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想要提高探針的的效果，可以考慮在探針上采用LNA（鎖核酸）堿基或MGB（小溝結合劑）基團。
這樣做的效果是：
1、增強探針與靶序列的雜交強度。增強結合的特異性后，背景噪聲降低，從而提高整個實驗的靈敏度。
2、一般為滿足設計要求，AT序列豐富的探針需要長達40個核苷酸。通過LNA堿基或MGB的取代，可以將長度減少至13～20個核苷酸，而不影響效果。
為什么這樣的方法可以提高探針的效果？
LNA堿基是一種核苷酸類似物，其化學結構可以限制DNA構象為理想的Waston-Crick雙螺旋結構。每插入1個LNA堿基，可以使Tm值增加3～6°C。
MGB基團是一個能結合到DNA小溝的三肽分子，能與互補的單鏈DNA高特異性、高強度地結合。
例如SNP基因分型實驗，要求所有引物、探針復性溫度一致的多重PCR實驗，就很適合使用這個方法。
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