De Novo蛋白質(zhì)測序：如何解析未知蛋白？檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在dànbáizhì組學(xué)、臨床樣本分析、非模式生物研究等領(lǐng)域，科研人員越來越常遇到一種情況：從質(zhì)譜數(shù)據(jù)中檢測到的dànbáizhì肽段，在任何數(shù)據(jù)庫中都找不到匹配。這些被稱為“未知蛋白”或“orphan peptides”的分子，可能是：

• 來自未注釋的新蛋白

• 新發(fā)現(xiàn)的剪切變體

• 病原體、腫瘤細(xì)胞或外源表達(dá)產(chǎn)物

• 翻譯后修飾或突變造成的偏離序列

而傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫比對方法（如Mascot、MaxQuant）依賴于FASTA參考庫，對這些蛋白幾乎無能為力。此時，De Novodànbáizhì測序成為wéiyī解法。

一、什么是De Novodànbáizhì測序？與數(shù)據(jù)庫比對有何不同？

De Novo測序（From Scratch Sequencing）是一種不依賴任何已知數(shù)據(jù)庫，wánquán通過質(zhì)譜采集的MS/MS碎片數(shù)據(jù)直接推斷dànbáizhì氨基酸序列的方法。它和數(shù)據(jù)庫檢索zuì大的不同在于：

二、哪些研究需要使用De Novo測序來解析未知蛋白？

1、非模式生物研究

研究小鼠、人類這些“模式生物”時，數(shù)據(jù)庫十分完備。而在魚類、植物、微生物等非模式物種中，基因組信息不全或注釋不準(zhǔn)確，數(shù)據(jù)庫檢索mìngzhònglǜ很低，必須通過De Novo來獲取蛋白序列。

2、腫瘤新抗原（Neoantigen）篩選

突變蛋白或融合蛋白常因單個氨基酸變化無法被數(shù)據(jù)庫識別。De Novo技術(shù)能直接在質(zhì)譜層面捕捉這些突變位點，是癌癥miǎnyìzhìliáo中的關(guān)鍵工具之一。

3、外源表達(dá)或未知來源蛋白表征

如中藥復(fù)方、天然提取物、重組表達(dá)產(chǎn)物等，其具體蛋白組成不明，也無基因背景，De Novo測序是wéiyī的結(jié)構(gòu)解析路徑。

4、翻譯后修飾蛋白鑒定

傳統(tǒng)數(shù)據(jù)庫檢索無法有效識別發(fā)生修飾的未知肽段，而De Novo配合修飾識別算法能同時獲得序列和修飾位點。

三、解析未知蛋白的關(guān)鍵技術(shù)挑戰(zhàn)有哪些？

挑戰(zhàn)1：氨基酸碎片峰復(fù)雜，算法判斷難度大

質(zhì)譜碎片存在中性丟失、異構(gòu)氨基酸（如I/L）共峰、修飾峰重疊等問題，常使算法無法準(zhǔn)確拼接。

百泰派克解決方案：

* 多酶消化（Trypsin + Chymotrypsin 等）獲得重疊片段

• 高分辨率MS/MS數(shù)據(jù)采集（Orbitrap Fusion Lumos）

• 使用人工審核 +結(jié)構(gòu)建模輔助矯正拼接偏差

挑戰(zhàn)2：序列太短無法全長還原

某些未知蛋白可能表達(dá)量低，酶解效率低，導(dǎo)致序列覆蓋度不夠。

百泰派克解決方案：

* 多輪酶解 + 富集策略（如高pH反向色譜預(yù)分離）

• 融合組學(xué)策略，如轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合驗證

• 采用 推斷式拼接算法 與序列相似性評分模型提升整合度

挑戰(zhàn)3：缺乏功能注釋，難以確認(rèn)蛋白身份

即使還原了序列，如何確認(rèn)該蛋白功能？

百泰派克解決方案：

* 與同源已知蛋白比對（BLAST）預(yù)測結(jié)構(gòu)與功能

• 建模預(yù)測二級/三級結(jié)構(gòu)，判斷是否為酶、信號蛋白、抗原等

• 提供表達(dá)驗證+功能實驗（如活性檢測、ELISA等）

四、百泰派克生物科技如何助力未知蛋白的結(jié)構(gòu)解析？

我們提供從樣本準(zhǔn)備到功能驗證的一站式De Novo蛋白測序解決方案，涵蓋：

1、技術(shù)平臺支持

• Orbitrap Fusion Lumos / timsTOF Pro高分辨率質(zhì)譜

• 多酶消化+分級富集流程

• PEAKS、pNovo、Novor等主流算法并行分析

2、zhuānyè算法與人工經(jīng)驗

• 自主開發(fā)拼接優(yōu)化與修飾整合模塊

• 針對未知蛋白的同源預(yù)測+功能評分系統(tǒng)

• 每個項目均由博士團(tuán)隊人工審閱MS/MS結(jié)果

3、可交付內(nèi)容

• 完整的De Novodànbáizhì序列

• 肽段覆蓋圖 + 修飾注釋

• BLAST比對報告 + 功能預(yù)測注釋

• 可選的表達(dá)驗證與活性檢測服務(wù)

在越來越多復(fù)雜樣本、非模式生物、突變蛋白成為研究重點的jīntiān，De Novodànbáizhì測序不再是“gāoduān選項”，而是通向生命科學(xué)未知領(lǐng)域的必要手段。百泰派克生物科技以成熟的質(zhì)譜平臺和豐富的未知蛋白解析經(jīng)驗，為您的科研提供堅實支撐，幫助您從數(shù)據(jù)中解碼未知、從結(jié)構(gòu)中發(fā)現(xiàn)新功能。如您正在解析不明蛋白，或希望回溯未知蛋白藥物的結(jié)構(gòu)，歡迎聯(lián)系百泰派克技術(shù)團(tuán)隊，獲取樣本評估與個性化測序方案！

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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