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一、GST pull-down實驗

基本原理:將靶蛋白-GST融合蛋白親和固化在谷胱甘肽親和樹脂上,作為與目的蛋白親和的支撐物,充當一種“誘餌蛋白”,目的蛋白溶液過柱,可從中捕獲與之相互作用的“捕獲蛋白”(目的蛋白),洗脫結合物后通過SDS-PAGE電泳分析,從而證實兩種蛋白間的相互作用或篩選相應的目的蛋白,“誘餌蛋白”和“捕獲蛋白”均可通過細胞裂解物、純化的蛋白、表達系統(tǒng)以及體外轉錄翻譯系統(tǒng)等方法獲得。此方法簡單易行,操作方便。注：GST即谷胱甘肽巰基轉移酶(glutathione S-transferase)

二、足印法（Footprinting）

足印法（Footprinting）是一種用來測定DNA-蛋白質專一性結合的方法，用于檢測目的DNA序列與特定蛋白質的結合，也可展示蛋白質因子同特定片段之間的結合。其原理為：DNA和蛋白質結合后，DNA與蛋白的結合區(qū)域不能被DNase（脫氧核糖核酸酶）分解，在對目的DNA序列進行檢測時便出現(xiàn)了一段無DNA序列的空白區(qū)(即蛋白質結合區(qū))，從而了解與蛋白質結合部位的核苷酸數(shù)目及其核苷酸序列。

三、染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）

染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具，利用該技術不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態(tài)作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾以及轉錄因子與基因表達的關系。

染色質免疫沉淀技術的原理是：在生理狀態(tài)下把細胞內的DNA與蛋白質交聯(lián)在一起，通過超聲或酶處理將染色質切為小片段后，利用抗原抗體的特異性識別 反應，將與目的蛋白相結合的片段沉淀下來。染色質免疫沉淀技術一般包括細胞固定，染色質斷裂，染色質免疫沉淀，交聯(lián)反應的逆轉，DNA的純化及鑒定。

四、基因芯片（又稱生物芯片）技術

基因芯片指將大量探針分子固定于支持物上后與標記的樣品分子進行雜交，通過檢測每個探針分子的雜交信號強度進而獲取樣品分子的數(shù)量和序列信息。通俗地說，就是通過微加工技術 ，將數(shù)以萬計、乃至百萬計的特定序列的片段（基因探針），有規(guī)律地排列固定于2cm2 的硅片、玻片等支持物上，構成的一個二維DNA探針陣列，被稱為基因芯片。基因芯片主要用于基因檢測工作 。

基因芯片的測序原理是雜交測序方法，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法，在一塊基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探針。當溶液中帶有熒光標記的核酸序列TATGCAATCTAG，與基因芯片上對應位置的核酸探針產生互補匹配時，通過確定熒光強度zui強的探針位置，獲得一組序列*互補的探針序列。據(jù)此可重組出靶核酸的序列。

五、液相色譜（HPLC）

液相色譜法是在經(jīng)典色譜法的基礎上，引用了氣相色譜的理論，在技術上，流動相改為高壓輸送；色譜柱是以特殊的方法用小粒徑的填料填充而成，從而使柱效大大高于經(jīng)典液相色譜（每米塔板數(shù)可達幾萬或幾十萬）；同時柱后連有高靈敏度的檢測器，可對流出物進行連續(xù)檢測。

高壓泵將貯液罐的流動相經(jīng)進樣器送入色譜柱中，然后從檢測器的出口流出，這時整個系統(tǒng)就被流動相充滿。當欲分離樣品從進樣器進入時，流經(jīng)進樣器的流動相將其帶入色譜柱中進行分離，分離后不同組分依先后順序進入檢測器，記錄儀將進入檢測器的信號記錄下來，得到液相色譜圖。