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離心超濾管通常不需要預處理即可使用（也有人說用蒸餾水洗一次會好些），不過對于蛋白質(zhì)樣本處理，特別是較稀的蛋白質(zhì)溶液來說(<10ug/mL)，用超濾膜濃縮回收率常常是不定量的。雖然PES材料使非特異吸附小化，但是，某些蛋白，特別是稀的時候，會有問題。非特異結(jié)合的程度隨著個別蛋白結(jié)構(gòu)的不同而不同。含有帶電的或者疏水結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)更易于不可逆結(jié)合到不同表面。對超濾離心管表面做鈍化預處理可降低蛋白質(zhì)在膜表面的吸附性損失，大多數(shù)情況下，在濃縮稀蛋白溶液之前預處理柱子可以提高回收率，因為溶液可填滿膜和表面暴露的空白蛋白吸附位點。鈍化的方法是預先用高容積的鈍化溶液預浸泡柱子1小時以上，蒸餾水*沖洗柱子，再用蒸餾水離心一次以*除去可能殘留在膜上的鈍化溶液。注意鈍化處理后別讓膜干了。離心超濾管如果要留待以后使用，需要加無菌蒸餾水保持膜濕潤。常用的鈍化溶液可選擇：
1、1％牛血清白蛋白磷酸緩沖液溶液
2、5％十二烷基磺酸鈉蒸餾水水溶液
3、5％Tween-20非離子活性劑蒸餾水溶液
4、5％Triton-X 蒸餾水溶液
5、5％聚乙二醇化合物蒸餾水溶液
6、1％免疫球蛋白IgG磷酸緩沖液溶液
離心超濾管因為需要高速離心，某些對剪切力或壓力誘導下易變性的不穩(wěn)定樣品可能不太適合。另外超濾膜上孔徑是平均孔徑，膜容易堵，對于有微小顆粒或者碎片的樣品，能先用較大孔徑的離心超濾管過濾一次，再進行下一步濃縮。
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