凍干機控制系統(tǒng)應具有凍干曲線設定、除菌滅菌、在線清洗、真空控制，干燥狀態(tài)檢測，故障報警器維修檢查等功能。一個研發(fā)凍干機或者生產(chǎn)型凍干機或者中試型凍干機的控制系統(tǒng)要能進行全自動的凍干控制，包括預凍、加熱、抽真空、壓塞、放氣、除菌滅菌等。在觸摸屏上可以顯示溫度，壓力，時間，周期狀態(tài)等，也可以顯示報警信息?？刂葡到y(tǒng)應可預先設置凍干曲線，當進行全自動操作時，控制著系統(tǒng)需要將預先設置好的凍干曲線送入可編程控制器plc，只需要按下執(zhí)行即可自動執(zhí)行.凍干機軟件可記錄各種運行設備的累計運行時間、歷史記錄、隨機和定時數(shù)據(jù)報表曲線等.同時自動記錄多項故障和事件發(fā)生，多點記錄儀可顯示制品溫度，干燥箱體真空泵的真空度等，同時對冷阱的溫度進行報警監(jiān)視，對于中間任何階段可以隨時進行人工干預（有權限的）.

凍干過程中各階段要求對影響凍干質(zhì)量的各種物理參數(shù)，如干燥箱內(nèi)部的真空度、制品溫度、板層溫度、清洗、滅菌、壓力、設備運行時間等進行完整的記錄.。凍干機控制系統(tǒng)著重強調(diào)凍干工藝的準確完成和電子記錄的完整性即可追溯性.主要包含1、密碼保護.2、電子記錄可追溯性3、電子記錄完整性。4電子記錄文件格式應是不可更改.

凍干控制系統(tǒng)顯示界面主要包含1.系統(tǒng)內(nèi)所有部件的運行狀況；2.執(zhí)行操作信息及報警；3.記錄凍干周期的參數(shù)；4.處理和存儲操作數(shù)據(jù)；5.提供凍干過程報告；。6排除可能發(fā)生的誤操作；7防止未被授權的人員進入操作系統(tǒng)。

凍干機的操作系統(tǒng)的功能應得到zui大程度的利用，可以自動化的減少人為操作，為批量生產(chǎn)和放大生產(chǎn)打下基礎。但是凍干機應帶半自動操作，也就是前期工藝摸索的過程是采用半自動操作的，等工藝摸索出來可以采用全自動模式運行。