如何使用SWATH-MS進行無標記蛋白質(zhì)定量分析檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

在dànbáizhì組學研究中，無標記定量（Label-Free Quantification, LFQ）技術(shù)因其無需昂貴試劑、樣本數(shù)無限制、適配臨床樣本等特點，逐漸成為差異蛋白篩選與機制研究的主流選擇。在眾多LFQ方法中，SWATH-MS作為一種基于數(shù)據(jù)獨立采集（DIA）的策略，結(jié)合了DDA的識別廣度與MS1定量的連續(xù)性，尤其適合高通量、重復(fù)性要求高的定量項目。SWATH-MS作為DIA（數(shù)據(jù)獨立采集）策略的代表，不僅解決了傳統(tǒng)DDA采集存在的數(shù)據(jù)缺失和重復(fù)性差問題，還實現(xiàn)了更高通量和更大動態(tài)范圍的dànbáizhì檢測。本文將系統(tǒng)介紹如何使用SWATH-MS進行無標記定量，從原理到實驗流程、從數(shù)據(jù)分析到實際應(yīng)用，全面解析其技術(shù)價值。

一、SWATH-MS原理解析：掃描更全面，定量更可靠

SWATH-MS的核心優(yōu)勢在于將全m/z掃描范圍切分為數(shù)十個窗口，系統(tǒng)性地碎裂所有前體離子并記錄碎片譜圖。這樣既避免了DDA對高豐度肽段的偏倚，也獲得了可重分析、定量連續(xù)性強的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。與MS1級LFQ不同，SWATH-MS基于MS2碎片離子定量，具備更好的選擇性和抗干擾能力。

二、SWATH-MS無標記定量分析的標準流程

在使用SWATH-MS進行無標記蛋白定量分析時，實驗流程分為四個關(guān)鍵步驟，每一步都直接影響zuì終的數(shù)據(jù)質(zhì)量和可解釋性。

1、dànbáizhì提取與酶解

dànbáizhì的提取質(zhì)量是后續(xù)質(zhì)譜檢測效率的基礎(chǔ)。常用步驟如下：

（1）使用含變性劑（如8M尿素或4% SDS）的裂解緩沖液處理樣本

（2）進行DTT還原和IAA烷基化，以穩(wěn)定二硫鍵結(jié)構(gòu)

（3）使用yídànbáiméi進行酶解，常規(guī)酶解時間為12–16小時

百泰派克生物科技采用微量磁珠輔助凈化和可控溫全自動酶解系統(tǒng)，有效提升酶解效率與重復(fù)性，特別適合SWATH-MS對肽段均一性的高要求。

2、LC-MS采集設(shè)置

色譜和質(zhì)譜設(shè)置決定了SWATH-MS采集的深度和精度。以常見參數(shù)為例：

（1）LC系統(tǒng)：納流液相（如EASY-nLC 1200），梯度60–120分鐘

（2）MS平臺：Sciex TripleTOF、Thermo Exploris、Bruker timsTOF

（3）SWATH掃描范圍：400–1200 m/z

（4）窗口數(shù)量：64–100個（可重疊設(shè)計），每個窗口寬度約25 Da

窗口設(shè)置越細，分辨率越高，但采集時間也會延長，需根據(jù)樣本復(fù)雜度做動態(tài)平衡。

3、譜庫構(gòu)建與匹配策略

譜庫是SWATH-MS識別的核心工具，它記錄了肽段在質(zhì)譜中的碎片模式。構(gòu)建方式主要包括：

（1）實驗譜庫：基于同一批次樣本進行DDA采集，肽段覆蓋度高、準確性強

（2）公共譜庫：如Pan-Human、SWATHAtlas，適用于標準模型物種

（3）預(yù)測譜庫：如Prosit、DeepMass等，利用AI預(yù)測碎片圖譜，適合新物種或樣本量不足場景

百泰派克在服務(wù)中可根據(jù)項目目標整合多種譜庫類型，提升識別率并兼顧通量與成本。

4、DIA數(shù)據(jù)分析

分析工具推薦（根據(jù)預(yù)算與技術(shù)門檻靈活選擇）：

數(shù)據(jù)處理步驟：

（1）與譜庫進行肽段匹配

（2）多維度打分與FDR控制

（3）保留時間對齊（RT alignment）

（4）蛋白定量矩陣導(dǎo)出（intensity or area-based）

百泰派克團隊會根據(jù)客戶需求輸出蛋白定量矩陣、差異表達結(jié)果、功能富集（GO/KEGG）報告以及可視化圖表，助力快速發(fā)表。

三、SWATH-MS與其他定量方法的對比

在選擇定量策略時，研究者常面臨多種技術(shù)選項：DDA-LFQ、TMT/iTRAQ標記法、SWATH-MS等。以下是典型對比：

百泰派克的SWATH-MS解決方案

百泰派克生物科技已為數(shù)百項SWATH-MS項目提供服務(wù)，具備以下特色：

1、多平臺支持：Orbitrap Exploris 480 / timsTOF Pro / TripleTOF

2、多樣本類型適配：組織、血清、細胞、外泌體、FFPE等

3、譜庫策略靈活：公共庫+實驗庫+AI預(yù)測庫混合匹配

4、高質(zhì)量交付：支持SCI文章標準的圖表與數(shù)據(jù)交付

SWATH-MS正逐步成為現(xiàn)代蛋白組學實驗的“新標準”，特別是在樣本多、預(yù)算有限、數(shù)據(jù)穩(wěn)定性要求高的場景下展現(xiàn)出巨大優(yōu)勢。借助AI譜庫、深度算法與高性能質(zhì)譜平臺，SWATH-MS 的未來不jǐnxiàn于科研探索，更將在疾病診斷、藥物開發(fā)、jīngzhǔn醫(yī)療等領(lǐng)域釋放更大潛能。百泰派克生物科技，助力科研人員用更高效、更經(jīng)濟的方式實現(xiàn)高通量蛋白組學探索。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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