由透射電鏡的工作原理可知，供透射電鏡分析的樣品必須對電子束是透明的，通常樣品觀察區(qū)域的厚度以控制在約100-200nm為宜。薄片制備系統(tǒng)所制得的樣品還必須具有代表性以真實(shí)反映所分析材料的某些特征，因此，樣品制備時(shí)不可影響這些特征，如已產(chǎn)生影響則必須知道影響的方式和程度，透射電鏡樣品制備是一個(gè)涉及面很廣的題目，方法也很多。

 

    薄片制備系統(tǒng)能夠提供小于3埃的圖像分辨率，這使得失效分析實(shí)驗(yàn)室能夠大幅縮減數(shù)據(jù)采集的時(shí)間，而不會(huì)降低圖像質(zhì)量。另外，將高分辨率成像和薄片制備系統(tǒng)集中到一臺(tái)儀器上，有效的節(jié)省了實(shí)驗(yàn)室空間。一般多用超薄切片技術(shù)，將大尺寸材料制成適當(dāng)大小的超薄切片，并且利用電子染色、細(xì)胞化學(xué)、免疫標(biāo)記及放射自顯影等方法顯示各種超微結(jié)構(gòu)、各種化學(xué)物質(zhì)的部位及其變化。對生物大分子、細(xì)菌、病毒和分離的細(xì)胞器等顆粒材料，常用投影、負(fù)染色等技術(shù)以提高反差，顯示顆粒的形態(tài)和微細(xì)結(jié)構(gòu)。