De Novo測序和同源性搜索，如何協(xié)同分析？檢測技術(shù)服務詳情介紹

在蛋白組學研究中，數(shù)據(jù)庫搜索（Database Search）仍是主流分析方式，但它高度依賴現(xiàn)有數(shù)據(jù)庫的完整性與準確性。當我們面對的是非模式生物、天然產(chǎn)物、抗體片段或翻譯起始位點變異的肽段時，數(shù)據(jù)庫可能無法匹配這些“新序列”，導致錯配或wánquán漏報。

這時，De Novo測序（從頭測序）提供了無需依賴數(shù)據(jù)庫的氨基酸序列識別能力。而如果再結(jié)合同源性搜索（Homology Search），不僅能提高識別準確性，還能為功能注釋、進化分析與蛋白推斷提供強有力的支持。

一、De Novo測序 vs 同源性搜索：本質(zhì)區(qū)別是什么？

二、De Novo測序和同源性搜索的協(xié)同策略

1、De Novo預測候選肽段序列

使用PEAKS、Novor、DeepNovo等工具，對高質(zhì)量MS/MS譜圖進行從頭測序，生成多個高置信度的候選肽段序列（通常包括多個異構(gòu)體候選）。在百泰派克生物科技，我們采用DeepNovo與自研Transformer模型組合，大幅提升長肽段與修飾位點的預測準確率。

2、將De Novo結(jié)果用于同源性搜索

通過將De Novo預測的肽段（即使不完整）輸入BLAST、MS-BLAST、SPIDER或PEAKS SPIDER模塊，與NR庫、SwissProt庫、Uniprot或自建數(shù)據(jù)庫進行比對：

（1）發(fā)現(xiàn)具有顯著相似性的同源蛋白；

（2）推斷功能域（motif）或活性區(qū)域；

（3）彌補De Novo殘缺肽段的上下文信息；

（4）確認修飾或突變位點（如R→K、M→O）是否為生物學真實變異。

3、構(gòu)建“可信肽段 + 同源匹配”復合證據(jù)鏈

（1）置信度高的De Novo肽段 → 提供一級序列證據(jù)；

（2）同源匹配支持 → 提供功能注釋、物種歸屬與結(jié)構(gòu)推斷；

（3）若能通過肽段合成或功能驗證 → 實現(xiàn)高可信度蛋白識別閉環(huán)。

三、實際應用場景

1、非模式物種dànbáizhì組研究

在植物、昆蟲、微生物等物種研究中，數(shù)據(jù)庫覆蓋極低。De Novo測序用于生成候選肽段，再通過同源搜索鎖定近源物種序列，有助于構(gòu)建進化樹與蛋白功能網(wǎng)絡。

2、天然活性肽/未知功能肽識別

在抗菌肽、神經(jīng)肽、腸促素等天然產(chǎn)物研究中，從頭測序發(fā)現(xiàn)新肽段后，結(jié)合同源比對可快速判斷其與已知功能肽的相似性，加速活性篩選。

3、抗體序列測定與工程改造

De Novo用于解析抗體輕鏈/重鏈CDR區(qū)序列，同源比對可判斷其與已知抗體的親緣關(guān)系，有助于人源化改造、構(gòu)建Fab或scFv片段。

四、如何提升De Novo測序 + 同源性搜索的準確性？

1、數(shù)據(jù)層優(yōu)化

（1）選擇高分辨率質(zhì)譜儀（如Orbitrap Eclipse, timsTOF Pro 2）；

（2）使用多酶酶切策略，提高肽段覆蓋率；

（3）結(jié)合PASEF或FAIMS技術(shù)，增強譜圖質(zhì)量。

2、分析層優(yōu)化

（1）采用多個De Novo算法結(jié)果交叉比對，篩選一致性高的肽段；

（2）利用二級修飾識別模塊，處理翻譯后修飾（PTMs）干擾；

（3）將預測肽段反向匹配原始譜圖，增強驗證機制。

3、同源性搜索層優(yōu)化

（1）靈活使用數(shù)據(jù)庫：公共庫 + 自建數(shù)據(jù)庫（如轉(zhuǎn)錄組翻譯庫）；

（2）篩選多物種結(jié)果，評估序列保守性；

（3）使用結(jié)構(gòu)比對工具（如HHpred）輔助低同源區(qū)段功能識別。

百泰派克生物科技為客戶提供“De Novo + 同源性比對”一體化分析流程，具體包括：

1、AI驅(qū)動肽段預測：深度學習模型輔助譜圖解析，準確率更高；

2、多數(shù)據(jù)庫支持：支持Uniprot/NR/SwissProt/自建數(shù)據(jù)庫多源同源搜索；

3、序列注釋與功能預測：輸出可信肽段+注釋信息+推薦驗證方案；

4、合成肽驗證服務：支持對關(guān)鍵序列進行合成驗證與功能測試。

De Novo測序讓我們有能力探索未知肽段，而同源性搜索賦予這些序列以“意義”。當兩者協(xié)同應用時，不僅提高了蛋白識別的準確性，也為功能預測與后續(xù)驗證提供了堅實基礎(chǔ)。百泰派克生物科技持續(xù)整合高性能質(zhì)譜平臺與AI算法能力，致力于為科研客戶和生物醫(yī)藥企業(yè)提供更強大、更可靠的未知蛋白識別服務。如您正在尋找De Novo測序與同源性分析結(jié)合的解決方案，歡迎隨時聯(lián)系我們獲取技術(shù)支持。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!

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