亮發(fā)光桿菌篩選的手段必需配合不同篩選階段的要求，對于初篩，要力求快速、簡便，對于復篩，應該做到，測得的數(shù)據(jù)要能夠反映將來的水平。

有時，有些菌體的形態(tài)變異與產(chǎn)量的變異存在著一定的相關性，這就能很容易地將變異菌株篩選出來。盡管相當多的突變菌株并不存在這種相關性，但是在篩選工作中應盡可能捕捉、利用這些直接的形態(tài)特征性變化。當然，亮發(fā)光桿菌這種鑒別方法只能用于初篩。有人曾統(tǒng)計過3,484個產(chǎn)維生素B2的阿舒假囊酵母(Eremothecium ashbyii)的變異菌落，發(fā)現(xiàn)高產(chǎn)菌株的菌落形態(tài)有以下特點：菌落直徑呈中等大小（8-10毫米），凡過大或過小者均為低產(chǎn)菌株；色澤深黃色，凡淺黃或白色者皆屬低產(chǎn)菌株。又如，在灰黃霉素產(chǎn)生菌蕁麻青霉(Penicillium urticae)的育種中，曾發(fā)現(xiàn)菌落的棕紅色變深者往往產(chǎn)量有所提高，而在赤霉素菌藤倉赤霉（Gibberella fujikuroi）中，卻發(fā)現(xiàn)菌落的紫色加深者產(chǎn)量反而下降。

平皿快速檢測法是利用菌體在特定固體培養(yǎng)基平板上的生理生化反應，將肉眼觀察不到的產(chǎn)量性狀轉化成可見的"形態(tài)"變化。具體的有紙片培養(yǎng)顯色法、變色圈法、透明圈法、生長圈法和抑制圈法等,這些方法較粗放，一般只能定性或半定量用，常只用于初篩，但它們可以大大提高篩選的效率。它的缺點是由于培養(yǎng)平皿上種種條件與搖瓶培養(yǎng)，尤其是發(fā)酵罐深層液體培養(yǎng)時的條件有很大的差別，有時會造成兩者的結果不一致。平皿快速檢測法操作時應將培養(yǎng)的菌體充分分散，形成單菌落，亮發(fā)光桿菌以避免多菌落混雜一起，引起"形態(tài)"大小測定的偏差。