菌種培養(yǎng)選育菌種時所處理的細胞應(yīng)使用單核的，避免使用多核細胞；合理選擇誘變劑的種類和劑量或增加突變位點，以減少分離回復(fù)；在誘變處理后進行充分的后培養(yǎng)及分離純化，以保證保藏菌種純萃。這些可有效的防止菌種的退化。
選用合適的培養(yǎng)基
有人發(fā)現(xiàn)用老苜蓿根汁培養(yǎng)基培養(yǎng)"5406"抗生菌--細黃鏈霉菌可以防止它的退化。在赤霉菌產(chǎn)生菌--藤倉赤霉的培養(yǎng)基中，加入糖蜜、天門冬素、谷氨酰胺、5-核苷酸或甘露醇等物質(zhì)時，也有防止菌種退化的效果。也有選取營養(yǎng)相對貧乏的培養(yǎng)基做菌種保藏培養(yǎng)基，如培養(yǎng)基中適當限制容易利用的糖源葡萄糖等的添加，因為變異多半是通過菌株的生長繁殖而產(chǎn)生的，當培養(yǎng)基營養(yǎng)豐富時，菌株會處于旺盛的生長狀態(tài)，代謝水平較高，為變異提供了良好的條件，大大提高了菌種培養(yǎng)的退化幾率。
創(chuàng)造良好的培養(yǎng)條件
在實踐中，創(chuàng)造和發(fā)現(xiàn)一個適合原種生長的條件可以防止菌種退化，如低溫、干燥、缺氧等。在棲土曲霉3.942的培養(yǎng)中，有人曾用改變培養(yǎng)溫度的措施(從20-30℃提高到33-34℃)來防止它產(chǎn)孢子能力的退化。
控制傳代次數(shù)
由于微生物存在著自發(fā)突變，而突變都是在繁殖過程中發(fā)生而表現(xiàn)出來的。所以應(yīng)盡量避免不必要的移種和傳代，把必要的傳代降低到zui低水平，以降低自發(fā)突發(fā)的機率。菌種傳代次數(shù)越多，產(chǎn)生突變的幾率就越高，因而菌種發(fā)生退化的機會就越多。這要求不論在實驗室還是在實踐上，必須嚴格控制菌種的移種傳代次數(shù)，并根據(jù)菌種保藏方法的不同，確立恰當?shù)囊品N傳代的時間間隔。如同時采用斜面保藏和其它的保藏方式(真空凍干保藏、砂土管、液氮保藏等)，以延長菌種保藏時間。