離子交換色譜是蛋白純化技術(shù)中常用的一種純化方法，其原理是指被分離物質(zhì)所帶的電荷可與離子交換劑所帶的相反電荷結(jié)合，這種帶電分子與固定相之間的結(jié)合作用是可逆的，在改變pH或者用逐漸增加離子強(qiáng)度的緩沖液洗脫時(shí)，離子交換劑上結(jié)合的物質(zhì)可與洗脫液中的離子發(fā)生交換而被洗脫到溶液中。由于不同物質(zhì)的電荷不同，其與離子交換劑的結(jié)合能力也不同，所以被洗脫到溶液中的順序也不同，從而被分離出來。

絕大多數(shù)重組蛋白純化都要用到離子交換。離子交換色譜的基礎(chǔ)是高分辨率，可以直接放大規(guī)模應(yīng)用在工業(yè)上，柱再生容易，還可以使蛋白濃縮。大多數(shù)蛋白質(zhì)的靜電荷是負(fù)值，因此陰離子交換色譜的應(yīng)用。

離子交換色譜的實(shí)際操作：