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如何在DNA序列中找到序列標(biāo)簽位點
點擊次數(shù)：901 發(fā)布時間：2016-9-5
NCBI的“electronic PCR(e-PCR)”工具是UniSTS資源庫的一部分，可以用來尋找一段目的dna片段中的STS標(biāo)記物。UniSTS (http://www.ncbi.nih.gov/genome/sts/)能提供所有有關(guān)STS標(biāo)記物的資料，包括引物序列、產(chǎn)物大小、作圖信息和別名。與之相鏈接的其他NCBI資源如Entrez、LocusLink和MapViewer也同樣提供這些信息。e-PCR通過搜尋具有正確的方向和間距的序列且這個序列能代表用于擴增STSs的PCR引物，來尋找一段DNA序列中潛在的STSs。
先在ncbi主頁上(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)找到e-PCR的主頁，然后在右手欄點擊“Electronic PCR”鏈接。再在e-PCR主頁的上端大的文本框內(nèi)粘貼上目的基因序列或鍵入登陸號(accession number)。例如某個序列的登錄號是AF288398，結(jié)果顯示該序列只包含一個STS：stSG47693(或RH92759)，位于此序列的2102和2232核苷之間。
當(dāng)點擊“marker”下標(biāo)記物的名稱時，從UniSTS中出現(xiàn)STS的詳細(xì)資料。引物的信息、PCR產(chǎn)物大小以及標(biāo)記物的替代名稱也出現(xiàn)在主頁的上端。在不同的圖譜中，STSs常有不同的名稱。在“Cross-references”欄目下的LocusLink、UniGene和the Genebridge 4中，將顯示這個STS的定位圖。在“mapping information”部分包含能鏈接到NCBI的“MapViewer”瀏覽器。在主頁的下端是“Electronic PCR results”，顯示了其他序列，包括contigs(重疊群)、mRNAs和包含這個STS標(biāo)記物的ESTs。
為了在所有圖譜中看到STS標(biāo)記物及其基因組的狀況，則在“Mapping Information”部分的上端點擊鏈接標(biāo)志“MapViewer”，這個圖譜瀏覽器會出現(xiàn)兩張圖譜。請注意，在這個視窗里，STS stSG47693被稱為RH92759(用粉紅色強調(diào))。99–Genebridge 4 (GM99_GB4，位于左邊)基因圖譜上有46000個STS標(biāo)記被放射雜交協(xié)會定位到GB4雜交面板上。STS圖譜(位于右邊)顯示了如何使用e-PCR將STSs序列放置到基因組序列組裝?；疑€將兩個圖譜的標(biāo)記物連接起來，而紅色線條顯示STS RH92759在兩張圖譜中的位置。在這個區(qū)域，STS圖譜中共有211個STSs，但在這個視窗里只標(biāo)記了20個。在STS圖譜的右邊，點擊綠色和黃色圓圈會出現(xiàn)STS標(biāo)記物的圖譜。通過左邊工具條的縮放工具，可以放大或縮小這個視窗。