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如何使用SWATH-MS進(jìn)行無標(biāo)記蛋白質(zhì)
參考價(jià) | ¥ 600 |
訂貨量 | ≥1件 |
- 公司名稱 北京百泰派克生物科技有限公司
- 品牌 百泰派克
- 型號
- 產(chǎn)地 中國
- 廠商性質(zhì) 其他
- 更新時間 2025/6/14 10:06:12
- 訪問次數(shù) 84
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業(yè)務(wù)范圍主要圍繞蛋白和小分子代謝物檢測兩大板塊,從事蛋白質(zhì)和小分子代謝物的理化性質(zhì)分析及結(jié)構(gòu)解析等相關(guān)技術(shù)服務(wù),為客戶提供高性價(jià)比、高效率的技術(shù)服務(wù)。
價(jià)格 | 詢價(jià) |
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如何使用SWATH-MS進(jìn)行無標(biāo)記蛋白質(zhì)定量分析檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹
在dànbáizhì組學(xué)研究中,無標(biāo)記定量(Label-Free Quantification, LFQ)技術(shù)因其無需昂貴試劑、樣本數(shù)無限制、適配臨床樣本等特點(diǎn),逐漸成為差異蛋白篩選與機(jī)制研究的主流選擇。在眾多LFQ方法中,SWATH-MS作為一種基于數(shù)據(jù)獨(dú)立采集(DIA)的策略,結(jié)合了DDA的識別廣度與MS1定量的連續(xù)性,尤其適合高通量、重復(fù)性要求高的定量項(xiàng)目。SWATH-MS作為DIA(數(shù)據(jù)獨(dú)立采集)策略的代表,不僅解決了傳統(tǒng)DDA采集存在的數(shù)據(jù)缺失和重復(fù)性差問題,還實(shí)現(xiàn)了更高通量和更大動態(tài)范圍的dànbáizhì檢測。本文將系統(tǒng)介紹如何使用SWATH-MS進(jìn)行無標(biāo)記定量,從原理到實(shí)驗(yàn)流程、從數(shù)據(jù)分析到實(shí)際應(yīng)用,全面解析其技術(shù)價(jià)值。
一、SWATH-MS原理解析:掃描更全面,定量更可靠
SWATH-MS的核心優(yōu)勢在于將全m/z掃描范圍切分為數(shù)十個窗口,系統(tǒng)性地碎裂所有前體離子并記錄碎片譜圖。這樣既避免了DDA對高豐度肽段的偏倚,也獲得了可重分析、定量連續(xù)性強(qiáng)的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。與MS1級LFQ不同,SWATH-MS基于MS2碎片離子定量,具備更好的選擇性和抗干擾能力。
二、SWATH-MS無標(biāo)記定量分析的標(biāo)準(zhǔn)流程
在使用SWATH-MS進(jìn)行無標(biāo)記蛋白定量分析時,實(shí)驗(yàn)流程分為四個關(guān)鍵步驟,每一步都直接影響zuì終的數(shù)據(jù)質(zhì)量和可解釋性。
1、dànbáizhì提取與酶解
dànbáizhì的提取質(zhì)量是后續(xù)質(zhì)譜檢測效率的基礎(chǔ)。常用步驟如下:
(1)使用含變性劑(如8M尿素或4% SDS)的裂解緩沖液處理樣本
(2)進(jìn)行DTT還原和IAA烷基化,以穩(wěn)定二硫鍵結(jié)構(gòu)
(3)使用yídànbáiméi進(jìn)行酶解,常規(guī)酶解時間為12–16小時
百泰派克生物科技采用微量磁珠輔助凈化和可控溫全自動酶解系統(tǒng),有效提升酶解效率與重復(fù)性,特別適合SWATH-MS對肽段均一性的高要求。
2、LC-MS采集設(shè)置
色譜和質(zhì)譜設(shè)置決定了SWATH-MS采集的深度和精度。以常見參數(shù)為例:
(1)LC系統(tǒng):納流液相(如EASY-nLC 1200),梯度60–120分鐘
(2)MS平臺:Sciex TripleTOF、Thermo Exploris、Bruker timsTOF
(3)SWATH掃描范圍:400–1200 m/z
(4)窗口數(shù)量:64–100個(可重疊設(shè)計(jì)),每個窗口寬度約25 Da
窗口設(shè)置越細(xì),分辨率越高,但采集時間也會延長,需根據(jù)樣本復(fù)雜度做動態(tài)平衡。
3、譜庫構(gòu)建與匹配策略
譜庫是SWATH-MS識別的核心工具,它記錄了肽段在質(zhì)譜中的碎片模式。構(gòu)建方式主要包括:
(1)實(shí)驗(yàn)譜庫:基于同一批次樣本進(jìn)行DDA采集,肽段覆蓋度高、準(zhǔn)確性強(qiáng)
(2)公共譜庫:如Pan-Human、SWATHAtlas,適用于標(biāo)準(zhǔn)模型物種
(3)預(yù)測譜庫:如Prosit、DeepMass等,利用AI預(yù)測碎片圖譜,適合新物種或樣本量不足場景
百泰派克在服務(wù)中可根據(jù)項(xiàng)目目標(biāo)整合多種譜庫類型,提升識別率并兼顧通量與成本。
4、DIA數(shù)據(jù)分析
分析工具推薦(根據(jù)預(yù)算與技術(shù)門檻靈活選擇):
數(shù)據(jù)處理步驟:
(1)與譜庫進(jìn)行肽段匹配
(2)多維度打分與FDR控制
(3)保留時間對齊(RT alignment)
(4)蛋白定量矩陣導(dǎo)出(intensity or area-based)
百泰派克團(tuán)隊(duì)會根據(jù)客戶需求輸出蛋白定量矩陣、差異表達(dá)結(jié)果、功能富集(GO/KEGG)報(bào)告以及可視化圖表,助力快速發(fā)表。
三、SWATH-MS與其他定量方法的對比
在選擇定量策略時,研究者常面臨多種技術(shù)選項(xiàng):DDA-LFQ、TMT/iTRAQ標(biāo)記法、SWATH-MS等。以下是典型對比:
百泰派克的SWATH-MS解決方案
百泰派克生物科技已為數(shù)百項(xiàng)SWATH-MS項(xiàng)目提供服務(wù),具備以下特色:
1、多平臺支持:Orbitrap Exploris 480 / timsTOF Pro / TripleTOF
2、多樣本類型適配:組織、血清、細(xì)胞、外泌體、FFPE等
3、譜庫策略靈活:公共庫+實(shí)驗(yàn)庫+AI預(yù)測庫混合匹配
4、高質(zhì)量交付:支持SCI文章標(biāo)準(zhǔn)的圖表與數(shù)據(jù)交付
SWATH-MS正逐步成為現(xiàn)代蛋白組學(xué)實(shí)驗(yàn)的“新標(biāo)準(zhǔn)”,特別是在樣本多、預(yù)算有限、數(shù)據(jù)穩(wěn)定性要求高的場景下展現(xiàn)出巨大優(yōu)勢。借助AI譜庫、深度算法與高性能質(zhì)譜平臺,SWATH-MS 的未來不jǐnxiàn于科研探索,更將在疾病診斷、藥物開發(fā)、jīngzhǔn醫(yī)療等領(lǐng)域釋放更大潛能。百泰派克生物科技,助力科研人員用更高效、更經(jīng)濟(jì)的方式實(shí)現(xiàn)高通量蛋白組學(xué)探索。
百泰派克生物科技特色項(xiàng)目
一、蛋白測序
百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析,提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù),包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,Cduāncèxù和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù),對蛋白序列進(jìn)行分析。
※服務(wù)優(yōu)勢:
1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;
2.可實(shí)現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;
3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;
4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;
5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;
6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。
二、dànbáizhì組學(xué)
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù),助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。
※服務(wù)優(yōu)勢:
1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析,發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;
2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法,適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;
3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;
4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;
5.zhuānyè生物信息學(xué)分析,分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。
三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析
百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析,采用金屬元素標(biāo)記物(通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體)標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。
※服務(wù)優(yōu)勢:
1.技術(shù)優(yōu)良,*技術(shù)空白
采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù),避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題??稍趩渭?xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。
2.分析數(shù)量大,成本較低
單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,而流式質(zhì)譜技術(shù)一次(單樣本)就可分析至少10^5的細(xì)胞,實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級的提高,且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。
3.應(yīng)用前景大
①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景;
②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外,質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾;
③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。
四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)
百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析,可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標(biāo)。
五、生物藥物表征
百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù),MALDI TOF,高效色譜分離技術(shù),提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù),幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。
百泰派克生物科技七大檢測平臺
百泰派克生物科技-生物制品表征,生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商
北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設(shè)備定期計(jì)量/期間核查,軟件審計(jì)追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù),支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊和生產(chǎn)放行。
1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù);
2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù);
3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等;
4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務(wù)需求;
5.服務(wù)3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;
6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!