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干貨分享|磁珠常見問題與解決方案

來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2020年06月02日 08:55  

干貨分享|磁珠常見問題與解決方案

 

高通量測序技術(shù)的跨越式發(fā)展,使測序能力大幅上升在整個NGS工作流程中,磁珠是*的產(chǎn)品。

磁珠通過磁顆粒活性基團在一定條件下可與核酸結(jié)合和解離的原理,將樣本中目的片段分離??蓪崿F(xiàn)對核酸樣本的高通量自動化操作,廣泛應(yīng)用于基因測序以及分子診斷領(lǐng)域。

看起來很簡單的純化/分選實驗,卻在實際實驗中有各種意外的情況。那關(guān)于磁珠產(chǎn)品選擇和產(chǎn)品使用方面有什么需要注意的事項呢?接下來小翊將從磁珠的外觀、儲存、應(yīng)用和使用效果逐一對癥分析,希望能幫助大家了解磁珠實驗中的那些事。

磁珠外觀

Q:如何從磁珠的外觀區(qū)分磁珠是否正常

A:正常磁珠靜置時,微珠與buffer分層,聚集在瓶身底部,使用前震蕩混勻,微珠均勻分布在buffer中。非正常磁珠由于 β-巰基乙醇、DTT、pH差值大等因素,影響磁珠的均一性,使得磁珠粘稠,聚集成塊或出現(xiàn)掛壁的現(xiàn)象。

圖1:正常磁珠外觀圖

 

 

2非正常磁珠外觀圖

 

磁珠儲存

Q: 不小心將磁珠放到-20℃,但未結(jié)冰,是否可以繼續(xù)使用?

A:不建議使用。因為低溫會破壞磁珠的結(jié)構(gòu),使得磁珠的抓取效率降低,影響磁珠回收性能。

Q:磁珠未開封的時候4℃保存,開封后一直室溫保存使用,是否會影響磁珠的回收性能?

A:室溫放置對磁珠的回收性能會有一定影響,不建議室溫放置太久,使用完后建議4保存。PEG分離效果易受pH、溫度等影響。

 

磁珠應(yīng)用

Q:磁珠分選的原理是什么?

A:第—輪磁珠結(jié)合分子量較大的DNA,通過丟棄磁珠去除這部分產(chǎn)物;第二輪磁珠結(jié)合剩余產(chǎn)物中分子量較大的DNA,通過丟棄上清去除分子量較小的DNA。

初始樣品中的很多組分都會干擾雙輪磁珠分選效果。因此,當(dāng)分選方案執(zhí)行位置不同時,雙輪磁珠使用量也不盡相同。

Q:產(chǎn)品的主要應(yīng)用是什么?
A:產(chǎn)品主要應(yīng)用于高通量測序DNA///片段的純化和分選。對于PCR或者酶切DNA產(chǎn)物的純化也可以使用??梢杂行コ齞NTP,引物,引物二聚體,接頭,接頭二聚體,鹽離子等雜質(zhì)。

Q:產(chǎn)品可以重復(fù)使用嗎?
A:產(chǎn)品不可以重復(fù)使用,乙醇洗脫步驟將影響磁珠表面活性基團性能。

Q:與AMPure XP相比,怎么樣?
A:我們的產(chǎn)品制備原材料*進口,可以完美替代AMPure XP Beads。在使用方法,文庫大小分布和回收效率上,與AMPure XP Beads*一致,您可以直接按照AMPure XP Beads的操作方式使用,無需摸索條件。

Q: 磁珠可以吸附ssDNA嗎?

A:可以回收單鏈DNA,具體性能沒有測試過。附圖是Beckman磁珠回收單鏈DNA的數(shù)據(jù),可以作為參考。

 

3XP磁珠回收單鏈DNA效果圖

Q: 分選磁珠可以純化gDNA嗎?

A:翊圣分選磁珠測試過大20kb的片段,回收率>90%?;蚪M DNA 未測試過,測試時,由于大DNA與磁珠結(jié)合的非常緊,建議盡量增加洗脫液體積,避免干燥時間過久。

Q: 分選磁珠是否可以進行片段產(chǎn)物純化?

A: 根據(jù)客戶反饋結(jié)果,分選磁珠可以進行片段產(chǎn)物的純化。0.8×磁珠可以吸附 200 bp 以上的產(chǎn)物,通過去除上清即可對 200 bp 以下的片段進行去除;1.4×磁珠可以吸附 150 bp 以上的產(chǎn)物,通過去除上清即可對 150 bp 以下的片段進行去除。

Q:磁珠的DNA結(jié)合能力怎么樣?

A:在目前的磁珠體系中,磁珠的吸附能力均為過飽和,客戶不必擔(dān)心磁珠結(jié)合能力不足的情況。根據(jù)已知的報道,每1 μL磁珠可以結(jié)合7 μg DNA。

Q: 使用磁珠吸附小片段的時候,大片段也會吸附上來嗎?

A: 磁珠優(yōu)先吸附大片段,增大磁珠投入量時,磁珠會在吸附大片段的基礎(chǔ)上增強吸附小片段的能力。

舉例說明:參考磁珠純化分選表,100 μL樣本,加入80 μL磁珠Cat#12601,此時磁珠上吸附的是>350 bp的片段,但是,當(dāng)磁珠投入量至100 μL時,磁珠上吸附的是>200 bp的片段。

Q:分選磁珠是否可以用于提取DNA?

 A:使用分選磁珠可以實現(xiàn)直接將樣本裂解后用磁珠將其中的gDNA提取出來,可能效率沒有試劑盒的高,因為我們這款磁珠的定位是在純化和分選。

磁珠使用效果

Q:使用磁珠分選/純化之后,還有小片段殘留是怎么回事?

 

4二聚體殘留效果圖

A:小片段殘留大部分是接頭二聚體(127bp)/引物二聚體(80bp)。若純化,降低磁珠比例;若分選:可適當(dāng)降低二輪磁珠比例可有效改善此類情況。

Q:磁珠回收率低可能的原因是什么?

A:1)磁珠與DNA混勻不充分,未能充分吸附。建議反應(yīng)體系充分混勻;

2)磁珠比例不對,建議按照說明書進行選擇合適的比例;

3)孵育時間不足,保證孵育時間至少5 min;

4)磁珠分選時,二輪磁珠吸附的時候吸到磁珠??稍?00 μL 槍頭前串聯(lián) 10μL槍頭用于移液,可防止吸到磁珠;

5)磁珠洗滌時的乙醇非現(xiàn)配,導(dǎo)致乙醇濃度過低,建議乙醇濃度不低于70%;

6)干燥過度:磁珠長時間干燥導(dǎo)致表面龜裂,DNA難以洗脫,得率降低;建議干燥時間不宜過長,表面剛出現(xiàn)龜裂即可;

7)洗脫液體積不足:終洗脫液應(yīng)*覆蓋管內(nèi)磁珠。

Q:純化后DNA在后續(xù)實驗中表現(xiàn)不理想。
A:由乙醇殘留引起,可能是操作時磁珠分離時間過短或磁力器磁力較弱,洗脫步驟中吸取上清速度過快等。建議確保在后一步洗滌結(jié)束后,溶液中無殘留乙醇。磁珠可于室溫干燥5-10分鐘,使乙醇*干燥。

Q: 使用 12601 分選磁珠,分選出的文庫大小不對稱是怎么回事?

 

5分選文庫大小不對稱效果圖

A:操作問題,磁珠比例應(yīng)嚴(yán)格按照說明書,另外移液時為避免吸到磁珠,底部需殘留 1-2μL 液體。

 

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