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翊圣推出華大MGI平臺整體解決方案

來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2019年12月03日 15:46  

 

翊圣推出華大MGI平臺整體解決方案

“基因科技,造福人類”是華大基因堅持不變的使命,近幾年隨著華大技術(shù)的不斷突破,測序平臺的不斷完善,華大基因已經(jīng)成為國產(chǎn)高通量測序儀的中堅力量。

 

“國產(chǎn)試劑,助力中國智造”,致力于成為分子酶產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新者,翊圣生物一直保持對高通量測序技術(shù)的高度關(guān)注,并長期專注于分子酶原料及建庫試劑盒等產(chǎn)品研發(fā)和生產(chǎn),加上與華大平臺的密切合作,現(xiàn)推出華大平臺建庫的完整解決方案,可滿足主流的測序應(yīng)用。

 

解決方案part1

Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit for MGI®

——全能型DNA建庫試劑盒,建庫試劑“*”

★適用樣本類型廣: cfDNA、FFPE在內(nèi)的所有樣本均能獲得優(yōu)異文庫

★應(yīng)用范圍廣:應(yīng)用于全基因組測序、靶向捕獲測序、Chip-seq等

★兩大秘密武器:*效連接酶與強擴增效率高保真酶

★品質(zhì)穩(wěn)定:嚴格的批次性能與穩(wěn)定性質(zhì)控

數(shù)據(jù)展示:

1)13310建庫試劑盒適用于不同樣本,均可高效建庫

Template

1 ngcfDNA

50 ng—小牛超聲

10 ngFFPE超聲

建庫試劑

小樣

對照

小樣

對照

小樣

對照

Cycles

13

8

10

Concentration

(ng/μL)

32.6

29.6

30.2

30.4

87.6   82.8

82.6   79.0

59.6   68.0

50.4   53.6

Average

31.1

30.3

85.2

80.8

63.8

52.0

Total(ng)

995.2

969.6

2726

2585

2041

1664

2)使用13310建庫試劑可獲得高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)

全基因組測序(WGS

樣本信息:human cell line N12878

試劑盒:Yeasen機械Vs MGI demo

測序類型:MGISEQ-2000  High-throughput Sequencing Set (PE 150)

數(shù)據(jù)分析:MegaBOLT+GATK

結(jié)論:Yeasen機械法建庫試劑,上機測試結(jié)果與華大demo相比,SNP變異檢測性能一致,INDEL變異檢測性能更高。

 

 

Yeasen-超聲約150ng

MGI-demo

1-1

1-2

2-1

2-2

Raw bases (bp)

92238502500

86419274400

95887631200

95354400400

GC content (%)

41.19

41.16

41.55

41.56

Clean  Q20 (%)

95.615

95.53

97.13

97.115

Clean  Q30 (%)

86.475

86.285

89.915

89.925

Mapping rate (%)

99.42

99.41

99.36

99.33

Duplicate rate (%)

0.83

0.79

2.5

2.51

snp_Precision

0.9989

0.9987

0.9988

0.9986

snp_Sensitivity

0.9905

0.9918

0.9816

0.9854

snp_F-measure

0.9947

0.9952

0.9901

0.992

indel_Precision

0.9459

0.9431

0.932

0.9322

indel_Sensitivity

0.9189

0.9105

0.8766

0.8759

indel_F-measure

0.9322

0.9265

0.9034

0.9032

 

解決方案part2

Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI®

——酶切法建庫試劑盒,酶切“一步法”

★操作簡便:樣本片段化到接頭連接,一管內(nèi)完成;

★高效的片段化酶:偏好性極低,完美替代轉(zhuǎn)座酶法建庫;

★投入量范圍廣:500 pg-1 μg DNA樣本實現(xiàn)穩(wěn)定建庫;

★試用樣本多:基因組DNA、全長cDNA、FFPE DNA樣本。

 

數(shù)據(jù)展示:

1)高效酶切,酶切產(chǎn)物片段大小只與酶切時間有關(guān),與樣本的投入量和樣本的GC含量均無相關(guān)性。

 

2)適用多樣本建庫,不同投入量,酶切均可高效建庫

Template

500pg  小牛

2ng-小牛

100ng-小牛

5ng-FFPE

10ng-FFPE

建庫試劑

小樣

對照

小樣

對照

小樣

對照

小樣

對照

小樣

對照

Cycles

14

11

7

11

11

Concentration

(ng/μL)

14.0

17.5

17

16.6

114

93.8

22.6

17.3

34.0

31.2

Total(ng)

448

560

544

531.2

3648

3001.6

723.2

553.6

1088

998.4

3)酶切建庫可獲得高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)

全基因組測序(WGS

樣本信息:human cell line N12878

試劑盒:Yeasen酶切法Vs Enzy* 酶切

測序類型:MGISEQ-2000  High-throughput Sequencing Set (PE 100)

數(shù)據(jù)分析:MegaBOLT+GATK

結(jié)論:Yeasen酶切法建庫試劑盒對比Enzy* 酶切法建庫,SNP變異檢測性能更強,INDEL變異檢測性能更高。

 

 

Yea-50ng-酶切

Enzy-50ng-酶切

3-1

3-2

4-1

4-2

Raw bases (bp)

109966280700

101567894100

90543565800

107930258600

GC content (%)

41.17

41.23

40.43

40.25

Clean Q20 (%)

98.205

98.315

98.405

98.36

Clean Q30 (%)

92.66

93.005

93.425

93.255

Mapping rate (%)

99.55

99.57

99.58

99.56

Duplicate rate (%)

2.49

2.8

2.32

2.63

snp_Precision

0.9988

0.9987

0.9975

0.9978

snp_Sensitivity

0.9905

0.988

0.9819

0.9839

snp_F-measure

0.9946

0.9933

0.9897

0.9908

indel_Precision

0.913

0.9091

0.8888

0.89

indel_Sensitivity

0.9026

0.8911

0.8477

0.8639

indel_F-measure

0.9078

0.9

0.8678

0.8768

 

解決方案part3

 

Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®

——高效環(huán)化試劑盒,兼容主流建庫試劑

★適用范圍廣:兼容主流建庫試劑盒(KAPA、華大等);

★快速環(huán)化:1小時快速環(huán)化,產(chǎn)物滿足DNB制備;

★環(huán)化效率高: cfDNA環(huán)化效率>30%,其它樣本>40%;

★品質(zhì)穩(wěn)定:嚴格的批次性能與穩(wěn)定性質(zhì)控

 

 

解決方案part4

Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®

——兼容常規(guī)鏈與鏈特異性建庫試劑盒,mRNA建庫“一盒雙用”

★樣本適用范圍廣:耐高溫,適合復(fù)雜模板 mRNA 建庫;

★片段化可控: 片段大小均可選擇合適的打斷條件;

★文庫質(zhì)量優(yōu)異: 多樣本類型測試,結(jié)果均能滿足不同客戶需求;

★測序質(zhì)量優(yōu)異: rRNA 殘留更低,有效數(shù)據(jù)占比更多。

 

解決方案part5

Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI®

配套接頭——滿足96種樣本數(shù)據(jù)的拆分

 

Hieff NGS® DNA Selection Beads

精準分選——完美替換AMPure XP

 

dsDNA HS Assay Kit for Qubit®

雙鏈DNA定量神器——5min精確定量文庫

 

產(chǎn)品信息

 

產(chǎn)品信息

名稱

貨號

規(guī)格

全能型建庫試劑盒

Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit for MGI®

13310ES08/16/96

8/16/96T

酶切法建庫試劑盒

Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI®

13321ES08/16/96

8/16/96T

mRNA建庫試劑盒

Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®

13331ES08/16/96

8/16/96T

環(huán)化試劑盒

Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®

13341ES08/16/96

8/16/96T

rRNA去除試劑盒

Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

12253ES08/24/96

8/24/96T

接頭

Hieff  NGS® Complete Adapter Kit for MGI®

13360-62

4/16/100T

磁珠

Hieff NGS® DNA Selection Beads

12601ES08/56/75

5/60/450mL

Qubit定量

dsDNA HS Assay Kit for Qubit®

12640ES60/76

100/500T

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