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化工儀器網(wǎng)>產(chǎn)品展廳>技術服務>分子生物學服務>分子生物學整體服務> PRM分析優(yōu)化指南:如何在Orbitra

PRM分析優(yōu)化指南:如何在Orbitra

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百泰派克生物科技-生物藥物表征,生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Biotech Pack Scientific Co., Ltd. 簡稱BTP)從事以生物質(zhì)譜為依托的生物藥物表征,大分子物質(zhì)(包括蛋白質(zhì)、多肽、代謝物)質(zhì)譜分析以及小分子物質(zhì)檢測服務。

l 公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,專業(yè)提供以質(zhì)譜為基礎的CRO檢測分析服務;

l 獲國家CNAS實驗室認可,為客戶提供符合藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務;

l 業(yè)務范圍覆蓋蛋白質(zhì)組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等;

l 7大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務需求;

l 服務3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;

l 致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!






業(yè)務范圍主要圍繞蛋白和小分子代謝物檢測兩大板塊,從事蛋白質(zhì)和小分子代謝物的理化性質(zhì)分析及結構解析等相關技術服務,為客戶提供高性價比、高效率的技術服務。

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PRM分析優(yōu)化指南:如何在Orbitrap平臺上實現(xiàn)精確定量?檢測技術服務詳情介紹

在dànbáizhì組學研究中,PRM(Parallel Reaction Monitoring)技術因其特異性強、靈敏度高而被廣泛應用于生物標志物驗證、機制研究與生物藥開發(fā)等領域。尤其是在高分辨率質(zhì)譜平臺Orbitrap上的應用,使得PRM的定量準確性和重復性達到新的高度。然而,實現(xiàn)真正的jīngquè定量并非僅依賴于儀器性能,更需在樣本準備、方法開發(fā)、參數(shù)設定、數(shù)據(jù)采集與分析等每一環(huán)節(jié)精益求精。本文將系統(tǒng)解析如何在Orbitrap平臺上優(yōu)化PRM分析流程,幫助研究人員提升數(shù)據(jù)質(zhì)量與研究效率。


一、樣本制備:jīngzhǔn定量的前提保障

1、樣本類型與保存策略

PRM分析對樣本質(zhì)量極為敏感,推薦使用以下類型:

(1)組織樣本: 腫瘤、心腦組織等需快速冷凍,-80℃儲存;

(2)細胞樣本: 采用yíméi消化或刮板收集,加入裂解液立即處理;

(3)體液樣本: 如血清、血漿、腦脊液等,采集后應快速離心除雜、分裝冷凍。

避免多次凍融是確保蛋白完整性和定量一致性的關鍵。


2、蛋白提取與消化標準化

(1)裂解液選擇: RIPA適用于多種細胞結構,8M尿素用于難溶蛋白提取。

(2)還原與烷基化: 使用DTT(或TCEP)還原二硫鍵,IAA封閉游離巰基,保障酶解一致性。

(3)酶解: 常規(guī)使用Trypsin按1:50比例(酶:底物)過夜酶解,37℃保溫;

(4)純化: 采用C18柱純化脫鹽去雜質(zhì),提高肽段質(zhì)量與MS兼容性。

確保前處理一致性是實現(xiàn)jīngquè定量的基礎,建議引入QC樣本監(jiān)控操作波動。


二、靶標肽段篩選與穩(wěn)定同位素內(nèi)標設計

1、肽段篩選邏輯

(1)來源多樣: 可基于DDA結果、文獻數(shù)據(jù)或公共數(shù)據(jù)庫(如PeptideAtlas);

(2)篩選標準: 不含修飾位點、跨膜區(qū)域與共享肽段,保留時間穩(wěn)定、響應強;

(3)目標數(shù)量: 單項目推薦每個蛋白選2-3個高質(zhì)量肽段用于驗證。


2、內(nèi)標肽(SIS)設計與應用

(1)合成方式: 通常使用13C/15N標記氨基酸標記目標肽段;

(2)加入時機: 建議于酶解后加入,避免因樣本處理損耗帶來的誤差;

(3)定量模式: 可用于相對定量(歸一化)或構建標準曲線實現(xiàn)juéduì定量。

內(nèi)標的存在極大提升了PRM的重復性與跨批次一致性,是jīngquè定量bùkěhuòquē的關鍵。


三、方法開發(fā)與Orbitrap參數(shù)優(yōu)化指南

1、質(zhì)譜方法設置

(1)前體離子選擇: 根據(jù)響應強度、碎片譜圖選擇主m/z值;

(2)碎片離子設定: 選取多個強度高、無干擾的碎片離子,確保定量準確;

(3)RT窗口安排: 使用RT scheduling功能jīngzhǔn采集,提高采集效率與特異性;


2、Orbitrap平臺核心參數(shù)

(1)分辨率: 建議設置在30,000–60,000(MS2),高分辨提高背景分離能力;

(2)注入時間(IT)與AGC: 通常設置IT為80–150ms,AGC target為1e5–2e5,根據(jù)靶點強度優(yōu)化;

(3)Isolation Window: 設定為1.2–2.0 Th,兼顧靈敏度與特異性;

(4)動態(tài)排除: 開啟有助于避免干擾重復掃描,提高采集效率。


四、數(shù)據(jù)采集與Skyline分析流程詳解

1、原始數(shù)據(jù)采集要點

(1)QC策略: 每10個樣本注入一次QC樣本,監(jiān)控儀器狀態(tài)與樣本一致性;

(2)監(jiān)控指標: 總離子流(TIC)、保留時間穩(wěn)定性、SIS峰響應、背景噪聲水平等;


2、Skyline分析流程全解析

(1)導入raw文件與PRM方法配置: 設置靶標序列、m/z值、RT窗口;

(2)提取XIC與峰識別: 自動調(diào)用碎片離子色譜圖,選擇峰面積zuì大區(qū)域;

(3)RT校準與內(nèi)標比值計算: 校正保留時間偏移,計算SIS/Target比值;

(4)標準曲線擬合(如適用): 構建線性擬合曲線,計算LOD/LOQ;

(5)批量歸一化與可視化: 使用熱圖、火山圖、PCA呈現(xiàn)結果;

(6)統(tǒng)計分析: 進行t檢驗、ANOVA、多重假設校正等。

Skyline的使用貫穿PRM數(shù)據(jù)處理始終,是提升定量效率與質(zhì)量的核心工具。


五、優(yōu)化建議與常見問題解答(FAQ)

Q1:低豐度蛋白信號弱,如何優(yōu)化?

優(yōu)化酶解條件或使用免疫富集策略;延長質(zhì)譜注入時間,提高靶肽捕獲能力;優(yōu)選響應更強、背景干擾更低的替代表肽段。


Q2:靶點過多采集不全怎么辦?

啟用時間窗口調(diào)度(RT scheduling),避免同時間掃描過多肽段;按功能或表達量分批采集,或采用多輪運行策略。


Q3:結果波動大,可能的原因?

內(nèi)標響應不穩(wěn):建議更換或重新合成SIS;酶解效率波動:增加QC樣本,監(jiān)控酶解一致性;儀器狀態(tài)不穩(wěn):定期維護并做好每日性能驗證。


百泰派克生物科技憑借豐富的靶標經(jīng)驗與強大的Orbitrap Exploris平臺,建立了標準化、高通量的PRM分析服務體系,服務涵蓋:


  • 靶標選擇與SIS合成建議

  • 方法開發(fā)與Skyline模板配置

  • 多樣本、跨批次標準化分析

  • 可視化報告(含火山圖、熱圖、PCA)+ RAW原始圖譜交付


我們支持癌癥、代謝病、炎癥、自免等多領域研究,從科研探索到臨床轉化,提供zhídexìnlài的技術支撐。PRM不僅僅是一種定量手段,它是連接“發(fā)現(xiàn)”與“驗證”的核心橋梁。要在Orbitrap平臺上實現(xiàn)真正可靠的dànbáizhì定量結果,必須從樣本質(zhì)量、靶標選擇、內(nèi)標引入、參數(shù)設定到數(shù)據(jù)處理全過程優(yōu)化。百泰派克生物科技通過多年實踐與技術積累,為科研人員提供高覆蓋率、高重復性、高解讀力的PRM解決方案。讓每一次分析,不止于結果,更指向科學的深度洞察。


百泰派克生物科技特色項目


一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析,提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務,包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,Cduāncèxù和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務,對蛋白序列進行分析。


※服務優(yōu)勢:

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。



二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務,助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。


※服務優(yōu)勢:

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析,發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法,適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高,實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析,分析更系統(tǒng)準確。



三、單細胞質(zhì)譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術分析,采用金屬元素標記物(通常是金屬元素標記的特異抗體)標記細胞表面和內(nèi)部的分子,然后用流式細胞原理分離單個細胞,再用電感耦合等離子體質(zhì)譜(ICP-MS)分析單個細胞的原子質(zhì)量譜,zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。


※服務優(yōu)勢:

1.技術*,*技術空白

采用金屬標記抗體技術,避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題??稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大,成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右,而流式質(zhì)譜技術一次(單樣本)就可分析至少10^5的細胞,實現(xiàn)了數(shù)量級的提高,且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結果可以給出細胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景;

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外,質(zhì)譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾;

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。



四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析,可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標。



五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術,MALDI TOF,高效色譜分離技術,提供一系列完善的生物藥物分析方案,從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析,到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務,幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。



百泰派克生物科技七大檢測平臺

PRM分析優(yōu)化指南:如何在Orbitra




百泰派克生物科技-生物制品表征,生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則,通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證,建立了完備的質(zhì)量體系,數(shù)據(jù)冷熱/異地備份,設備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術服務,支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系,zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎的CRO檢測分析服務;

2.獲國家CNAS實驗室認可,為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務;

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等;

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺,滿足您一站式服務需求;

5.服務3000+企業(yè),10000+客戶的選擇;

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!



PRM分析優(yōu)化指南:如何在Orbitrap平臺上實現(xiàn)精確定量?檢測技術服務詳情介紹



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