傳統(tǒng)熒光顯微鏡使用熒光物質(zhì)標(biāo)志細(xì)胞中的特定結(jié)構(gòu)，不僅圖像與背景的對比度增強(qiáng)，而且由于許多熒光顯微鏡的光源使用短波長的紫外光，大大提高了分辨率(δ=0.61·λ/NA，其中δ為顯微鏡的分辨率;λ為照明光線的波長;NA為物鏡的數(shù)值孔徑)。

　　但當(dāng)所觀察的熒光標(biāo)本稍厚時，傳統(tǒng)熒光顯微鏡一個難以克服的缺點(diǎn)就顯現(xiàn)出來:焦平面以外的熒光結(jié)構(gòu)模糊、發(fā)虛。原因是大多數(shù)生物學(xué)標(biāo)本是層次區(qū)別的重疊結(jié)構(gòu)(如耳蝸基底膜。

　　其實(shí)是外毛細(xì)胞、多種支持細(xì)胞、神經(jīng)纖維等組成的空間結(jié)構(gòu))，在普通光學(xué)顯微鏡下聚焦平面的變化，會表現(xiàn)出不同的形態(tài)。假若熒光標(biāo)記的結(jié)構(gòu)在不同層次上都有分布，且重疊在一起，反射熒光顯微鏡(epifluorescentmicroscope)不僅從焦平面上收集光量，而且來自焦平面上方或下方的散射熒光也被物鏡所接收，熒光顯微鏡的光學(xué)分辨率就要大大降低。

　　在傳統(tǒng)光學(xué)顯微鏡基礎(chǔ)上，激光掃描共聚焦顯微鏡用激光作為光源，采用共軛聚焦原理和裝置，并利用計算機(jī)對所觀察的對象進(jìn)行數(shù)字圖像處理觀察、分析和輸出。

　　其特點(diǎn)是可以對樣品進(jìn)行斷層掃描和成像，進(jìn)行無損傷觀察和分析細(xì)胞的三維空間結(jié)構(gòu)。

　　同時，利用免疫熒光標(biāo)記和離子熒光標(biāo)記探針，該技術(shù)不僅可觀察固定的細(xì)胞、組織切片,還可以對活細(xì)胞的結(jié)構(gòu)、分子、離子及生命活動進(jìn)行實(shí)時動態(tài)觀察和檢測，在亞細(xì)胞水平上觀察諸如CapH值，膜電位等生理信號及細(xì)胞形態(tài)的變化，成為形態(tài)學(xué)、分子細(xì)胞生物學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、藥理學(xué)、遺傳學(xué)等領(lǐng)域中新一代強(qiáng)有力的研究工具，極大地豐富了人們對細(xì)胞生命現(xiàn)象的認(rèn)識。