每一種生物物質(zhì)在結(jié)構(gòu)、理化性質(zhì)、生物學(xué)性質(zhì)上千差萬別，加之原材料的來源、最終產(chǎn)品的用途等也有所不同。因此，不同的生物物質(zhì)有多種不同的分離純化手段，即便是同一種物質(zhì)，不同技術(shù)路線或生產(chǎn)線也可采取不同的分離純化工藝。但大多數(shù)生物物質(zhì)的分離純化有一個基本框架，即常常按生產(chǎn)過程的順序分為以下幾個步驟。
原材料的預(yù)處理
該步驟的目的是將目標(biāo)產(chǎn)物從起始原材料（如器官、組織或細(xì)胞）中釋放出來，同時保護(hù)目標(biāo)產(chǎn)物的生物活性。
顆粒性雜質(zhì)的去除
由于技術(shù)和經(jīng)濟(jì)原因，在這一步驟中能選用的單元操作相當(dāng)有限，過濾和離心是基本的單元操作。為了加速固-液兩相的分離，可同時采用凝聚和絮凝技術(shù)；為了減少過濾介質(zhì)的阻力，可采用錯流膜過濾技術(shù)，但這一步對產(chǎn)物濃縮和產(chǎn)物質(zhì)量的改善作用不大。
可溶性雜質(zhì)的去除和目標(biāo)產(chǎn)物的初步純化
如果產(chǎn)物在濾液中，若要求通過這一步驟能去除與目標(biāo)產(chǎn)物性質(zhì)有很大差異的可溶性雜質(zhì)，使產(chǎn)物濃度和質(zhì)量都有顯著提高，常需經(jīng)過一個復(fù)雜的多級加工程序，單靠一個單元操作是不可能完成的。這步可選的單元操作范圍較廣，如吸附、萃取和沉淀。
目標(biāo)產(chǎn)物的精制
該步驟僅有有限的幾類單元操作可選用，但這些技術(shù)對產(chǎn)物有高度的選擇性，用于除去有類似化學(xué)功能和物理性質(zhì)的可溶性雜質(zhì)，典型的單元操作有色譜分析、電泳和沉淀等。
目標(biāo)產(chǎn)物的成品加工
產(chǎn)物的最終用途和要求決定了最終的加工方法，濃縮和結(jié)晶常常是操作的關(guān)鍵，大多數(shù)產(chǎn)品必須經(jīng)過干燥處理，有些還需進(jìn)行必要的后加工處理（如修飾、加入穩(wěn)定劑）以保護(hù)目標(biāo)產(chǎn)物的生物活性。
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