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原代細胞間的甲基化變異如何解析?

時間:2018-4-25閱讀:249
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原代細胞具有非常高的異質(zhì)性,在胚胎干細胞群體中不同的子群具有不同的細胞狀態(tài),并在基因表達、轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控及表觀遺傳修飾方面均表現(xiàn)出廣泛的差異。異質(zhì)的 DNA 甲基化在平衡 ESCs 自我更新和多分化潛能之間具有重要作用,因此細胞間 DNA 甲基化異質(zhì)性的研究對于理解胚胎干細胞生物學問題十分重要。近年來,單細胞測序技術已經(jīng)成為研究復雜組織中細胞間甲基化異質(zhì)性的有力工具,但怎樣分析并解釋單細胞間的甲基化變異仍具有很大挑戰(zhàn)。

中國科學院北京基因組所呂雪梅研究組與美國弗吉尼亞理工大學謝荷煌研究團隊合作,利用小鼠胚胎干細胞得到的單細胞 DNA 甲基化測序數(shù)據(jù),開發(fā)了一套生物信息分析流程,挖掘 ESCs 中的細胞子群特異 DNA 甲基化(CSM)。

由于當前原代細胞甲基化組數(shù)據(jù)具有覆蓋細胞數(shù)少、測序乘數(shù)低以及 DNA 擴增偏好等缺陷,導致對等位基因特異甲基化(ASM)、非對稱性甲基化(AM)在內(nèi)的細胞內(nèi) DNA 甲基化異質(zhì)性,和真正的 CSM 之間的區(qū)分能力十分受限。因此科研人員在過濾掉這些細胞內(nèi)甲基化變異的干擾后,開發(fā)了新的統(tǒng)計模型,即“混合貝塔模型”以鑒定出真正的 CSM 位點。

GPC標樣-聚乙烯吡咯烷酮(Mw... CDCP-O-970-500mg 苯磺suan甲酯 1.0g 500mg

GPC標樣-聚乙烯吡咯烷酮(Mw... CDCP-O-969-1g 對甲苯磺suan乙酯 1.0g 1g

GPC標樣-聚乙烯吡咯烷酮(Mw... CDCP-O-965-5g 對甲苯磺suan(一水合物) 1.0g 5g

GPC標樣-聚乙烯吡咯烷酮(Mw... CDCP-O-965-10g 對甲苯磺suan 1.0g 10g

蔗糖 標準品 CDCP-O-873-5g 2.6-二叔丁基對甲酚 瓶 5g

蔗糖 標準品 CDCP-O-873-10g 2,6-二叔丁基對甲酚 瓶 10g

1,2,3-三lv丙烷 CDCP-O-830-5g 葡萄糖suan內(nèi)酯 100μg/mL in MeOH;1ml 5g

鄰苯二甲suan二異丁酯 標準品 CDCP-O-830-1g D(+)-葡萄糖suan-δ-內(nèi)酯 1ml,100mg/L于異辛烷 1g
原代細胞

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