基于SILAC的差異蛋白篩選策略詳解檢測技術服務詳情介紹

dànbáizhì水平的表達變化是揭示生物過程、疾病機制和藥物作用的重要切入點。然而，由于dànbáizhì本身的復雜性和表達動態(tài)范圍廣，如何實現(xiàn)jīngquè且可重復的蛋白定量一直是dànbáizhì組學的技術挑戰(zhàn)。穩(wěn)定同位素標記的細胞培養(yǎng)法（SILAC）應運而生，基于SILAC的差異蛋白篩選策略通過在細胞培養(yǎng)階段引入重同位素標記氨基酸，實現(xiàn)dànbáizhì水平的“內(nèi)源性”標記，使得樣本間比較在質譜層面具備高精度和可重復性。

一、SILAC原理概述：從氨基酸標記到質譜檢測

基于SILAC的差異蛋白篩選的核心原理是利用細胞在合成蛋白時天然攝取培養(yǎng)基中的氨基酸。通過將培養(yǎng)基中的天然氨基酸（“輕”型）替換為含有穩(wěn)定同位素的重型氨基酸（如13C6-賴氨酸、13C6 15N4-jīngānsuān等），可以在不干擾細胞生理狀態(tài)的前提下實現(xiàn)蛋白全標記。

實驗設計通常包括兩組或三組細胞，分別在含“輕”、“中”、“重”氨基酸的培養(yǎng)基中生長。標記完成后，樣本在裂解前按比例混合，進行統(tǒng)一的酶切和質譜分析。由于不同同位素標記的肽段在質譜中會產(chǎn)生可分辨的質量差異，因此可直接比較同一肽段在不同條件下的豐度，實現(xiàn)相對定量分析。

二、實驗設計關鍵點：如何提升定量準確性與覆蓋率

1、細胞適應與標記效率控制

為確保dànbáizhì標記wánquán，細胞通常需要在含重氨基酸的培養(yǎng)基中連續(xù)傳代至少五至六代，以確保其內(nèi)源性蛋白被重氨基酸wánquán取代。標記效率可通過質譜檢測隨機選取的肽段進行評估，一般要求達到98%以上。此外，應設立未標記對照組以識別潛在的非特異性峰或干擾。

2、樣本混合與蛋白提取的一致性控制

混合樣本時應嚴格按照細胞數(shù)或總dànbáizhì量進行，避免因樣本量偏差引入系統(tǒng)性誤差。在蛋白提取和裂解過程中，需統(tǒng)一使用高效裂解緩沖液，并添加蛋白酶抑制劑，保證不同處理組之間的一致性和蛋白完整性。

3、質譜分析流程：從肽段制備到差異蛋白鑒定

基于SILAC的差異蛋白篩選實驗，樣本在酶解處理后進入高分辨率質譜系統(tǒng)（如Orbitrap或Q-TOF）進行分析。質譜輸出數(shù)據(jù)可通過MaxQuant、Proteome Discoverer等蛋白組學軟件平臺進行處理，實現(xiàn)以下任務：

（1）dànbáizhì/肽段識別與定量

（2）同位素對峰提取與比值計算

（3）差異表達蛋白初篩與統(tǒng)計分析

SILAC數(shù)據(jù)中的定量wánquán基于內(nèi)標體系，因此無需外源校準標準曲線，定量精度顯著優(yōu)于傳統(tǒng)標簽法（如iTRAQ/TMT）。

4、數(shù)據(jù)解讀與差異蛋白篩選策略

（1）Fold Change與P值雙閾值篩選

差異蛋白篩選通常采用Fold Change與統(tǒng)計顯著性雙重標準。根據(jù)實驗目的，F(xiàn)old Change設定為1.5或2倍變化，配合t檢驗得出的P值（常設閾值為P<0.05）篩選候選蛋白。為控制多重比較引入的假陽性率，建議采用Benjamini-Hochberg法進行FDR校正。

（2）功能富集與通路分析賦能機制解析

篩選出的差異蛋白可進一步進行GO（基因本體）、KEGG（通路）富集分析，探索其可能參與的生物過程、分子功能和信號通路。結合蛋白互作網(wǎng)絡（PPI）分析，能夠識別潛在的關鍵調(diào)控因子，助力靶點發(fā)現(xiàn)與機制假說構建。

三、SILAC技術應用場景

SILAC技術廣泛應用于多種生物學和疾病研究中，尤其在以下領域表現(xiàn)出顯著優(yōu)勢：

1、腫瘤研究：分析腫瘤細胞在藥物干預下的蛋白表達與磷酸化網(wǎng)絡變化，揭示耐藥機制

2、感染免疫：追蹤病毒或細菌感染宿主細胞后的蛋白調(diào)控動態(tài)，探索宿主-病原相互作用

3、干細胞分化：解析干細胞在特定誘導條件下的dànbáizhì組變化，識別關鍵發(fā)育調(diào)控因子

百泰派克生物科技構建了完善的SILAC蛋白組學技術平臺，配備高分辨率Orbitrap Fusion Lumos質譜系統(tǒng)與高性能納流液相系統(tǒng)，可實現(xiàn)：多條件SILAC標記的高效方案設計與細胞培養(yǎng)支持；高深度肽段覆蓋與低豐度蛋白檢測；生物信息學一體化分析（含GO/KEGG/PPI等功能注釋）。我們致力于為腫瘤、感染、神經(jīng)、代謝等多領域科研項目提供定制化、可發(fā)表級別的數(shù)據(jù)交付方案，助力科研人員高效完成基于SILAC的差異蛋白篩選。通過科學的實驗設計與嚴謹?shù)臄?shù)據(jù)分析，研究人員可以更可靠地篩選差異蛋白并深入探索其功能機制。百泰派克生物科技期待為您的科研項目提供高品質SILAC蛋白組學服務，共同推動生命科學的探索與創(chuàng)新。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統(tǒng)進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數(shù)據(jù)轉換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術*，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優(yōu)質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合*藥政法規(guī)的藥物質量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質的生物質譜分析服務!

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