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PCR定量試劑盒進(jìn)行引物探針確定的指標(biāo)分析

閱讀:1447      發(fā)布時間:2021-11-2
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  PCR定量試劑盒前期的驗證引物探針性能和確定適反應(yīng)條件是確保正式實驗順利進(jìn)行的前提。那么前期驗證引物探針我們需要怎么確定呢?主要指標(biāo)是基線、擴(kuò)增曲線、Ct值、擴(kuò)增效率、低濃度樣本檢出、CV等。
  
  一、基線
  
  基線是PCR擴(kuò)增曲線中水平的線,在PCR擴(kuò)增反應(yīng)的循環(huán)中,熒光信號變化不大,成一條直線,這條直線即基線。
  
  在PCR定量試劑盒引物探針篩選時,要注意基線是否水平。引物探針濃度純度都會影響基線,如導(dǎo)致基線上抬,下降等。而基線也是一個很直觀的指標(biāo)。
  
  二、擴(kuò)增曲線
  
  另一個直觀地指標(biāo)是擴(kuò)增曲線形態(tài),呈S形曲線,避免有二次擴(kuò)增,或者其他不正常的擴(kuò)增曲線。
  
  三、Ct值
  
  從基線到指數(shù)增長的拐點對應(yīng)的循環(huán)次數(shù)為Ct值。
  
  對于同一個樣本,不同的引物探針結(jié)果為不同的擴(kuò)增曲線,對應(yīng)的Ct值受擴(kuò)增效率,干擾程度等影響會不一樣,理論上我們選擇的引物探針Ct值越小越好。
  
  評估PCR擴(kuò)增效率可靠和穩(wěn)定的一種方法是標(biāo)準(zhǔn)曲線,也是被研究者們廣泛認(rèn)可的。該方法涉及到制作一系列的樣品來控制目標(biāo)模板的相對數(shù)量。PCR定量試劑盒通常由濃縮的原液連續(xù)稀釋而成,常用的是10倍稀釋。
  
  使用一系列稀釋樣品,采用標(biāo)準(zhǔn)qPCR程序進(jìn)行擴(kuò)增獲得Cq值,然后根據(jù)各樣品濃度及相應(yīng)的Cq值繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線,得到線性方程Cq=-klgX0+b,擴(kuò)增效率E=10(-1/k)-1。利用qPCR進(jìn)行定量分析時,要求擴(kuò)增效率范圍在90%-110%(3.6>k>3.1)。

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