Bottom-Up 蛋白質(zhì)組學(xué)分析流程全攻略（附樣本制備技巧）檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

Bottom-Up dànbáizhì組學(xué)（自下而上dànbáizhì組學(xué)）是一種研究dànbáizhì組的方法，它通過先將dànbáizhì酶解成較小的肽段，然后利用質(zhì)譜（MS, Mass Spectrometry）等技術(shù)對(duì)這些肽段進(jìn)行分析，以推斷dànbáizhì的組成和特性。這是目前zuì常用的dànbáizhì組學(xué)策略之一。該方法以其高通量、靈敏度高和適應(yīng)性強(qiáng)的優(yōu)勢，廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、疾病機(jī)制解析、藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)等領(lǐng)域。在 Bottom-Up dànbáizhì組學(xué)分析中，樣本制備的質(zhì)量直接決定了實(shí)驗(yàn)的成敗。

一、Bottom-Up dànbáizhì組學(xué)分析流程概覽

標(biāo)準(zhǔn)的 Bottom-Up dànbáizhì組學(xué)工作流程包括以下關(guān)鍵步驟：

1、樣本制備：細(xì)胞裂解、蛋白提取、定量。

2、蛋白酶解：通常使用yídànbáiméi進(jìn)行酶解。

3、肽段純化與除鹽：去除干擾物質(zhì)，提升質(zhì)譜檢測靈敏度。

4、液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用（LC-MS/MS）分析：分離肽段并進(jìn)行質(zhì)譜檢測。

5、數(shù)據(jù)分析與dànbáizhì鑒定：利用數(shù)據(jù)庫搜索和生物信息學(xué)工具進(jìn)行dànbáizhì鑒定和定量。

每一步的優(yōu)化都直接影響zuì終的數(shù)據(jù)質(zhì)量和研究結(jié)論。

二、樣本制備技巧與注意事項(xiàng)

高質(zhì)量的樣本制備是成功進(jìn)行 Bottom-Up dànbáizhì組學(xué)分析的前提。以下是一些關(guān)鍵的技巧和建議：

1、蛋白提取與定量

（1）選擇合適的裂解緩沖液：根據(jù)樣本類型（如細(xì)胞、組織、體液）選擇合適的裂解緩沖液，以確保dànbáizhì的充分提取。

（2）使用蛋白酶抑制劑：在裂解過程中添加蛋白酶抑制劑，防止dànbáizhì降解。

（3）定量準(zhǔn)確：使用 BCA 或 Bradford 法進(jìn)行dànbáizhì定量，確保后續(xù)酶解反應(yīng)的準(zhǔn)確性。

2、蛋白酶解優(yōu)化

（1）酶解條件控制：通常在 37°C 下進(jìn)行酶解，時(shí)間為 12-16 小時(shí)。

（2）酶與底物比例：常用的酶與底物比例為 1:50 至 1:100。

（3）多酶聯(lián)合使用：如yídànbáiméi與 Lys-C 聯(lián)合使用，可提高酶解效率和dànbáizhì覆蓋率。

3、肽段純化與除鹽

（1）固相萃?。⊿PE）：使用 C18 固相萃取柱進(jìn)行肽段純化，去除鹽離子和其他干擾物質(zhì)。

（2）正壓系統(tǒng)：采用正壓系統(tǒng)進(jìn)行肽段純化，可提高通量和重復(fù)性。

4、質(zhì)譜分析前的準(zhǔn)備

（1）樣品濃縮與重溶：將純化后的肽段濃縮并重溶于適當(dāng)?shù)娜芤褐校ㄈ?0.1% 甲酸），以適應(yīng) LC-MS/MS 分析。

（2）樣品過濾：使用 0.22 μm 濾膜過濾樣品，去除顆粒物，防止堵塞色譜柱。

三、提升數(shù)據(jù)質(zhì)量的實(shí)用建議

1、使用新鮮試劑：避免反復(fù)凍融，確保酶活性和反應(yīng)效率。

2、清潔 LC-MS 系統(tǒng)：定期清洗色譜柱和質(zhì)譜儀，防止樣品間交叉污染。

3、優(yōu)化 LC-MS 方法：根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康恼{(diào)整梯度長度、掃描模式（如 DDA 或 DIA）和重復(fù)進(jìn)樣次數(shù)。

4、數(shù)據(jù)分析策略明確：在實(shí)驗(yàn)前確定數(shù)據(jù)分析流程和使用的軟件工具，確保數(shù)據(jù)處理的高效性和準(zhǔn)確性。

四、注意事項(xiàng)與常見問題

1、污染控制：操作過程盡量使用無DNA酶/蛋白酶的管、槍頭，避免角蛋白污染。

2、酶解效率：不足會(huì)影響蛋白鑒定數(shù)，建議優(yōu)化酶解條件。

3、重復(fù)性控制：至少三次技術(shù)重復(fù)，統(tǒng)計(jì)更可靠。

4、質(zhì)譜前樣本濃度：濃度過低可能導(dǎo)致低信號(hào)，過高會(huì)污染柱子，需準(zhǔn)確定量。

在Bottom-Up dànbáizhì組學(xué)分析中，樣本制備的質(zhì)量直接決定了實(shí)驗(yàn)的成敗。百泰派克生物科技擁有豐富的經(jīng)驗(yàn)和先進(jìn)的技術(shù)平臺(tái)，提供從樣本制備到數(shù)據(jù)分析的一站式服務(wù)，確保為客戶提供高質(zhì)量、可重復(fù)的dànbáizhì組學(xué)數(shù)據(jù)。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上先進(jìn)的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)先進(jìn)，填補(bǔ)技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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