凝膠電泳被廣泛用于分子生物學(xué)、遺傳學(xué)和生物化學(xué)：

⒈大的DNA或者RNA分子通常利用瓊脂糖凝膠電泳（agarose gel electrophoresis）分離，也可以使用聚丙烯酰胺凝膠電泳（PAGE）。

⒉蛋白質(zhì)的凝膠電泳通常在加入十二烷基硫酸鈉的聚丙烯酰胺凝膠中進行（SDS-PAGE），或者非變性凝膠電泳，或二維電泳。

3.毛細管電泳

⒋酶譜法（zymography）

⒌變性梯度膠凝電泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE）

瓊脂糖和聚丙烯酰胺可以制成各種形狀、大小和孔隙度。瓊脂糖凝膠分離DNA片度大小范圍較廣，不同濃度瓊脂糖凝膠可分離長度從200bp至近50kb的DNA。瓊脂糖通常用水平裝置在強度和方向恒定的電場下電泳。聚丙烯酰胺分離小片段DNA（5-500bp）效果較好，其分辯力，甚至相差1bp的DNA就能分開。聚丙烯酰胺凝膠電泳很快，可容納相對大量的DNA，但制備和操作比瓊脂糖凝膠困難。聚丙烯酰胺凝膠采用垂直裝置進行電泳。目前，一般實驗室多用瓊脂糖水平平板凝膠電泳裝置進行DNA電泳。