circRNA高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)概述

環(huán)狀RNA（circRNA）高通量測(cè)序是一種專門用于檢測(cè)和分析細(xì)胞中circRNA表達(dá)譜的技術(shù)。circRNAs是一類特殊的非編碼RNA分子，它們通過(guò)反向剪接形成閉環(huán)結(jié)構(gòu)，這種結(jié)構(gòu)使它們?cè)诩?xì)胞中相對(duì)穩(wěn)定，不易被核酸酶降解。circRNAs在多種生物學(xué)過(guò)程中發(fā)揮作用，包括作為miRNA海綿、調(diào)控基因表達(dá)等，因此，對(duì)它們的研究對(duì)于理解細(xì)胞功能和疾病機(jī)制具有重要意義。

circRNA高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)流程

circRNA高通量測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程通常包括RNA提取、circRNA富集、cDNA合成、文庫(kù)構(gòu)建和高通量測(cè)序。由于circRNAs缺乏poly(A)尾部，傳統(tǒng)的基于oligo dT的mRNA富集方法不適用于circRNA，因此需要采用特定的富集策略，如使用RNase R消化去除線性RNA，保留環(huán)狀結(jié)構(gòu)。文庫(kù)構(gòu)建則需要設(shè)計(jì)特定的引物和連接酶，以適應(yīng)circRNA的閉合結(jié)構(gòu)。測(cè)序平臺(tái)可以是Illumina的短讀測(cè)序，也可以是PacBio或Oxford Nanopore的長(zhǎng)讀測(cè)序，后者能夠提供更長(zhǎng)的讀取長(zhǎng)度，有助于識(shí)別完整的circRNA分子.

circRNA高通量測(cè)序的應(yīng)用

circRNA高通量測(cè)序技術(shù)在基礎(chǔ)生物學(xué)研究和臨床研究中的應(yīng)用日益增多。它可以用于鑒定新的circRNA分子、分析circRNA的表達(dá)模式、研究circRNA與其他分子的相互作用，以及探索circRNA在疾病發(fā)生和發(fā)展中的作用。例如，通過(guò)比較疾病組織和正常組織中的circRNA表達(dá)譜，研究者可以發(fā)現(xiàn)與特定疾病相關(guān)的circRNA，這些circRNA可能作為疾病的生物標(biāo)志物或治療靶點(diǎn).

最新研究進(jìn)展

最新的研究進(jìn)展顯示，研究者們正在開發(fā)新的circRNA測(cè)序技術(shù)和分析工具，以提高檢測(cè)的靈敏度和準(zhǔn)確性。例如，有研究提出了基于滾動(dòng)圓形反轉(zhuǎn)錄和納米孔長(zhǎng)讀測(cè)序的全長(zhǎng)度circRNA測(cè)序方法（circFL-seq），這種方法能夠更有效地識(shí)別和定量普通和融合型circRNA的全長(zhǎng)異構(gòu)體。此外，還有研究開發(fā)了使用group II intron RT進(jìn)行rolling circle reverse transcription的circRNA測(cè)序工作流（IMCR-seq），這種方法適用于多種物種，并且能夠處理低輸入總量的RNA樣本，這對(duì)于臨床樣本尤其有用。

綜上所述，circRNA高通量測(cè)序技術(shù)正處于快速發(fā)展階段，新的技術(shù)和分析方法的出現(xiàn)將大大推動(dòng)circRNA研究的深度和廣度。