昊然靶中化合物設(shè)計(jì)/靶點(diǎn)及信號(hào)通路驗(yàn)證之酶抑制劑靶點(diǎn)預(yù)測(cè)

西安昊然生物科研新方向：酶抑制劑靶點(diǎn)預(yù)測(cè)，包括藥物靶點(diǎn)評(píng)估、化合物庫(kù)定制、AI虛擬篩選藥物服務(wù)、分子對(duì)接篩選定制、藥效團(tuán)篩選定制、靶中化合物設(shè)計(jì)、靶點(diǎn)及信號(hào)通路驗(yàn)證，小編分享靶中化合物設(shè)計(jì)/靶點(diǎn)及信號(hào)通路驗(yàn)證，一起來(lái)看：

靶中化合物設(shè)計(jì)

藥物(含農(nóng)藥)研發(fā)過(guò)程中關(guān)鍵的步驟之一就是盡可能地發(fā)現(xiàn)或設(shè)計(jì)作用靶標(biāo)(酶)抑制劑的先導(dǎo)結(jié)構(gòu)。目前，發(fā)現(xiàn)或設(shè)計(jì)靶酶抑制劑先導(dǎo)結(jié)構(gòu)已經(jīng)從傳統(tǒng)的隨機(jī)篩選發(fā)展到在有效的分子模擬指導(dǎo)下針對(duì)靶酶結(jié)構(gòu)特征進(jìn)行合理設(shè)計(jì)的后基因組時(shí)代。由于在分子水平上認(rèn)知受體——配體相互作用的詳細(xì)機(jī)理能夠有效地提高新型高效抑制劑先導(dǎo)結(jié)構(gòu)合理設(shè)計(jì)和篩選研究的速度和準(zhǔn)確度，因此，分子水平上認(rèn)知受體——配體相互作用的詳細(xì)機(jī)理往往是研發(fā)靶酶抑制劑過(guò)程中重要的科學(xué)問(wèn)題。目前主要是通過(guò)各種現(xiàn)代分子模擬、基因工程、光譜表征和有機(jī)(固相)合成等技術(shù)交叉集成來(lái)研究和闡明靶酶活性中心與底物、特別是配體(抑制劑)分子間相互作用的詳細(xì)機(jī)理。

例如：分別以稻瘟菌的羊毛甾醇14α-脫甲基化酶(mg-cyp51)、柑桔綠霉菌的羊毛甾醇14α-脫甲基化酶(pd-cyp51)為研究對(duì)象，根據(jù)p450家族酶系蛋白氨基酸-級(jí)序列同源性不高、空間二維、三維結(jié)構(gòu)性質(zhì)較保守的特點(diǎn)，利用cphmodels方法分別構(gòu)建出了較可靠的mg-cyp51、pd—cyp51的空間三維結(jié)構(gòu)模型，再根據(jù)蛋白活性空腔的疏水性較強(qiáng)的特性，采用與之相對(duì)應(yīng)的組合對(duì)接和打分程序方法(flex-pharm/pmf/gold，flexx/pmf/gold)，以及已有抑制劑的作用機(jī)制信息，針對(duì)兩個(gè)體系我們分別篩選出19和27個(gè)候選抑制劑苗頭化合物。根據(jù)各自的酶體和菌體水平的活性測(cè)試結(jié)果顯示，候選苗頭化合物中有多個(gè)化合物都具有很好的抑制活性，可以作為很好的先導(dǎo)化合物進(jìn)一步研究。

靶點(diǎn)及信號(hào)通路驗(yàn)證

研究體外的大鼠肝星狀細(xì)胞(hsc)被纖維化大鼠血清激活的可能機(jī)制.

方法：分別使用纖維化大鼠血清以及正常大鼠血清干預(yù)hsc 14 d后,提取兩組hsc的全蛋白,使用label free的方法對(duì)其進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析,采用非數(shù)據(jù)依賴型的采集方法,比較得出差異蛋白,使用基因本體(gene ontology,go)數(shù)據(jù)庫(kù)、京都基因和基因組百科全書(kyoto encyclopedia of genes and genomes,kegg)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)差異蛋白進(jìn)行分析.結(jié)果 兩種方法共鑒定出差異蛋白221個(gè),這些蛋白主要定位在細(xì)胞器與膜上,能夠執(zhí)行催化活性和細(xì)胞功能調(diào)節(jié)等分子功能,它們參與代謝、生物調(diào)節(jié)等26種生物過(guò)程.kegg富集分析發(fā)現(xiàn)這些蛋白質(zhì)主要參與了類固醇與膽固醇代謝的過(guò)程.

結(jié)論：鈣粘蛋白-2、纖維連接蛋白、notch 1蛋白和notch 2蛋白異常表達(dá)時(shí),與hsc的激活高度相關(guān),這幾種蛋白可能是hsc激活的靶點(diǎn)蛋白;細(xì)胞外基質(zhì)相互作用信號(hào)通路以及notch信號(hào)通路是與hsc激活高度相關(guān)的通路.

酶抑制劑靶點(diǎn)預(yù)測(cè)相關(guān)內(nèi)容：

藥物靶點(diǎn)評(píng)估

化合物庫(kù)定制

AI虛擬篩選藥物服務(wù)

分子對(duì)接篩選定制

藥效團(tuán)篩選定制

靶中化合物設(shè)計(jì)

靶點(diǎn)及信號(hào)通路驗(yàn)證

溫馨提示：西安昊然生物供應(yīng)產(chǎn)品僅用于科研，不能用于人體，小編RL2023.4