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普通的基因擴(kuò)增儀(PCR儀)只能夠定性地分析是否存在目標(biāo)片段。但是價格要低很多，而且運(yùn)行成本也要低很多。不過不能直接得到擴(kuò)增結(jié)果，還需要做電泳檢測。實(shí)際中檢測遺傳疾病，品種分子標(biāo)記篩選，甚至親自鑒定等都可以由普通PCR儀完成。

但是，某些需要定量的實(shí)驗就必須用到實(shí)時定量PCR了。比如檢測某些病原物的數(shù)量(血液乙肝病毒復(fù)制程度)，特定基因的表達(dá)量(比如結(jié)合反轉(zhuǎn)錄做的RNA定量分析)，某些基因在染色體組中拷貝數(shù)(以前往往使用southern blot技術(shù))等等。

熒光定量PCR儀與普通的PCR儀相比，多了熒光信號采集系統(tǒng)和計算機(jī)分析處理系統(tǒng)。熒光定量PRC一般不需要對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行電泳分析，操作相對簡單些，但是耗材實(shí)在是貴。熒光定量PCR儀除了擴(kuò)增，還能在擴(kuò)增的同時檢測DNA發(fā)出的熒光信號，試劑和儀器都更貴。

總之，實(shí)時熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉(zhuǎn)錄水平的，而普通的PCR儀是做定性分析和擴(kuò)增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，而反之就不行了，況且這樣代價太大了，一般的實(shí)驗室都不允許這樣做的。兩者的功能不能互相取代。