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島津氣相色譜的分離原理是利用要分離的諸組分在流動(dòng)相和固定相兩相間的分配有差異，當(dāng)兩相作相對(duì)運(yùn)動(dòng)時(shí)，這些組分在兩相間的分配反復(fù)進(jìn)行，從幾千次到數(shù)百萬(wàn)次，即使組分的分配系數(shù)只有微小的差異，隨著流動(dòng)相的移動(dòng)可以有明顯的差距，使這些組分得到分離。
島津氣相色譜當(dāng)樣品進(jìn)入色譜柱頭以后，流動(dòng)相把樣品帶入色譜柱內(nèi)，剛進(jìn)入柱子時(shí)，組分A和B以混合譜帶出現(xiàn)。
由于各組分在固定相中的溶解-解析、或吸附-脫附、或其他親和作用力的差異，各組分在色譜柱中的滯留時(shí)間也就不同，即它們?cè)谥械倪\(yùn)行速度不同。隨著流動(dòng)相的不斷流過(guò)，組分在柱中兩相間經(jīng)過(guò)了反復(fù)多次的分配和平衡過(guò)程，當(dāng)運(yùn)行一定的柱長(zhǎng)以后，樣品中各組分得到了分離。當(dāng)組分A離開(kāi)色譜柱出口流過(guò)檢測(cè)器時(shí)，記錄設(shè)備就記錄出組分A的色譜峰；繼之當(dāng)組分B離開(kāi)色譜柱流過(guò)檢測(cè)器時(shí)，記錄設(shè)備就記錄出組分B的色譜峰。
由于島津氣相色譜柱中存在著渦流擴(kuò)散、分子擴(kuò)散（縱向擴(kuò)散）、傳質(zhì)阻力以及其他因素的作用，使得所記錄的色譜峰并不是以一條矩形的譜帶出現(xiàn)，而是一條接近高斯分布曲線(xiàn)的色譜峰。
島津氣相色譜在石油化工、醫(yī)藥衛(wèi)生、環(huán)境監(jiān)測(cè)、生物化學(xué)等領(lǐng)域都得到了廣泛的應(yīng)用
1．在衛(wèi)生檢驗(yàn)中的應(yīng)用
空氣、水中污染物如揮發(fā)性有機(jī)物、多環(huán)芳烴[苯、甲苯、苯并（a）比等]；農(nóng)作物中殘留有機(jī)氯、有機(jī)磷農(nóng)藥等；食品添加劑苯甲酸等；體液和組織等生物材料的分析如氨基酸、脂肪酸、維生素等。
2．在醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中的應(yīng)用
體液和組織等生物材料的分析：如脂肪酸、甘油三酯、維生素、糖類(lèi)等。
3. 在藥物分析中的應(yīng)用
抗癲癇藥、中成藥中揮發(fā)性成分、生物堿類(lèi)藥品的測(cè)定等。
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