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我國科學家構建全球首個綜合性新生RNA數據庫！
2025年07月16日 11:49:53 來源：化工儀器網 作者：羊舌木 點擊量：312

該數據庫整合了3664個新生RNA測序數據集，覆蓋22個物種、415項研究，并系統(tǒng)鑒定了超過55萬個轉錄調控元件（TRE），為解析基因表達調控機制提供了革命性工具。

　　近日，中國科學院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院鮑習琛團隊宣布，成功構建全球首個綜合性新生RNA數據庫NaRaDa(http://www.narada.bio)，該數據庫整合了3664個新生RNA測序數據集，覆蓋22個物種、415項研究，并系統(tǒng)鑒定了超過55萬個轉錄調控元件(TRE)，為解析基因表達調控機制提供了革命性工具。
 
　　基因轉錄是生命活動的核心過程，其動態(tài)變化直接決定細胞命運與疾病發(fā)生。傳統(tǒng)RNA測序技術因聚焦于穩(wěn)態(tài)RNA，難以捕捉轉錄起始、暫停等瞬時事件。鮑習琛團隊采用新生RNA測序技術(如GRO-seq、PRO-seq)，通過標記"新生RNA"(即正在轉錄的RNA片段)，首次實現了對轉錄動態(tài)的三維實時監(jiān)測：
 
　　1.即時表達分析：精準量化基因初始轉錄水平；
 
　　2.轉錄暫停解析：通過暫停指數(PI)量化RNA聚合酶在轉錄起始位點的停滯與釋放；
 
　　3.非編碼元件調控：揭示增強子RNA(eRNA)等非編碼轉錄本的活性及其對基因表達的調控作用。
 
　　在國家重點研發(fā)計劃等項目支持下，研究團隊歷時五年構建了NaRaDa數據庫，其核心優(yōu)勢包括：多維度數據整合，匯聚人類、小鼠、擬南芥等22個物種的3664個高質量數據集，涵蓋細胞分化、刺激響應、疾病模型等多元場景；智能調控元件鑒定，通過HOMER、dREG等算法，系統(tǒng)識別558,574個TRE，并關聯(lián)ENCODE、FANTOM5等數據庫的表觀遺傳修飾(如H3K4me1)和疾病風險SNP信息；用戶友好交互平臺，提供"基因中心"與"項目中心"雙模式檢索，支持在線分析轉錄差異、暫停指數變化，并可預測功能性轉錄因子(TF)，結果可直接下載用于深度研究。。
 
　　該數據庫的應用前景廣闊，不僅可系統(tǒng)量化基因調控網絡的動態(tài)變化，解析轉錄動力學特征，還能結合疾病相關SNP與TRE的關聯(lián)分析，揭示未知的染色質調控異常與病理聯(lián)系。
 
　　例如，通過分析MyoD或iPSC誘導過程中的轉錄暫停釋放事件，可深化對轉錄因子調控細胞命運的理解。研究團隊表示，NaRaDa將持續(xù)納入更多物種與單細胞水平數據，并開發(fā)AI驅動的轉錄調控網絡預測模型，旨在構建轉錄調控的“導航系統(tǒng)”，連接微觀動態(tài)與宏觀生命現象，為解碼基因組“暗物質”功能提供全新視角。
 
　　此成果標志著我國在轉錄組學領域邁出關鍵一步，為全球生物醫(yī)學研究者提供了強大的數據挖掘與分析平臺，有望推動精準醫(yī)學與再生醫(yī)學的突破性進展。相關成果發(fā)表于《創(chuàng)新·生命》(The Innovation Life)。
 
　　資料參考來源：中國科學報
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