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無細胞蛋白表達:突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術

閱讀:687      發(fā)布時間:2024-6-20
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蛋白質(zhì)是生命體最重要的分子之一,具有極其廣泛的功能和作用。傳統(tǒng)上,研究者可以利用細胞表達體系來制備需要的蛋白質(zhì),并對其進行深入的研究。然而,受限于細胞生長、維護、污染等因素,細胞表達體系面臨著一些瓶頸和挑戰(zhàn),特別是在高通量生產(chǎn)和定制蛋白質(zhì)方面更是如此。

 為了突破這些限制以及為高效蛋白質(zhì)制備和研究提供更多選擇,無細胞蛋白表達技術應運而生。它作為一種基礎研究工具已經(jīng)在生命科學中使用了五十多年,最近的技術發(fā)展促進了無細胞蛋白表達的高產(chǎn)。與傳統(tǒng)的細胞表達體系不同,無細胞表達體系可以在體外條件下完成蛋白質(zhì)的合成,并且具有高效、便捷、靈活以及高純度等優(yōu)點。隨著技術的發(fā)展無細胞蛋白表達技術正在成為生物醫(yī)藥和基礎研究領域中備受關注的新興技術之一。




無細胞蛋白表達:突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術

圖1:無細胞蛋白表達系統(tǒng)的發(fā)展


今天,小編將從無細胞蛋白表達的概念、技術原理、關鍵技術細節(jié)等方面探討這一引人注目的技術。


概述


無細胞蛋白表達是一種體外重組蛋白質(zhì)表達技術也稱為無細胞蛋白質(zhì)合成技術(CFPS:Cell-free protein synthesis),是指用含有蛋白合成必需的組分(核糖體,轉(zhuǎn)運RNA,氨酰合成酶,啟動/延伸/終止因子,三磷酸鳥苷,ATP,Mg2+和K+)的細胞裂解物在體外進行蛋白合成。

無細胞蛋白表達技術適用于制備各種類型的蛋白質(zhì),包括難表達蛋白質(zhì)、毒性蛋白質(zhì)、復雜蛋白質(zhì)等。在藥物研究、生物制造和生命科學等領域中得到廣泛關注和應用,無論是研究、開發(fā)還是商業(yè)化應用過程。目前無細胞蛋白表達主要應用于藥物研發(fā)領域,例如抗體制備和生物藥物生產(chǎn)等。隨著人工智能技術的不斷發(fā)展,無細胞蛋白表達技術可以與人工智能算法結(jié)合,構(gòu)建計算機輔助的高通量生產(chǎn)系統(tǒng),實現(xiàn)個性化、精準的生物醫(yī)學治療。除此之外,還能夠應用于其他領域,例如基因工程、環(huán)境保護和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)等。隨著無細胞蛋白表達技術的不斷發(fā)展和人工智能技術的不斷進步,我們可以看到更多的新領域和新應用出現(xiàn),給生物科技行業(yè)帶來更多的機遇和挑戰(zhàn)。

無細胞蛋白表達:突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術


圖2:典型無細胞蛋白表達的工作流程


技術原理



CFPS系統(tǒng)使用微生物、植物或動物的粗細胞裂解物中的成分來合成蛋白質(zhì)。常用的粗提取物是大腸桿菌、兔網(wǎng)織紅細胞、小麥胚芽(WGE)、昆蟲細胞或市售的純化重組元件系統(tǒng)(PURE)。CFPS系統(tǒng)的制備是一個簡單的過程,其中目的細胞過夜生長,稀釋,并進一步生長,直到光密度達到0.8至1.0,之后收獲細胞并超聲處理以提取細胞裂解物。然后將添加了必要輔因子、能量源、核苷酸、底物、氨基酸和tRNA的緩沖混合物添加到細胞提取物中,將其轉(zhuǎn)化為CFPS和無細胞轉(zhuǎn)錄-翻譯(TX–TL)系統(tǒng)。

CFPS系統(tǒng)的一般方案如圖3所示,該實驗使用含有必要細胞裂解物和DNA(線性或質(zhì)粒)的緩沖液,以及相關的能量源、核苷酸、氨基酸、鹽和輔因子,共同維持反應以合成感興趣的產(chǎn)物。CFPS的合成產(chǎn)物可能因多種化學或生物部分而異,包括病毒、治療劑、抗體、化學品、生物燃料和蛋白質(zhì)。在合成此類產(chǎn)物時,CFPS系統(tǒng)相對于體內(nèi)系統(tǒng)具有直接優(yōu)勢,特別是考慮到該技術的相對速度、簡單性和有效性。通常,體內(nèi)系統(tǒng)是耗時的,并且往往比CFPS系統(tǒng)有更多的步驟。

無細胞蛋白表達:突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術

圖3:在單管中進行的CFPS系統(tǒng)的示意圖


技術細節(jié)


1

反應體系

反應體系的搭建是無細胞蛋白表達實驗的關鍵,為保證反應的高效性和可重復性,需要精心構(gòu)建反應體系,包括選用合適的模板、化學物質(zhì)、電解質(zhì)、抗氧化劑和各種工具等。

2

反應條件

需要根據(jù)實驗要求調(diào)整反應條件,包括溫度、離子強度、pH、反應時間等多個方面,有利于促進核苷酸的轉(zhuǎn)錄和翻譯,以及蛋白質(zhì)的自組裝和成型。

3

生產(chǎn)規(guī)模

無細胞蛋白表達技術可以擴大生產(chǎn)規(guī)模,提高生產(chǎn)效率,但需要保證反應體系的穩(wěn)定性和可重復性,同時要保證反應環(huán)境的清潔和消毒,以避免其他污染物的進入,從而影響蛋白質(zhì)的純度和活性。


技術優(yōu)勢


1

更高的蛋白質(zhì)表達量

傳統(tǒng)的活細胞蛋白表達技術受限于細胞本身的多方面因素,其表達的蛋白質(zhì)數(shù)量往往受到限制。而無細胞蛋白表達技術通過在體外底物濃度高的環(huán)境中進行合成反應,不但避免了傳統(tǒng)活細胞表達所面臨的方方面面的限制,還能夠很好地控制反應體系,從而獲得表達量更高的蛋白質(zhì)。

2

更快的表達速度

傳統(tǒng)活細胞蛋白表達需要細胞生長并達到最佳密度時才能進行蛋白質(zhì)表達,這個過程往往需要數(shù)天時間。而無細胞蛋白表達技術通常只需要數(shù)小時就能夠完成蛋白質(zhì)的表達,這個速度明顯快于傳統(tǒng)活細胞表達技術。

3

更精準的蛋白質(zhì)合成

無細胞蛋白表達技術在體外進行蛋白質(zhì)合成,能夠精確控制底物濃度、反應溫度、反應劑比例等參數(shù),因此可以更加精準地合成定制的蛋白質(zhì),這對于研究和應用來講具有重要意義。

4

更靈活控制

在無細胞蛋白表達技術中,可以使用分離的組分體系進行蛋白質(zhì)的合成,可以控制底物和反應劑的比例,也可以在適當?shù)姆磻獥l件下進行自定義的修飾,如蛋白質(zhì)標記、藥效分析等。這些優(yōu)點使得無細胞蛋白表達技術更加靈活、可控,適用于更廣泛的應用領域。

無細胞蛋白表達:突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術


圖4:體內(nèi)細胞和體外無細胞蛋白質(zhì)合成比較



應用



無細胞蛋白表達技術是一種飛速發(fā)展的新型生物技術,具有廣闊的應用前景和潛力。該技術可以快速、高效、經(jīng)濟地合成蛋白質(zhì),可廣泛應用于醫(yī)療、制藥、農(nóng)業(yè)、生物材料等多個領域。


1

醫(yī)療領域

無細胞蛋白表達技術在醫(yī)療領域應用廣泛,可以用于生產(chǎn)多種蛋白質(zhì)藥品,如單克隆抗體等。其中,單克隆抗體是一種重要的治療藥物,具有高度特異性和親和力,可用于腫瘤、心血管疾病、自身免疫性疾病等疾病的治療。傳統(tǒng)單克隆抗體生產(chǎn)方法需要花費大量時間和成本,而無細胞蛋白表達技術則可以在短時間內(nèi)大規(guī)模合成單克隆抗體,從而大大縮短生產(chǎn)周期,并且可以降低成本。此外,無細胞蛋白表達技術也可以用于疫苗研發(fā)。比如瘧疾疫苗研究開發(fā)昂貴又耗時,目前利用WGE系統(tǒng)可加速疫苗研發(fā),并建立高通量瘧原蟲抗體篩查系統(tǒng)。Stark等利用大腸桿菌的便攜式凍干裂解物再水化,1h內(nèi)合成高致病性病原體土拉弗朗西斯菌亞種的生物偶聯(lián)疫苗,與工程菌生產(chǎn)的疫苗相比,其可引發(fā)更高水平的病原體特異性抗體。

2

制藥領域

制藥領域是無細胞蛋白表達技術的一個重要應用領域。藥物開發(fā)的成功率取決于藥物分子對目標蛋白的親和力,而目標蛋白對于專一的細胞表達系統(tǒng)和分類的組織或器官非常敏感。通過無細胞蛋白表達技術,研究人員可以在不依賴于細胞的情況下直接生產(chǎn)大量需要的蛋白質(zhì),為藥物研發(fā)提供了更快更便捷的方法。

3

基礎研究領域

利用無細胞蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)可以直接對表達產(chǎn)物進行核磁共振分析,目前已確定了數(shù)千個蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)??梢酝ㄟ^合成蛋白質(zhì)建立蛋白質(zhì)陣列,解開基因產(chǎn)物的功能;應用核糖體展示和 mRNA 展示技術,更有利于實現(xiàn)高通量篩選,全面深入研究基因特征和功能。通過無細胞蛋白表達技術可以實現(xiàn)對大型蛋白質(zhì)的生產(chǎn)和分析,同時也為基礎研究打開了新的研究領域。


AI賦能無細胞蛋白表達



隨著計算機技術的不斷發(fā)展和進步,機器學習技術以及基于機器學習的人工智能技術在生物領域的應用也日益成熟和廣泛。同時,由于無細胞蛋白表達技術的新型性和高效性,使得該技術與人工智能技術的結(jié)合也更加有前景。當前,人工智能正在被廣泛應用于科學和醫(yī)療領域。在無細胞蛋白表達研究方面,人工智能已被應用于實驗設計、分析和解釋結(jié)果。
一方面,人工智能技術可以為無細胞蛋白表達技術的高效應用提供支持。在無細胞蛋白表達技術中,蛋白質(zhì)合成是一個十分關鍵和繁瑣的過程,需要進行多層面調(diào)控和優(yōu)化。而人工智能技術則可以利用算法分析數(shù)據(jù),預測蛋白質(zhì)表達的最佳參數(shù),并實現(xiàn)高通量的蛋白質(zhì)表達。例如,一些研究團隊開發(fā)了一種利用深度學習預測無細胞蛋白質(zhì)表達的算法,可以預測蛋白質(zhì)表達的最佳條件并改善合成效率。

另一方面,無細胞蛋白表達技術和人工智能技術的結(jié)合也可以拓展生物醫(yī)藥領域的應用范圍。例如,利用無細胞蛋白表達技術和人工智能技術可以快速高效地生產(chǎn)一些生物標志物或特定蛋白質(zhì),用于生物檢測和診斷。同時,人工智能技術可以根據(jù)病態(tài)組織特異性標識,利用無細胞蛋白表達技術高效合成具有特定作用的生物藥劑,實現(xiàn)精準醫(yī)療和個性化治療,具有廣闊的研究和應用前景。


展望


無細胞蛋白表達技術是一項革命性的技術,具有非常廣泛的應用前景。通過不斷的探索和研究,相信這一技術將在醫(yī)療、制藥、農(nóng)業(yè)、科學等領域中發(fā)揮越來越重要的作用,為人類生產(chǎn)和生活帶來更多的可能性。未來,結(jié)合AI技術,無細胞蛋白表達技術有望繼續(xù)創(chuàng)新和發(fā)展,成為生命科學在全球范圍內(nèi)最為重要的技術之一。
無細胞蛋白表達:突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術


圖5:無細胞蛋白表達技術的展望
無細胞蛋白表達:突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術

參考文獻:


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[4].張裕等, 無細胞蛋白質(zhì)表達系統(tǒng)的優(yōu)化與應用. 生命的化學, 2022. 42(08): 第1493-1501頁.
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