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1.分析試驗(yàn)應(yīng)用的類型   
一般抗體說明書都列出該抗體經(jīng)試驗(yàn)驗(yàn)證過適用于何種分析類型，如：可以應(yīng)用于WB  IHC  ICC  ELASA分析等，如果抗體說明書沒有提及的應(yīng)用類型，并不意味著該抗體不適用于此種分析應(yīng)用類型，而僅是說明尚未經(jīng)過此種分析試驗(yàn)驗(yàn)證，如果抗體不適用某些分析試驗(yàn)，則會(huì)在抗體說明書上標(biāo)注出來不適于某分析試驗(yàn)。
    2.樣本蛋白的結(jié)構(gòu)性質(zhì)  
了解樣本蛋白的結(jié)構(gòu)性質(zhì)有助于選擇zui合適的抗體，至少兩方面因素需要考慮
?待測(cè)樣本蛋白的結(jié)構(gòu)域：抗體是由各種不同免疫原免疫宿主而制備得來，其中的免疫原包括：全長蛋白、蛋白片斷、多肽、全有機(jī)體（如：細(xì)菌）或細(xì)胞，抗體說明書一般都有免疫原的描述，如果打算檢測(cè)的是蛋白片斷或一種特殊的同型物或蛋白全長的某一區(qū)域，則必須選擇用含此片段域的免疫原制備出的抗體。如果打算用FACS流式檢測(cè)活細(xì)胞的表面蛋白，則需要選擇含該表面蛋白的胞外域來免疫制備的抗體。

3.樣本的物種
應(yīng)選擇物種相同或有交叉反應(yīng)的抗體，抗體可能與不同物種的同種靶蛋白有交叉反應(yīng)，因其氨基酸序列同源性較高，如果樣本的種類未列入抗體說明書上的交叉反應(yīng)種屬表中，并不意味著該抗體不適用于檢測(cè)該物種的蛋白，而只是表示該物種尚未用此抗體檢測(cè)驗(yàn)證過，應(yīng)通過序列比對(duì)的方法來預(yù)測(cè)交叉反應(yīng)，可應(yīng)用Expasy 和 NCBI BLAST來進(jìn)行不同物種蛋白同源性比對(duì)。
    4.一抗宿主物種的選擇   
一般說來，在使用偶聯(lián)二抗結(jié)合無偶聯(lián)物的一抗時(shí)，一抗宿主動(dòng)物的物種選擇較為重要，對(duì)于免疫組化而言，盡可能選擇與樣本不同種系物種的一抗，從而避免二抗與樣本內(nèi)源性免疫球蛋白產(chǎn)生交叉反應(yīng)，例如：檢測(cè)小鼠樣本蛋白，則不應(yīng)選擇小鼠或大鼠源的一抗，選兔源的一抗，則二抗則可選擇偶聯(lián)了檢測(cè)分子（酶、熒光素、生物素等）的抗兔IgG。如果選擇有偶聯(lián)物的一抗則不適用上述情況，除免疫組化外的其它對(duì)不含內(nèi)源性免疫球蛋白樣本的檢測(cè)方法，則抗體宿主物種的影響不大，如對(duì)不含IgG的細(xì)胞裂解物樣本的western blotting檢測(cè)，盡管如此，含有血清的組織裂解物和組織培養(yǎng)上清中含有免疫球蛋白，還原變性樣本中含IgG，在western blot檢測(cè)中則結(jié)合出現(xiàn)IgG分子50 and 25 kDa的重鏈和輕鏈條帶。
    5.二抗的選擇
二抗應(yīng)選用與使用的一抗相同的物種來源，例如：如果你的一抗是小鼠的單克隆抗體，二抗則選抗小鼠的二抗anti-mouse secondary。建議檢查二抗說明書確保該抗體適用于你的檢測(cè)應(yīng)用， 二抗一般連接熒光素FITC或發(fā)光團(tuán)。
   6.雙重染色抗體的選擇
用未偶聯(lián)一抗進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng)物或組織切片的雙重免疫染色要求一抗來源于不同物種并且二抗分別識(shí)別其中之一，二抗說明書應(yīng)描述其與其它物種來源的免疫球蛋有否有交叉吸附。