǐng)域。但由于不同植物的栽培種植過(guò)程不同，育種材料條碼

讓育種家的經(jīng)驗(yàn)可傳遞可繼承2020/04/15: 經(jīng)常有育種老師在咨詢農(nóng)博士育種家軟件功能時(shí)向我們反映，隨著育種年限和育種規(guī)模的不斷增長(zhǎng)，手頭的育種材料從初的幾份、幾十份慢慢增加到成百上千份……，如何快速準(zhǔn)確的找出適合做母本的材料和適合做父本的材料，人工進(jìn)行這樣的工作太有挑戰(zhàn)性了。實(shí)際育種中我們育種家的經(jīng)驗(yàn)是*的，但是面對(duì)海量的種質(zhì)材料篩選評(píng)價(jià)工作，育種家的精力又是有限的，如何將骨干/資深育種家的經(jīng)驗(yàn)在團(tuán)隊(duì)內(nèi)復(fù)制，從而實(shí)現(xiàn)規(guī)模化的精準(zhǔn)育種決策，是育種軟件需要具備的功能。博思軟件團(tuán)隊(duì)在2004年完成農(nóng)博士育種家軟件的田間移動(dòng)數(shù)據(jù)采集、匯總、育種材

AMMI模型學(xué)習(xí)理解和品種布點(diǎn)試驗(yàn)分析及效應(yīng)解讀思路2020/03/25: 1、AMMI模型學(xué)習(xí)和思考為了系統(tǒng)學(xué)習(xí)AMMI模型，買來(lái)了《產(chǎn)量區(qū)域試驗(yàn)統(tǒng)計(jì)分析---因子設(shè)計(jì)的AMMI分析》這本書(shū)（影印版）。記錄一下，自己的學(xué)習(xí)心得，同時(shí)也方便跟群友交流。模型的構(gòu)成在下圖中很清楚列出。AMMI模型中，試驗(yàn)數(shù)據(jù)減去總平均數(shù)后的效應(yīng)，分成了兩部分，方差分析（ANOVA）部分和主成分（PCA）分析部分。對(duì)應(yīng)植物育種，方差分析（ANOVA）部分效應(yīng)包含了品種效應(yīng)，地點(diǎn)效應(yīng)，主成分（PCA）分析部分效應(yīng)就是環(huán)境和品種間的“互作”。方差分析模型屬于線性模型，效應(yīng)可加，可以簡(jiǎn)單形象的理解

BLUP AB群育種（GCA）是個(gè)什么東東？2019/10/09: 博思公司的農(nóng)博士育種家軟件（NBSbreeding）一直在開(kāi)發(fā)完善更實(shí)用更有價(jià)值的軟件功能，服務(wù)眾多軟件用戶。繼自主成功開(kāi)發(fā)BLUP育種值（breedingvalue）線性混合模型分析方法后，前段時(shí)間又進(jìn)一步推出了REML方差組分估計(jì)功能，剛剛過(guò)去的70周年國(guó)慶，博思公司技術(shù)人員一直在工作崗位加班加點(diǎn)，不負(fù)眾望，（BLUPAB群育種）（GCA）功能開(kāi)發(fā)成功。農(nóng)博士育種家軟件（NBSbreeding）不斷完善自身功能，我們寫(xiě)文章建議植物育種領(lǐng)域要重視育種值應(yīng)用，用育種值提升一般配合力分析水平，是考

BLUP育種值的計(jì)算本質(zhì)2019/08/14: 自博思公司在植物育種領(lǐng)域，倡導(dǎo)使用育種值（Breedingvalue）輔助育種選擇工作后，農(nóng)博士育種家軟件（NBSbreeding）陸續(xù)發(fā)布升級(jí)了BLUP育種值計(jì)算分析功能應(yīng)用，希望我們的不懈堅(jiān)持和努力，能為植物育種者的育種工作，有一些幫助。BLUP線性混合模型技術(shù)用于育種值分析，本質(zhì)上是真實(shí)育種值和表型觀測(cè)值回歸系數(shù)的大值。育種中的BLUP（佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)）的佳，指的是，真實(shí)育種值與預(yù)測(cè)育種值之間的相關(guān)大，或者預(yù)測(cè)的誤差方差小。從育種角度理解，是借助材料間的加性遺傳相關(guān)矩陣A，對(duì)觀測(cè)值進(jìn)行校正

試驗(yàn)點(diǎn)試驗(yàn)質(zhì)量評(píng)價(jià)探討（一年多點(diǎn)）2019/07/16: 近期，有客戶向我司提出，希望育種家軟件能夠提供一年多點(diǎn)試驗(yàn)，評(píng)價(jià)試驗(yàn)點(diǎn)試驗(yàn)質(zhì)量高低的統(tǒng)計(jì)分析方法。為此，思考了一個(gè)對(duì)策，寫(xiě)出來(lái)，與大家分享，也是拋磚引玉，希望大家共同探討，解決生產(chǎn)中的實(shí)際問(wèn)題。由于品種與地點(diǎn)間互作，同一品種在不同地點(diǎn)的生長(zhǎng)表現(xiàn)會(huì)有差異，而試驗(yàn)誤差變異系數(shù)CV的計(jì)算，并沒(méi)有排除互作影響，因此，用該CV來(lái)評(píng)價(jià)試驗(yàn)點(diǎn)的試驗(yàn)質(zhì)量，方法本身有問(wèn)題，有存在誤判的可能。計(jì)算試驗(yàn)地點(diǎn)內(nèi)的區(qū)組變異系數(shù)，并將該指標(biāo)合理性校正，可以更好地反應(yīng)試驗(yàn)地點(diǎn)的試驗(yàn)質(zhì)量。因?yàn)?，一個(gè)地點(diǎn)內(nèi)的重復(fù)區(qū)組間，如果存在

關(guān)于用育種值提升一般配合力分析水平的研究2019/06/30: 《關(guān)于用育種值提升一般配合力分析水平的研究》原文發(fā)表于《種子科技》2019年第01期，以下是摘錄的部分內(nèi)容，供育種者參考。動(dòng)物育種中育種值（Breedingvalue）廣泛使用，甚至是動(dòng)物育種學(xué)重要的教學(xué)內(nèi)容之一，而植物育種尤其玉米育種，多采用配合力理論指導(dǎo)實(shí)際育種工作，育種值和配合力都在育種實(shí)踐中取得了很好的育種結(jié)果。無(wú)論植物育種還是動(dòng)物育種，都是對(duì)基因的選擇，在解決多年多點(diǎn)配合力分析問(wèn)題時(shí)，筆者發(fā)現(xiàn)一般配合力和育種值在模型構(gòu)建上一致，進(jìn)而提出了適用于植物育種使用的植物育種值模型來(lái)提升一般配合

育種知識(shí)點(diǎn)2019/05/09: 將博思公司陸續(xù)發(fā)布的育種實(shí)用性系列文章要點(diǎn)整理縮編為幾點(diǎn)，力求精煉，便于了解，分享給各位育種朋友，觀點(diǎn)對(duì)錯(cuò)，敬請(qǐng)自思量。1、植物育種用育種值不少人在用配合力，配合力和育種值的區(qū)別是應(yīng)該認(rèn)真思考的一個(gè)問(wèn)題，如何在植物育種中使用育種值，來(lái)自動(dòng)物育種的成功應(yīng)用，更來(lái)自數(shù)量遺傳學(xué)知識(shí)本身。在某種程度上，育種值是一般配合力的更科學(xué)更牢靠應(yīng)用，博思公司提供的《配合力分析與BLUP育種值分析的結(jié)果比較.pdf》，可以很清楚的看到這一點(diǎn)。如果您從事植物育種，沒(méi)有聽(tīng)說(shuō)過(guò)“植物育種用育種值”，建議了解；如果您在用一

多重比較（缺區(qū)）應(yīng)對(duì)策略2019/03/09: 方差分析缺區(qū)的情況下，試驗(yàn)中的受影響的效應(yīng)、自由度、SS等需要調(diào)整，多重比較也應(yīng)該進(jìn)行相應(yīng)的調(diào)整，以LSD為例，如果試驗(yàn)沒(méi)有缺區(qū)，如果有缺區(qū)，MSE是試驗(yàn)誤差。為了看的更清楚，分別給出農(nóng)博士育種家軟件（農(nóng)博士數(shù)據(jù)采集匯總工具軟件具同樣功能）不缺區(qū)和缺1區(qū)（品種1，地點(diǎn)1，區(qū)組1，缺失1小區(qū)數(shù)據(jù)）的情況下分析對(duì)比切圖：一年多點(diǎn)試驗(yàn)不缺區(qū)時(shí)方差分析表缺1區(qū)方差分析表不缺區(qū)時(shí)LSD值和Duncan值缺1區(qū)（品種1，地點(diǎn)1，區(qū)組1，缺失數(shù)據(jù)）LSD值和Duncan值示例：上圖中，品種5和品種6比較，LS

植物育種中的育種值價(jià)值2019/01/18: 育種值（breedingvalue）在數(shù)量遺傳學(xué)中是占有重要位置的，其在動(dòng)物育種實(shí)踐中已被廣泛采用，發(fā)掘育種值在植物育種中的價(jià)值，對(duì)植物育種有重要意義。（一）育種值定義表現(xiàn)型值=基因型值+環(huán)境效應(yīng)+隨機(jī)誤差P=G+E+eG=M+A表現(xiàn)型值：對(duì)表現(xiàn)型的測(cè)量值稱為該個(gè)體的表現(xiàn)型值。以P表示?；蛐椭担河蓚€(gè)體的基因型所決定的數(shù)值稱為該個(gè)體的基因型值。以G表示。基因的平均效應(yīng)：群體內(nèi)接受了某個(gè)基因的所有個(gè)體的平均基因型值距群體平均的離差稱為該基因的平均效應(yīng)。育種值理論定義：一個(gè)個(gè)體的育種值，就是它所攜帶

品種穩(wěn)定性分析采用什么方法？RSD!2019/01/08: 異地布點(diǎn)，需要分析品種的穩(wěn)定性，這個(gè)問(wèn)題說(shuō)復(fù)雜也復(fù)雜，說(shuō)簡(jiǎn)單也簡(jiǎn)單，又有不少育種者對(duì)品種穩(wěn)定性分析陷入云里霧里，品種穩(wěn)定性分析首先是個(gè)生物統(tǒng)計(jì)類問(wèn)題，而不是一個(gè)單一的數(shù)據(jù)分析問(wèn)題，數(shù)據(jù)分析沒(méi)有分析明白，再漂亮的圖形又有何意義。傳統(tǒng)意義的品種穩(wěn)定性分析其實(shí)可以區(qū)分為兩個(gè)內(nèi)容，一個(gè)是品種的穩(wěn)定性，一個(gè)是品種的適宜性。穩(wěn)定性，衡量的是不同品種在相同的多個(gè)地點(diǎn)，品種的穩(wěn)定性排名；適宜性衡量的是，每個(gè)品種在哪個(gè)地點(diǎn)更適應(yīng)該品種去推廣。相對(duì)平均偏差（RSD）做為一個(gè)基本的統(tǒng)計(jì)量，可以用于衡量品種穩(wěn)定性，有不

一般配合力育種應(yīng)用要注意的問(wèn)題2018/12/13: 1942年，Sprague和Tatum在玉米雜交育種中，提出了配合力概念及方法。今天，配合力在植物育種中，已經(jīng)發(fā)揮了重要作用。玉米育種用的多，小麥育種用的也不少，水稻育種用的少。依據(jù)一般配合力選擇玉米自交系的結(jié)果，表現(xiàn)為自交系產(chǎn)量的穩(wěn)步上升，美國(guó)和中國(guó)現(xiàn)在來(lái)看，都是這樣的情況及趨勢(shì)。配合力計(jì)算不是很復(fù)雜，但是在育種工作使用中，一般配合力的使用需要注意：一般配合力計(jì)算遵循Σ效應(yīng)=0數(shù)量遺傳學(xué)基于效應(yīng)的分析計(jì)算，很常見(jiàn)的一個(gè)約束條件。一個(gè)配合力試驗(yàn)，試驗(yàn)中每個(gè)材料的一般配合力效應(yīng)累加和=0。這就決定

育種軟件應(yīng)具備的功能2018/11/21: 一、什么是育種軟件育種軟件又稱育種數(shù)據(jù)管理或育種信息化管理，是運(yùn)用現(xiàn)代信息技術(shù)與先進(jìn)的育種理念和管理理念相融合實(shí)現(xiàn)育種試驗(yàn)設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)采集、數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、數(shù)據(jù)分析等各個(gè)育種過(guò)程的標(biāo)準(zhǔn)化、程序化、數(shù)字化管理，從而構(gòu)建有價(jià)值的育種數(shù)據(jù)庫(kù)，提高育種選擇效率效果，為育種工作服務(wù)。二、對(duì)育種軟件理解育種軟件不是簡(jiǎn)單的MIS系統(tǒng)，更不是統(tǒng)計(jì)分析軟件。據(jù)筆者多年和用戶接觸了解，有不少單位之前自主或者委托第三方做過(guò)相關(guān)的育種軟件系統(tǒng)開(kāi)發(fā)，但終大都未達(dá)到預(yù)期的效果甚至中途就放棄了，個(gè)別單位因前期投入較大，處于比較尷尬的

一般配合力育種思考之測(cè)驗(yàn)種2018/11/13: 配合力試驗(yàn)設(shè)計(jì)，常用到的是1948年由Comstock和Robinson提出的NC設(shè)計(jì)（NorthCarolinadesign）。配合力試驗(yàn)，即便設(shè)計(jì)參數(shù)不同，也大致都是一組母本和另一組父本雜交，有的試驗(yàn)設(shè)計(jì)含有正反交，測(cè)量后代F1的產(chǎn)量（或其他性狀），用后代表現(xiàn)來(lái)評(píng)價(jià)親本育種價(jià)值，選擇親本。在一般配合力Σ效應(yīng)=0的條件約束下，一個(gè)配合力試驗(yàn)中獲得的效應(yīng)值，只相對(duì)于該配合力試驗(yàn)群體才有意義。從另一角度來(lái)說(shuō)，假設(shè)有兩個(gè)獨(dú)立的配合力試驗(yàn)，母本都采用相同的一組材料（M群體），采用不同的兩組材料做父本（

育種單位應(yīng)如何實(shí)現(xiàn)育種信息化管理2018/11/12: 育種信息化管理：運(yùn)用現(xiàn)代信息技術(shù)與先進(jìn)的育種理念和管理理念相融合，實(shí)現(xiàn)商業(yè)化育種全過(guò)程的程序化、標(biāo)準(zhǔn)化、數(shù)字化管理，從而構(gòu)建有價(jià)值的育種數(shù)據(jù)庫(kù)，提高育種選擇效率效果，為育種工作服務(wù)。育種單位實(shí)現(xiàn)育種信息化管理的方式有兩種，一種是自主開(kāi)發(fā)（委托開(kāi)發(fā)），另一種是選擇第三方商業(yè)化育種軟件。種方式：自主開(kāi)發(fā)（委托開(kāi)發(fā)）這種方式對(duì)于育種單位來(lái)說(shuō)，做出的軟件可以更加貼合本單位育種實(shí)際情況。但前提條件是單位或者委托方要有復(fù)合型的育種人才，并能保證持續(xù)的信息化投入。育種軟件不同于OA（辦公自動(dòng)化系統(tǒng)）、MIS（

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