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超凈工作臺的原理是，在某一的空間中，室內(nèi)空氣先通過預過濾器初步過濾，再由小型離心風機壓入靜壓箱，然后通過空氣高效過濾器完成二次過濾，此時，從空氣高效過濾器出風面吹出的潔凈氣流具有均勻的斷面風速，可以將工作區(qū)域中的原始空氣排除，并去除灰塵顆粒和生物顆粒，從而形成高度清潔和無菌的工作環(huán)境?？諝獗贿^濾器過濾以達到無菌狀態(tài)，并被輸送到操作空間以便在操作空間中形成相對正壓。如果不打開風機，就不會有無菌的空氣輸送，操作空間也就無法達到無菌效果。

在超凈工作臺的使用過程中，需要通風。隨著風機的轉(zhuǎn)動，風通過高效過濾膜（無）進入，使操作臺保持在無菌狀態(tài)。超凈工作臺的功能是提供相對無菌的環(huán)境，其設計和實用原理有兩種，一種是頂部或側面無菌空氣過濾裝置，內(nèi)部有幾層無菌空氣過濾器，吹出來的風是相對無菌的空氣。由無菌空氣過濾裝置吹出的無菌空氣確保了超凈工作臺的內(nèi)部在操作過程中是相對無菌的。
然而，紫外線燈照射主要是在開始操作之前的準備工作，或是對要使用的設備和器械的表面進行消毒的方法，紫外線照射的滅菌效果基本上可以忽略不計。通常，在實驗過程中不會同時打開風機和紫外線燈。只需先打開紫外線燈照射一段時間后，關閉紫外線燈，打開風扇機吹半小時左右，然后再開始實驗。在實驗過程中，風機應一直保持開啟狀態(tài)。

打開風機的目的是在操作臺內(nèi)形成正壓，以防止周圍空間的空氣隨氣流進入操作臺。因為空氣中可能含有從而影響實驗結果，因此須打開風機。風機的風用于凈化空氣，凈化后的氣流可以防止人員污染操作對象。

超凈工作臺的風是向外吹的，主要作用是防止空氣中的進入。如果超凈工作臺的玻璃已經(jīng)關閉了，則無需打開風機。