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有機(jī)溶劑能降低溶液的電解常數(shù)，從而增加蛋白質(zhì)分子上不同電荷的引力，導(dǎo)致溶解度的降低；另外，有機(jī)溶劑與水的作用，能破壞蛋白質(zhì)的水化膜，故蛋白質(zhì)在一定濃度的有機(jī)溶劑中的溶解度差異而分離的方法，稱(chēng)“有機(jī)溶劑分段沉淀法”，它常用于蛋白質(zhì)或酶的提純。使用的有機(jī)溶劑多為乙醇和丙酮。
高濃度有機(jī)溶劑易引起蛋白質(zhì)變性失活，操作必須在低溫下進(jìn)行，并在加入有機(jī)溶劑時(shí)注意攪拌均勻以避免局部濃度過(guò)大。由此法析出的沉淀一般比鹽析容易過(guò)濾或離心沉降，分離后的蛋白質(zhì)沉淀，應(yīng)立即用水或緩沖液溶解，以降低有機(jī)溶劑濃度。
操作時(shí)的pH值大多數(shù)控制在待沉淀蛋白質(zhì)的等電點(diǎn)附近，有機(jī)溶劑在中性鹽存在時(shí)能增加蛋白質(zhì)的溶解度，減少變性，提高分離的效果，在有機(jī)溶劑中添加中性鹽的濃度為0.05mol/L左右，中性鹽過(guò)多不僅耗費(fèi)有機(jī)溶劑，可能導(dǎo)致沉淀不好。
沉淀的條件一經(jīng)確定，就必須嚴(yán)格控制，才能得到可重復(fù)的結(jié)果。有機(jī)溶劑濃度通常以有機(jī)溶劑和水容積比或用百分濃度表示。有機(jī)溶劑沉淀蛋白質(zhì)分辨力比鹽析法好，溶劑易除去；缺點(diǎn)是易使酶和具有活性的蛋白質(zhì)變性。故操作時(shí)要求條件比鹽析嚴(yán)格。對(duì)于某些敏感的酶和蛋白質(zhì)，使用有機(jī)溶劑沉淀尤其要小心。
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