在給某細(xì)菌定名，分類作記載和發(fā)表時，為了使定名準(zhǔn)確和作為分類概念的準(zhǔn)則，以純粹活菌（可繁殖）狀態(tài)所保存的菌種。相當(dāng)于動植物分類中的模式標(biāo)本。在進(jìn)行細(xì)菌等的分類和鑒定時，生理學(xué)和生物化學(xué)特性十分重要，但若就這些性質(zhì)進(jìn)行試驗(yàn)，就必須應(yīng)用許多純分離的新細(xì)胞。因此，作為分類標(biāo)準(zhǔn)的菌種，也有必要進(jìn)行純粹分離，并以活菌（可以分裂）狀態(tài)保存。在標(biāo)準(zhǔn)菌種中，對于從作過原始記載的作者實(shí)際分離或應(yīng)用的菌株，通過營養(yǎng)繁殖獲得和保存的菌株，稱為正標(biāo)準(zhǔn)菌株。此外，當(dāng)原作者使用復(fù)數(shù)菌株，以后的研究者選擇其中之一作為適當(dāng)?shù)木陼r，稱該菌種為選定標(biāo)準(zhǔn)菌株。當(dāng)原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究，記載后，確認(rèn)可以作為國際上正標(biāo)準(zhǔn)菌株的代替菌株時，稱該菌株為新模式菌株。保存菌種時，必須留心不使菌株在保存過程中死亡或發(fā)生變異。常用的保存方法是凍結(jié)干燥法。模式菌株應(yīng)由適當(dāng)?shù)木N保存機(jī)構(gòu)保存。

　　標(biāo)準(zhǔn)菌種使用注意事項：

　　1、標(biāo)準(zhǔn)菌種是不可以從冰箱中取出直接使用的，需在實(shí)驗(yàn)前進(jìn)行活化；

　　2、從標(biāo)準(zhǔn)菌株到實(shí)驗(yàn)使用的菌懸液的傳代次數(shù)應(yīng)不得超過5代，以防止過度的傳代增加菌種變異的風(fēng)險。在2015版藥典“9203藥品微生物實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理指導(dǎo)原則”中明確指出：任何形式的轉(zhuǎn)種均被認(rèn)為是傳代1次。

　　3、標(biāo)準(zhǔn)菌株復(fù)蘇后的一代，一般是不保存的，因?yàn)榫N剛剛從凍干粉的狀態(tài)復(fù)蘇，活性還未恢復(fù)到不錯的狀態(tài)，再復(fù)壯而得的二代菌種，也就是標(biāo)準(zhǔn)儲備菌株，需進(jìn)行純度和特性的確認(rèn)，這個確認(rèn)記錄可證明在操作過程中，菌株未污染雜菌且活性與標(biāo)準(zhǔn)菌株一致。

　　4、保藏時應(yīng)選擇適宜的菌種保存方法，并注意標(biāo)示必須清晰明確。由于在試驗(yàn)過程中，實(shí)驗(yàn)菌種的活性和特性依賴于合適的試驗(yàn)操作和貯藏條件，大家也越來越重視實(shí)驗(yàn)菌種的狀態(tài)，如果保藏方法及管理不善，菌種優(yōu)良特性便會退化、喪失，甚至導(dǎo)致死亡，就會影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果。