微生物菌種大多與污水菌的大量生長有關(guān)。細(xì)菌的增殖又與由污水菌生長導(dǎo)致的溶解氧的減少有關(guān)系。這些結(jié)果是建立在一些假定條件上的。前提條件是水中有機(jī)物負(fù)荷非常大，以至于水中溶解氧都已經(jīng)耗盡，并且不能通過曝氣進(jìn)行復(fù)氧。在這樣的條件下，將會發(fā)生一些發(fā)酵反應(yīng)。特別是在一些滯流的水中，水里的沉積物發(fā)酵并產(chǎn)生氣泡（以甲烷和硫化氫為主），這樣的現(xiàn)象很明顯。這中間的過程非常復(fù)雜，而且不好說明，一般將其分為兩個(gè)階段，這兩個(gè)階段分別是產(chǎn)酸階段（無產(chǎn)甲烷菌）和產(chǎn)甲烷階段（產(chǎn)甲烷菌）。

產(chǎn)酸菌可以代謝掉有機(jī)物，并且可以生成少量的低級脂肪酸、低級的醛和酮類。例如，氨基酸—半胱氨酸被分解成乙酸、二氧化碳、氨氣、硫化氫和游離的氫。

4C3H7O2NS+8H2→O4CH3COOH+4CO2+4NH3+4H2S+8H

產(chǎn)甲烷菌繼續(xù)分解其產(chǎn)生的乙酸，生成甲烷、二氧化碳和水。

4CH3 →COOH+8H 5CH4+3CO2+2H2O

關(guān)于厭氧菌和產(chǎn)甲烷菌的細(xì)節(jié)可以參考Crow th er，Hark nes和 Zehnder的著作。

另外，厭氧菌不斷地分解有機(jī)物。隨著有機(jī)物的減少，厭氧菌的代謝開始減緩，好氧菌又會重新占據(jù)優(yōu)勢地位。

滅菌后的水中仍存在的殺菌劑并不能被立刻分解，除非得到了充足的接種物，才可以被稀釋或分解，從而減輕其對細(xì)菌的毒性。河水的自凈也可以引發(fā)菌群結(jié)構(gòu)的變化：一種微生物菌種的數(shù)量會隨著河水中纖維素類物質(zhì)的消解而減少。
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