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探針是一小段單鏈DNA或者RNA大約是20到500bp)，用于檢測與其互補的核酸序列。雙鏈DNA加熱變性成為單鏈，隨后用放射性同位素(通常用磷-32)、熒光染料或者酶(如辣根過氧化物酶)標(biāo)記成為探針。磷-32通常被摻入組成DNA的四種核苷酸之一的磷酸基團(tuán)中，而熒光染料和酶與核酸序列以共價鍵相連。
當(dāng)將探針與樣品雜交時，探針和與其互補的核酸(DNA或RNA)序列通過氫鍵緊密相連，隨后，未被雜交的多余探針被洗去。后，根據(jù)探針的標(biāo)記物種類，可進(jìn)行放射自顯影、熒光發(fā)光、酶聯(lián)化學(xué)發(fā)光等方法來判斷樣品中是否，或者何位置含有被測序列(即與探針互補的序列)。
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