De Novo單克隆抗體測序：技術(shù)解析、優(yōu)勢與應用檢測技術(shù)服務詳情介紹

一、什么是De Novo單克隆抗體測序？

De Novo抗體測序是指不依賴參考數(shù)據(jù)庫，通過高分辨率質(zhì)譜（LC-MS/MS）對酶解抗體肽段進行MS/MS碎片分析，利用算法從碎片峰圖中逐步推斷氨基酸序列，并拼接出完整的單克隆抗體序列的技術(shù)。

與傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫比對型測序不同，De Novo測序不需要任何已知基因信息或參考序列，它wánquán從蛋白出發(fā)，向結(jié)構(gòu)還原。尤其在抗體中，zuì關(guān)鍵的區(qū)域是可變區(qū)（Variable region）中的互補決定區(qū)（CDR），而這些序列恰恰在公共數(shù)據(jù)庫中難以查找，因此只有De Novo測序能夠真正實現(xiàn)高變異性抗體的結(jié)構(gòu)解析。

在完整流程中，一項高質(zhì)量的單克隆抗體De Novo測序項目通常包括以下幾個步驟：

• 抗體蛋白樣本純化與質(zhì)控；

• 多酶酶解（Trypsin、Chymotrypsin等）生成高覆蓋肽段；

• 高分辨率質(zhì)譜采集肽段的碎片圖譜；

• 使用De Novo算法（如PEAKS、Novor）進行肽段序列推斷；

• 序列拼接與完整結(jié)構(gòu)重建；

• 人工校對、修飾識別、建模比對與（可選）表達驗證。

二、技術(shù)優(yōu)勢：為何選擇De Novo單克隆抗體測序？

1、不依賴基因，不受表達限制 許多抗體樣本（如臨床來源、動物免疫、第三方采購）無法獲取原始B細胞或表達載體，傳統(tǒng)基因測序方法無法開展。De Novo測序直接從蛋白出發(fā)，無需DNA/RNA信息，是

wéiyī適用的結(jié)構(gòu)解析方式。

2、高度適應結(jié)構(gòu)變異，覆蓋CDR等關(guān)鍵區(qū)域 抗體的可變區(qū)，尤其是CDR1~3區(qū)域，是功能位點的核心，但序列高度多變，幾乎難以在數(shù)據(jù)庫中找到匹配。De Novo測序基于碎片實際質(zhì)量差推斷，

天然支持新變異、新結(jié)構(gòu)識別，適合抗體工程設(shè)計與親和力改造研究。

3、可同時識別修飾信息，揭示抗體真實構(gòu)象 抗體天然具有糖基化、脫酰胺、氧化等翻譯后修飾（PTMs），而這些修飾往往決定穩(wěn)定性與功能。De Novo測序能在解析序列的同時，

同步捕捉修飾位點與修飾類型，揭示抗體在表達體系下的真實狀態(tài)。

4、可延伸為表達模板，用于結(jié)構(gòu)復現(xiàn) 通過序列反向設(shè)計，De Novo結(jié)果可直接轉(zhuǎn)化為cDNA模板，實現(xiàn)抗體重組表達。適用于老抗體復現(xiàn)、功能驗證、結(jié)構(gòu)建模與zhuānlì規(guī)避設(shè)計等需求。

三、實際應用場景：從科研探索到產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化

1、老抗體序列回溯

當實驗室已有一支功能抗體（來源未知/來源丟失），需用于重組表達或zhuānlì注冊，De Novo測序可還原完整結(jié)構(gòu)，實現(xiàn)功能性“復刻”。

2、商業(yè)抗體比對與驗證

用于分析不同廠商生產(chǎn)的相同標號抗體是否真正一致，是否存在突變、修飾差異或批間變異。

3、抗體藥開發(fā)中的一致性研究

對抗體藥物在不同表達系統(tǒng)（如CHO vs HEK293）、不同工藝條件下的產(chǎn)物進行結(jié)構(gòu)比對與一致性評估，滿足IND/BLA申報材料要求。

4、抗體zhuānlì設(shè)計與規(guī)避

基于De Novo結(jié)果識別已授權(quán)抗體藥的結(jié)構(gòu)特征，設(shè)計具有序列差異而功能相近的“繞開型抗體”，輔助新藥研發(fā)中的IP策略規(guī)劃。

5、疫苗或免疫研究中的抗體篩選

從動物免疫血清中，通過De Novo單克隆抗體測序挖掘出高親和抗體的關(guān)鍵CDR序列，用于重組篩選與親和力成熟。

四、百泰派克生物科技的De Novo抗體測序解決方案

在百泰派克，我們構(gòu)建了一套專注于抗體級別結(jié)構(gòu)解析的De Novo平臺，結(jié)合實驗策略、數(shù)據(jù)處理與生物信息一體化交付，確保每一例項目都具備高覆蓋、高準確度、高可重組性。

1、多酶并行酶解設(shè)計：提升CDR等“難覆蓋區(qū)域”識別能力；

2、雙平臺質(zhì)譜采集（Orbitrap × timsTOF）：兼顧分辨率與通量；

3、自主拼接算法 + 手工復核機制：保障序列準確性；

4、修飾識別、結(jié)構(gòu)建模、差異比對等增值模塊：支持從研究到IND申報；

5、可選CHO表達驗證服務：從蛋白到功能的閉環(huán)交付。

我們已成功為抗體藥企、研究型醫(yī)院、疫苗企業(yè)及高校課題組，完成數(shù)百例抗體結(jié)構(gòu)解析與表達項目，廣泛應用于老抗體復現(xiàn)、藥物一致性比對、結(jié)構(gòu)差異分析、免疫譜篩選等任務中。

在抗體功能明確但序列未知的場景中，De Novo單克隆抗體測序為結(jié)構(gòu)重建提供了一條切實可行、科學高效的路徑。它不止解決了“序列可得”的問題，更幫助研究者向“結(jié)構(gòu)可控、表達可復現(xiàn)、zhuānlì可規(guī)劃”的目標邁進一步。如果你手中有無法追溯序列來源的抗體樣本，或者你正處于抗體表達、重構(gòu)或一致性研究階段，De Novo抗體測序都值得納入你的核心技術(shù)選項。歡迎聯(lián)系百泰派克技術(shù)團隊，獲取樣本評估、項目方案與參考報告。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!

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