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胞外轉錄反應

來源:上海源葉生物科技有限公司   2010年11月25日 09:36  

由于RNA聚合酶一般由數(shù)個次單元組合而成,早先要在試管內應用RNA聚合酶的轉錄活性合成RNA并非易事,但這個問題在SP6, T3 及T7 等噬菌體的RNA聚合酶陸續(xù)被發(fā)現(xiàn)以后,情況已*改觀。這主要是因為這類RNA聚合酶由一條多勝肽 (polypeptides) 所構成,其在進行轉錄反應時所須辨認的啟動子長度僅20bp左右,而且轉錄起始位置非常明確,轉錄效能良好,成了目前進行胞外轉錄反應時的*選擇。要進行胞外轉錄反應時,僅需將目標基因次選殖 (subclone)至帶有SP6, T3 或T7 啟動子的轉錄載體,或者運用PCR技術在基因的一端加上SP6, T3 或T7 啟動子的序列,即可運用對應的RNA聚合酶活性在試管內合成正意股或反意股RNA。 以質體DNA為模版進行胞外轉錄反應前,應先用限制酶自目標基因的一端切開,以免轉錄反應持續(xù)進行至載體的序列 (run-on),但在選擇限制酶切位時應避免使用目標基因也帶有的切位;限制酶內切好的質體DNA經phenol/chloroform萃取的后,即可用來進行。

    儀器用具:微量離心機
    藥品試劑:    Plasmid DNA 酵解產物pBlueGus/HindIII 及pBlueGus/BamHI;5×Transcription buffer (200 mM Tris-Cl, pH 8.0; 40 mM MgCl2; 10 mM;spermidine-(HCl)3; 125 mM NaCl; Roche)NTPs (含ATP, CTP, GTP 及UTP 各2.5 mM);RNase 抑制劑RNasin (40 U/μL);T7 與T3 RNA polymerase (Roche)??;dH2O/DEPC;100 mM DTT (dithiothreitol);DNase (RNase-free)
Phenol/chloroform/isoamyl alcohol (25:24:1), 以下簡稱PCI;Chloroform/isoamyl alcohol (24:1), 以下簡稱CI
    方法步驟:
    1) 取4 支1.5 mL 微量離心管,分別標示 #1, #2, #3 與 #4,再依下表依序在#1 與 #2 加入所需各項試劑 (單位 μL):
?? 注意: 在逐一加入各項反應試劑時,微量離心管維持于室溫即可,以免在低溫時,DNA 遇到轉錄緩沖液所含spermidine 產生沉淀。進行下列實驗時,請務必戴手套!
    2) 以手指頭輕彈離心管壁使混合均勻,離心數(shù)秒后放置于37℃恒溫水槽作用1 h。
    3) 反應結束時,自 #1 與 #2 分別取出4 μL反應物,放到微量離心管 #3 與 #4中,將 #3 與 #4 存放于 -20℃冷凍柜中。
    4) 取1 μL DNase 加到 #1 與 #2,混合均勻后放置于37℃作用15 min,以便去除DNA 模版。
    5) 反應結束后,加入53 μL dH2O/DEPC,以100 μL PCI萃取一次,劇烈震蕩后,離心14,000 rpm 5 min。
    6) 以微量移液器P200 將上層液移至一新的微量離心管,下層的PCI以100 μLdH2O/DEPC反萃取 (back-extraction) 一次。
    7) 以微量移液器P200 將上層液移至步驟6) 的新離心管。
    8) 估計兩次上層液聚集的后的總體積,并以等體積的CI 萃取一次,劇烈震蕩后,離心14,000 rpm 5 min。
    9) 以微量移液器P200 將上層液移至一支新的微量離心管,加入0.1 倍體積的3 M NaOAc (pH 5.2) 及2.5 倍體積的酒精。
    10) 混合均勻,并置于 -20℃過夜,以便沉淀RNA。
    隔天:
    1) 自冷凍柜取出微量離心管,以14,000 rpm 于4℃離心10 min。
    2) 仔細移去上清液的后,加入0.5 mL 70%酒精。
    3) 以14,000 rpm 于4℃離心5 min。
    4) 去除上清液的后,將微量離心管倒置于一張干凈的衛(wèi)生紙上大約30 min,以便風干RNA。
    5) 以10 μL dH2O/DEPC溶解RNA沉淀

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