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De Novo蛋白質(zhì)測序:如何解析未知蛋

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百泰派克生物科技-生物藥物表征,生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Biotech Pack Scientific Co., Ltd. 簡稱BTP)從事以生物質(zhì)譜為依托的生物藥物表征,大分子物質(zhì)(包括蛋白質(zhì)、多肽、代謝物)質(zhì)譜分析以及小分子物質(zhì)檢測服務(wù)。

l 公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,專業(yè)提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù);

l 獲國家CNAS實驗室認(rèn)可,為客戶提供符合藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);

l 業(yè)務(wù)范圍覆蓋蛋白質(zhì)組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;

l 7大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務(wù)需求;

l 服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;

l 致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!






業(yè)務(wù)范圍主要圍繞蛋白和小分子代謝物檢測兩大板塊,從事蛋白質(zhì)和小分子代謝物的理化性質(zhì)分析及結(jié)構(gòu)解析等相關(guān)技術(shù)服務(wù),為客戶提供高性價比、高效率的技術(shù)服務(wù)。

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De Novo蛋白質(zhì)測序:如何解析未知蛋白?檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在dànbáizhì組學(xué)、臨床樣本分析、非模式生物研究等領(lǐng)域,科研人員越來越常遇到一種情況:從質(zhì)譜數(shù)據(jù)中檢測到的dànbáizhì肽段,在任何數(shù)據(jù)庫中都找不到匹配。這些被稱為“未知蛋白”或“orphan peptides”的分子,可能是:


  • 來自未注釋的新蛋白

  • 新發(fā)現(xiàn)的剪切變體

  • 病原體、腫瘤細(xì)胞或外源表達(dá)產(chǎn)物

  • 翻譯后修飾或突變造成的偏離序列


而傳統(tǒng)的數(shù)據(jù)庫比對方法(如Mascot、MaxQuant)依賴于FASTA參考庫,對這些蛋白幾乎無能為力。此時,De Novodànbáizhì測序成為wéiyī解法。


一、什么是De Novodànbáizhì測序?與數(shù)據(jù)庫比對有何不同?

De Novo測序(From Scratch Sequencing)是一種不依賴任何已知數(shù)據(jù)庫,wánquán通過質(zhì)譜采集的MS/MS碎片數(shù)據(jù)直接推斷dànbáizhì氨基酸序列的方法。它和數(shù)據(jù)庫檢索zuì大的不同在于:


De Novo蛋白質(zhì)測序:如何解析未知蛋


二、哪些研究需要使用De Novo測序來解析未知蛋白?

1、非模式生物研究

研究小鼠、人類這些“模式生物”時,數(shù)據(jù)庫十分完備。而在魚類、植物、微生物等非模式物種中,基因組信息不全或注釋不準(zhǔn)確,數(shù)據(jù)庫檢索mìngzhònglǜ很低,必須通過De Novo來獲取蛋白序列。


2、腫瘤新抗原(Neoantigen)篩選

突變蛋白或融合蛋白常因單個氨基酸變化無法被數(shù)據(jù)庫識別。De Novo技術(shù)能直接在質(zhì)譜層面捕捉這些突變位點,是癌癥miǎnyìzhìliáo中的關(guān)鍵工具之一。


3、外源表達(dá)或未知來源蛋白表征

如中藥復(fù)方、天然提取物、重組表達(dá)產(chǎn)物等,其具體蛋白組成不明,也無基因背景,De Novo測序是wéiyī的結(jié)構(gòu)解析路徑。


4、翻譯后修飾蛋白鑒定

傳統(tǒng)數(shù)據(jù)庫檢索無法有效識別發(fā)生修飾的未知肽段,而De Novo配合修飾識別算法能同時獲得序列和修飾位點。


三、解析未知蛋白的關(guān)鍵技術(shù)挑戰(zhàn)有哪些?

挑戰(zhàn)1:氨基酸碎片峰復(fù)雜,算法判斷難度大

質(zhì)譜碎片存在中性丟失、異構(gòu)氨基酸(如I/L)共峰、修飾峰重疊等問題,常使算法無法準(zhǔn)確拼接。


百泰派克解決方案:

* 多酶消化(Trypsin + Chymotrypsin 等)獲得重疊片段


  • 高分辨率MS/MS數(shù)據(jù)采集(Orbitrap Fusion Lumos)

  • 使用人工審核 +結(jié)構(gòu)建模輔助矯正拼接偏差


挑戰(zhàn)2:序列太短無法全長還原

某些未知蛋白可能表達(dá)量低,酶解效率低,導(dǎo)致序列覆蓋度不夠。


百泰派克解決方案:

* 多輪酶解 + 富集策略(如高pH反向色譜預(yù)分離)


  • 融合組學(xué)策略,如轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合驗證

  • 采用 推斷式拼接算法 與序列相似性評分模型提升整合度


挑戰(zhàn)3:缺乏功能注釋,難以確認(rèn)蛋白身份

即使還原了序列,如何確認(rèn)該蛋白功能?


百泰派克解決方案:

* 與同源已知蛋白比對(BLAST)預(yù)測結(jié)構(gòu)與功能


  • 建模預(yù)測二級/三級結(jié)構(gòu),判斷是否為酶、信號蛋白、抗原等

  • 提供表達(dá)驗證+功能實驗(如活性檢測、ELISA等)


四、百泰派克生物科技如何助力未知蛋白的結(jié)構(gòu)解析?

我們提供從樣本準(zhǔn)備到功能驗證的一站式De Novo蛋白測序解決方案,涵蓋:

1、技術(shù)平臺支持


  • Orbitrap Fusion Lumos / timsTOF Pro高分辨率質(zhì)譜

  • 多酶消化+分級富集流程

  • PEAKS、pNovo、Novor等主流算法并行分析


2、zhuānyè算法與人工經(jīng)驗


  • 自主開發(fā)拼接優(yōu)化與修飾整合模塊

  • 針對未知蛋白的同源預(yù)測+功能評分系統(tǒng)

  • 每個項目均由博士團(tuán)隊人工審閱MS/MS結(jié)果


3、可交付內(nèi)容


  • 完整的De Novodànbáizhì序列

  • 肽段覆蓋圖 + 修飾注釋

  • BLAST比對報告 + 功能預(yù)測注釋

  • 可選的表達(dá)驗證與活性檢測服務(wù)


在越來越多復(fù)雜樣本、非模式生物、突變蛋白成為研究重點的jīntiān,De Novodànbáizhì測序不再是“gāoduān選項”,而是通向生命科學(xué)未知領(lǐng)域的必要手段。百泰派克生物科技以成熟的質(zhì)譜平臺和豐富的未知蛋白解析經(jīng)驗,為您的科研提供堅實支撐,幫助您從數(shù)據(jù)中解碼未知、從結(jié)構(gòu)中發(fā)現(xiàn)新功能。如您正在解析不明蛋白,或希望回溯未知蛋白藥物的結(jié)構(gòu),歡迎聯(lián)系百泰派克技術(shù)團(tuán)隊,獲取樣本評估與個性化測序方案!



百泰派克生物科技特色項目


一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析,提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù),包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,Cduāncèxù和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù),對蛋白序列進(jìn)行分析。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。



二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。



三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,采用金屬元素標(biāo)記物(通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體)標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。


※服務(wù)優(yōu)勢:

1.技術(shù)優(yōu)良,*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題??稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大,成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,而流式質(zhì)譜技術(shù)一次(單樣本)就可分析至少10^5的細(xì)胞,實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景;

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾;

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。



四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標(biāo)。



五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),MALDI TOF,高效色譜分離技術(shù),提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。



百泰派克生物科技七大檢測平臺

De Novo蛋白質(zhì)測序:如何解析未知蛋




百泰派克生物科技-生物制品表征,生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設(shè)備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù);

2.獲國家CNAS實驗室認(rèn)可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務(wù)需求;

5.服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!



De Novo蛋白質(zhì)測序:如何解析未知蛋白?檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹



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