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通常，一根色譜柱在分析數(shù)千個(gè)樣品之后性能仍然保持良好，但也有的柱僅分析不多的樣品后幾乎就報(bào)廢了。影響柱壽命和其它問(wèn)題的因素多，而有些因素是操作者難控制的，如果被分析的樣品（如分析生物樣品），怎么凈化樣品也是“臟”的，好于色譜柱的影響是非常大的。然而采取下列措施后，在多數(shù)情況下總能夠人為地減少柱上故障，達(dá)到延長(zhǎng)柱壽命的目的。
1．加流路過(guò)濾器和保護(hù)柱
流路過(guò)濾器緊靠進(jìn)樣閥后面，位于分析柱前。0.5μm燒結(jié)不銹鋼片夾在死體積小的套子中，擋住來(lái)源于樣品和進(jìn)樣閥墊圈的微粒入柱。因?yàn)槊總€(gè)樣品都過(guò)濾既費(fèi)事又帶來(lái)誤差，樣品量少過(guò)濾更困難，因此流路上裝過(guò)濾器是比較省事的辦法。也可以在流路加上保護(hù)柱，放在流路過(guò)濾器和分析柱之間，或者代替流路過(guò)濾器。保護(hù)柱的使命是收集阻塞柱進(jìn)口的來(lái)自樣品的化學(xué)“垃圾”。這程垃圾終隱藏低柱效能。保護(hù)柱應(yīng)該是小體積，用分析柱的同種填料填裝。保護(hù)柱使用得當(dāng)，對(duì)分離無(wú)影響，好像未裝保護(hù)柱一樣。有些廠商的商品將保護(hù)柱都是用短柱、不過(guò)3cm長(zhǎng)，內(nèi)徑2～3mm，用較大粒度的填粒（15～20μm）干法填裝，會(huì)使分析柱的效能有所降低。
2．避免壓沖擊
一般色譜柱都能經(jīng)得起壓，但經(jīng)不起突然變化的壓沖擊。引起壓突然沖擊，主要是因樣品閥的緩慢轉(zhuǎn)動(dòng)、泵起動(dòng)快，柱切換操作等。等面已討論過(guò)，轉(zhuǎn)動(dòng)六通進(jìn)樣閥時(shí)從泵到柱的液流會(huì)瞬時(shí)切斷。在閥的泵側(cè)壓力升，在閥的柱側(cè)壓力降低（變化過(guò)20%）。閥轉(zhuǎn)到底后壓力突然沖擊一下恢復(fù)正常，手動(dòng)進(jìn)樣閥的變化不大，自動(dòng)進(jìn)樣閥比較慢，可能造成壓力沖擊，可用氦氣代替空氣驅(qū)動(dòng)進(jìn)樣閥。因氨壓縮系數(shù)小。另外泵起動(dòng)不應(yīng)過(guò)快，可分步操作。如用3ml/min流速，從1mL/min到2mL/min，然后再3ml/min，每個(gè)間隔應(yīng)大于20s。
柱切換技術(shù)的應(yīng)用也，切換過(guò)程中在色譜柱的入口處壓力在零到數(shù)字之間變化，會(huì)快使柱報(bào)廢。
3．分離條件
多數(shù)色譜柱有寬的試驗(yàn)條件范圍，但具體應(yīng)用又受到限制，主要是pH值、柱溫和流動(dòng)相的選擇。
硅膠為基質(zhì)的鍵合相要求pH在2.5～7之間，pH的流動(dòng)相能“溶解”硅膠，使鍵合相流失。結(jié)果非堿性組分峰變寬。如果一定要用或低pH的流動(dòng)相，可加預(yù)柱（飽和柱）。預(yù)柱裝在泵和進(jìn)樣閥之間，用分析柱相同的填料填裝，或者用普通硅膠。硅膠飽和了流動(dòng)相。減少了分析柱填料的損失。預(yù)柱不要求柱效，用價(jià)格低的一般硅膠疏松地填裝，按期檢查硅膠的溶解情況。用預(yù)柱也有不利的影響。即流動(dòng)相難以平衡，保留時(shí)間不穩(wěn)定或穩(wěn)定慢。使用了預(yù)柱一定要加流路過(guò)濾器，以防止硅膠微粒引起的麻煩。
以硅膠為基質(zhì)的柱和陰離子交換柱過(guò)60℃后，會(huì)增加對(duì)流動(dòng)相中化學(xué)物質(zhì)的吸附。在溫下用小顆粒柱引起柱床塌陷，降低柱效，改變峰形。在4℃以上使用3μm柱，70℃以上使用5μm柱，會(huì)使N值降低50%。
有些流動(dòng)相中的溶劑不能用于某些柱，如小顆粒的聚苯乙烯填料不能用于非水的排阻色譜。另一方面，有些柱與某些溶劑（如四氫呋喃）一旦達(dá)到平衡，不要隨意改用其它溶劑。有關(guān)這些填料，可以參見(jiàn)有關(guān)資料。
水溶性流動(dòng)相會(huì)引起微生物生長(zhǎng)而造成阻塞柱。色譜柱應(yīng)存放在純有機(jī)溶劑或加了50%有機(jī)溶劑的水中。凝膠柱可存放在水溶性緩沖液中，同時(shí)加0.01%疊氮鈉以防止微生物的生長(zhǎng)。
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