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5、清洗液路和柱子時，有溫控可加熱到30攝氏度易于沖洗；
6、長時間用緩沖溶液要注意觀察接頭處有無析出，若有白色鹽類析出，可考慮一定周期用10%硝酸沖洗一下液路(拆下柱子，走30mL,再用5倍水沖洗)可以避免液路的堵塞；
7、選擇緩沖液要用可靠的試劑，避免不純的鹽類造成不必要的麻煩；
如果流動相中有機溶劑的比例很高，不能用來沖洗緩沖鹽，通常C18柱先用5%~10%的甲醇沖洗，可以把緩沖鹽沖洗出來，然后用純的有機溶劑來保護柱子。方法是使用與流動相相同濃度不含鹽的流動相進行清洗。
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