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下一代De Novo測(cè)序算法檢測(cè)技術(shù)服務(wù)
參考價(jià) | ¥ 600 |
訂貨量 | ≥1件 |
- 公司名稱 北京百泰派克生物科技有限公司
- 品牌 百泰派克
- 型號(hào)
- 產(chǎn)地 中國
- 廠商性質(zhì) 其他
- 更新時(shí)間 2025/6/4 13:40:53
- 訪問次數(shù) 124
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業(yè)務(wù)范圍主要圍繞蛋白和小分子代謝物檢測(cè)兩大板塊,從事蛋白質(zhì)和小分子代謝物的理化性質(zhì)分析及結(jié)構(gòu)解析等相關(guān)技術(shù)服務(wù),為客戶提供高性價(jià)比、高效率的技術(shù)服務(wù)。
價(jià)格 | 詢價(jià) |
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下一代De Novo測(cè)序算法檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹
De Novo測(cè)序,即從頭推斷肽段氨基酸序列,是dànbáizhì組學(xué)中識(shí)別未知蛋白、修飾肽段、抗體片段等的重要工具。相較于數(shù)據(jù)庫搜索方法,De Novo測(cè)序不依賴參考數(shù)據(jù)庫,適用于非模式物種、數(shù)據(jù)庫不全、翻譯后修飾、多變異樣本等復(fù)雜場(chǎng)景。然而,傳統(tǒng)的De Novo算法(如PEAKS、Novor、PepNovo等)在處理碎裂譜圖歧義、長肽段錯(cuò)配、低豐度信號(hào)等問題時(shí)仍存在局限。面對(duì)這些挑戰(zhàn),下一代De Novo測(cè)序算法在模型架構(gòu)、譜圖表示、訓(xùn)練策略上進(jìn)行了系統(tǒng)性革新。本文將聚焦這一技術(shù)演進(jìn),解析下一代算法的核心創(chuàng)新與落地應(yīng)用。
一、De Novo測(cè)序的發(fā)展歷程簡述
二、下一代De Novo測(cè)序算法的關(guān)鍵技術(shù)創(chuàng)新
1、Transformer結(jié)構(gòu)引入
相較傳統(tǒng)的循環(huán)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(LSTM),Transformer具有更強(qiáng)的長程依賴建模能力,能同時(shí)關(guān)注整個(gè)譜圖中的碎片分布與上下文邏輯。典型模型如:
(1)AlphaPeptDeep:微軟研究院與MPI合作開發(fā),結(jié)合譜圖與序列聯(lián)合建模;
(2)Casanovo:Facebook團(tuán)隊(duì)提出,用Transformer直接從原始碎片向量預(yù)測(cè)肽段;
(3)pDeep3:結(jié)合預(yù)測(cè)譜圖與反向打分,實(shí)現(xiàn)候選肽段重排名。
2、多模態(tài)數(shù)據(jù)輸入
傳統(tǒng)De Novo算法僅使用譜圖,而下一代模型同時(shí)輸入:
(1)MS/MS譜圖數(shù)據(jù)(向量或圖結(jié)構(gòu))
(2)序列上下文信息(殘基頻率、物種背景)
(3)實(shí)驗(yàn)參數(shù)(碎裂方式、儀器類型)
(4)可選結(jié)構(gòu)/修飾先驗(yàn)
這類模型不僅能提升準(zhǔn)確率,還提高了對(duì)非標(biāo)準(zhǔn)修飾與異構(gòu)肽段的識(shí)別能力。
3、譜圖預(yù)訓(xùn)練與遷移學(xué)習(xí)
與NLP領(lǐng)域的BERT、GPT類似,部分模型通過譜圖預(yù)訓(xùn)練實(shí)現(xiàn)遷移學(xué)習(xí):
(1)使用數(shù)百萬條肽段譜圖進(jìn)行無監(jiān)督學(xué)習(xí);
(2)在小樣本任務(wù)中依然保持高準(zhǔn)確率;
(3)可適配不同質(zhì)譜平臺(tái)和酶切策略。
4、候選肽段打分重排序(Re-ranking)
引入后處理模塊,對(duì)多個(gè)預(yù)測(cè)序列進(jìn)行評(píng)分優(yōu)化:
基于譜圖相似性(如Cosine score);
結(jié)合結(jié)構(gòu)保守性與同源序列比對(duì);
支持多肽異構(gòu)體聯(lián)合輸出,提升結(jié)果魯棒性。
三、應(yīng)用優(yōu)勢(shì):更智能、更敏感、更適用于高復(fù)雜樣本
百泰派克生物科技的智能肽段分析平臺(tái)
為滿足不同項(xiàng)目需求,百泰派克搭建了多算法融合的智能De Novo測(cè)序平臺(tái),具備如下能力:
1、技術(shù)架構(gòu):
(1)算法引擎:整合DeepNovo、AlphaPeptDeep、Casanovo與自研模塊;
(2)數(shù)據(jù)處理:支持DIA/DDA譜圖解析、多酶切肽段、修飾識(shí)別;
(3)序列驗(yàn)證:支持合成肽對(duì)照譜圖確認(rèn);
(4)功能注釋:聯(lián)合同源性搜索、結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)輔助結(jié)果理解。
2、服務(wù)場(chǎng)景:
(1)抗體序列測(cè)定(單抗、人源化抗體、scFv)
(2)外泌體/腦脊液等微量蛋白樣本分析
(3)新型天然肽段識(shí)別與活性預(yù)測(cè)
(4)非模式生物蛋白組構(gòu)建
隨著AI在蛋白組學(xué)中的深入融合,De Novo測(cè)序已從“嘗試性技術(shù)”演變?yōu)椤扒把刂髁ぞ摺?。下一代算法的不斷突破,將極大擴(kuò)展我們對(duì)未知肽段、變異蛋白、修飾結(jié)構(gòu)的識(shí)別能力。在百泰派克生物科技,我們正積極推動(dòng)“AI+蛋白組”的深度集成,構(gòu)建高準(zhǔn)確、高通量、可驗(yàn)證的De Novo測(cè)序解決方案。如果您有相關(guān)科研需求或項(xiàng)目合作意向,歡迎隨時(shí)聯(lián)系我們,探索下一代dànbáizhì識(shí)別新路徑。
百泰派克生物科技特色項(xiàng)目
一、蛋白測(cè)序
百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析,提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù),包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,Cduāncèxù和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù),對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。
※服務(wù)優(yōu)勢(shì):
1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;
2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;
3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;
4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;
5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測(cè);
6.測(cè)序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。
二、dànbáizhì組學(xué)
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。
※服務(wù)優(yōu)勢(shì):
1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析,發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;
2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;
3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;
4.可檢測(cè)較低豐度蛋白,線性范圍廣;
5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。
三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析
百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,采用金屬元素標(biāo)記物(通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體)標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。
※服務(wù)優(yōu)勢(shì):
1.技術(shù)優(yōu)良,*技術(shù)空白
采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題??稍趩渭?xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征,百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。
2.分析數(shù)量大,成本較低
單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右,而流式質(zhì)譜技術(shù)一次(單樣本)就可分析至少10^5的細(xì)胞,實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高,且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。
3.應(yīng)用前景大
①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景;
②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾;
③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。
四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)
百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標(biāo)。
五、生物藥物表征
百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),MALDI TOF,高效色譜分離技術(shù),提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。
百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)
百泰派克生物科技-生物制品表征,生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商
北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設(shè)備定期計(jì)量/期間核查,軟件審計(jì)追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。
1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù);
2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);
3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;
4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái),滿足您一站式服務(wù)需求;
5.服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;
6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!