蛋白純化系統(tǒng)的目的是將目標蛋白質(zhì)從細胞裂解液的全部組分中分離出來，同時仍保留蛋白的生物學活性及化學完整性。蛋白質(zhì)的分離和提純工作是一項艱巨而繁重的任務，需根據(jù)蛋白的特性選擇合適的純化方法來提高獲得的蛋白制品的純度。
　　蛋白純化系統(tǒng)的原理為：不同蛋白質(zhì)的氨基酸序列及空間結(jié)構不同，導致其在物理、化學、生物學等性質(zhì)上存在差異，利用待分離蛋白質(zhì)與其它蛋白質(zhì)性質(zhì)上的差異，即可以設計出一套合理的蛋白純化系統(tǒng)方案。
　　蛋白純化系統(tǒng)大致分為粗分離階段和精細純化階段兩個階段。粗分離階段主要將目的蛋白和其他細胞成分如RNA、DNA等分開，常用的方法為硫酸銨沉淀法。精細純化階段的目的是把目的蛋白與其他大小及理化性質(zhì)接近的蛋白區(qū)分開來，常用的方法有：凝膠過濾層析、離子交換層析、疏水層析、親和層析等。
　　凝膠過濾（也叫排阻層析或分子篩）是一種根據(jù)分子大小從混合物中分離蛋白質(zhì)的方法。不同蛋白的形狀及分子大小存在差異，在混合物通過含有填充顆粒的凝膠過濾層析柱時，由于各種蛋白的分子大小不同，擴散進入特定大小孔徑顆粒內(nèi)的能力也各異，大的蛋白分子會被先洗脫出來，分子越小，越晚洗脫，從而達到分離蛋白的目的。一般來說，凝膠過濾層析柱越細、越長純化的效果越好。凝膠過濾層析詳細介紹
　　凝膠過濾層析所能純化的蛋白分子量范圍很寬，純化過程中也不需要能引起蛋白變性的有機溶劑。缺點是所用樹脂有輕度的親水性，電荷密度較高的蛋白容易吸附在上面，不適宜純化電荷密度較高的蛋白。