分子互作實(shí)驗(yàn):RIP(RNA免疫沉淀)
- 公司名稱 上海昆盟生物科技有限公司
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- 更新時(shí)間 2025/7/3 15:33:05
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一、技術(shù)簡(jiǎn)介
RIP(RNA Immunoprecipitation,RNA免疫沉淀)技術(shù)是一種用于研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白質(zhì)相互作用的關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)方法,能夠揭示RNA結(jié)合蛋白(RBP)在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中的功能機(jī)制。
二、技術(shù)原理
RIP利用針對(duì)目標(biāo)蛋白的抗體把相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來(lái),通過(guò)分離純化,對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA 進(jìn)行RT-PCR驗(yàn)證或測(cè)序分析,結(jié)果更具生物學(xué)說(shuō)服力。
三、應(yīng)用場(chǎng)景
1.基礎(chǔ)機(jī)制:解析RNA結(jié)合蛋白(如AGO2、Polycomb復(fù)合物)的功能及RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
2.疾病研究:比較疾病與正常樣本中RNA-蛋白互作差異,發(fā)現(xiàn)潛在生物標(biāo)志物(如癌癥相關(guān)lncRNA)。
3.藥物開發(fā):評(píng)估藥物對(duì)RNA-蛋白互作的影響,加速靶點(diǎn)篩選。
四、技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1.靈敏度較高:可檢測(cè)低豐度RNA與蛋白的微弱相互作用。
2.動(dòng)態(tài)范圍廣:從少量細(xì)胞(如5×10?個(gè))到復(fù)雜組織樣本均適用。
3.多組學(xué)聯(lián)用:結(jié)合RNA-Seq、CLIP-Seq或ChIP-Seq,構(gòu)建多維調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
五、樣本類型
新鮮細(xì)胞(貼壁細(xì)胞/懸浮細(xì)胞)、凍存細(xì)胞、凍存組織、交聯(lián)后細(xì)胞樣本。
六、樣本需求
細(xì)胞樣本:約1×10^7個(gè)(可以是1個(gè)10cm皿,或以懸浮細(xì)胞形式存儲(chǔ)于離心管中,或1個(gè)T75瓶);
凍存組織:約70mg;交聯(lián)細(xì)胞樣本:使用1%甲醛交聯(lián)處理細(xì)胞。
七、樣本準(zhǔn)備&運(yùn)輸
活細(xì)胞樣本:距離較近的可以將養(yǎng)在皿/T75瓶/離心管內(nèi)的新鮮細(xì)胞樣本常溫快遞(最遲次日達(dá))運(yùn)輸,本市內(nèi)可閃送或親自遞送,距離較遠(yuǎn)的,可-80℃凍存細(xì)胞干冰運(yùn)輸;
組織樣本&交聯(lián)后細(xì)胞樣本:-80℃凍存干冰運(yùn)輸。
八、需提供的試劑
檢測(cè)用ChIP級(jí)抗體。
九、實(shí)驗(yàn)周期
1-2周(不包含測(cè)序)
十、其他
后續(xù)檢測(cè)選擇RT PCR時(shí),需提供后續(xù)檢測(cè)的位點(diǎn)。
甲醛交聯(lián)細(xì)胞具體步驟:①在細(xì)胞皿中加入終濃度為1%的甲醛,37℃孵育10分鐘;②使用含[1mM PMSF,1μg/ml抑肽酶和1μg/ml pepstatin A]的冰冷DPBS洗滌細(xì)胞兩次。③將細(xì)胞刮入含有蛋白酶抑制劑的2ml冰冷的DPBS中,并轉(zhuǎn)移到離心管中,凍存寄送。
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