De Novo蛋白質測序：如何解析未知蛋白？檢測技術服務詳情介紹

在dànbáizhì組學、臨床樣本分析、非模式生物研究等領域，科研人員越來越常遇到一種情況：從質譜數(shù)據(jù)中檢測到的dànbáizhì肽段，在任何數(shù)據(jù)庫中都找不到匹配。這些被稱為“未知蛋白”或“orphan peptides”的分子，可能是：

• 來自未注釋的新蛋白

• 新發(fā)現(xiàn)的剪切變體

• 病原體、腫瘤細胞或外源表達產(chǎn)物

• 翻譯后修飾或突變造成的偏離序列

而傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫比對方法（如Mascot、MaxQuant）依賴于FASTA參考庫，對這些蛋白幾乎無能為力。此時，De Novodànbáizhì測序成為wéiyī解法。

一、什么是De Novodànbáizhì測序？與數(shù)據(jù)庫比對有何不同？

De Novo測序（From Scratch Sequencing）是一種不依賴任何已知數(shù)據(jù)庫，wánquán通過質譜采集的MS/MS碎片數(shù)據(jù)直接推斷dànbáizhì氨基酸序列的方法。它和數(shù)據(jù)庫檢索zuì大的不同在于：

二、哪些研究需要使用De Novo測序來解析未知蛋白？

1、非模式生物研究

研究小鼠、人類這些“模式生物”時，數(shù)據(jù)庫十分完備。而在魚類、植物、微生物等非模式物種中，基因組信息不全或注釋不準確，數(shù)據(jù)庫檢索mìngzhònglǜ很低，必須通過De Novo來獲取蛋白序列。

2、腫瘤新抗原（Neoantigen）篩選

突變蛋白或融合蛋白常因單個氨基酸變化無法被數(shù)據(jù)庫識別。De Novo技術能直接在質譜層面捕捉這些突變位點，是癌癥miǎnyìzhìliáo中的關鍵工具之一。

3、外源表達或未知來源蛋白表征

如中藥復方、天然提取物、重組表達產(chǎn)物等，其具體蛋白組成不明，也無基因背景，De Novo測序是wéiyī的結構解析路徑。

4、翻譯后修飾蛋白鑒定

傳統(tǒng)數(shù)據(jù)庫檢索無法有效識別發(fā)生修飾的未知肽段，而De Novo配合修飾識別算法能同時獲得序列和修飾位點。

三、解析未知蛋白的關鍵技術挑戰(zhàn)有哪些？

挑戰(zhàn)1：氨基酸碎片峰復雜，算法判斷難度大

質譜碎片存在中性丟失、異構氨基酸（如I/L）共峰、修飾峰重疊等問題，常使算法無法準確拼接。

百泰派克解決方案：

* 多酶消化（Trypsin + Chymotrypsin 等）獲得重疊片段

• 高分辨率MS/MS數(shù)據(jù)采集（Orbitrap Fusion Lumos）

• 使用人工審核 +結構建模輔助矯正拼接偏差

挑戰(zhàn)2：序列太短無法全長還原

某些未知蛋白可能表達量低，酶解效率低，導致序列覆蓋度不夠。

百泰派克解決方案：

* 多輪酶解 + 富集策略（如高pH反向色譜預分離）

• 融合組學策略，如轉錄組聯(lián)合驗證

• 采用 推斷式拼接算法 與序列相似性評分模型提升整合度

挑戰(zhàn)3：缺乏功能注釋，難以確認蛋白身份

即使還原了序列，如何確認該蛋白功能？

百泰派克解決方案：

* 與同源已知蛋白比對（BLAST）預測結構與功能

• 建模預測二級/三級結構，判斷是否為酶、信號蛋白、抗原等

• 提供表達驗證+功能實驗（如活性檢測、ELISA等）

四、百泰派克生物科技如何助力未知蛋白的結構解析？

我們提供從樣本準備到功能驗證的一站式De Novo蛋白測序解決方案，涵蓋：

1、技術平臺支持

• Orbitrap Fusion Lumos / timsTOF Pro高分辨率質譜

• 多酶消化+分級富集流程

• PEAKS、pNovo、Novor等主流算法并行分析

2、zhuānyè算法與人工經(jīng)驗

• 自主開發(fā)拼接優(yōu)化與修飾整合模塊

• 針對未知蛋白的同源預測+功能評分系統(tǒng)

• 每個項目均由博士團隊人工審閱MS/MS結果

3、可交付內容

• 完整的De Novodànbáizhì序列

• 肽段覆蓋圖 + 修飾注釋

• BLAST比對報告 + 功能預測注釋

• 可選的表達驗證與活性檢測服務

在越來越多復雜樣本、非模式生物、突變蛋白成為研究重點的jīntiān，De Novodànbáizhì測序不再是“gāoduān選項”，而是通向生命科學未知領域的必要手段。百泰派克生物科技以成熟的質譜平臺和豐富的未知蛋白解析經(jīng)驗，為您的科研提供堅實支撐，幫助您從數(shù)據(jù)中解碼未知、從結構中發(fā)現(xiàn)新功能。如您正在解析不明蛋白，或希望回溯未知蛋白藥物的結構，歡迎聯(lián)系百泰派克技術團隊，獲取樣本評估與個性化測序方案！

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統(tǒng)進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數(shù)據(jù)轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術優(yōu)良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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