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全自動顯微鏡是一種很精密的儀器，在儀器使用中，顯微鏡廠家要求嚴格按照操作說明來使用，但是實際使用顯微鏡時，使用者為了操作簡便，往往簡化了操作程序，或者說使用了很多嚴重錯誤的操作，使顯微鏡出現(xiàn)了各種各樣的人為故障。導致全自動顯微鏡不能正常使用。這是不可取的。
下面列舉了常見的幾個嚴重的錯誤操作。
一，在使用一些常規(guī)的顯微鏡，比如生物，體視顯微鏡等等，由于顯微鏡的光學鏡頭是裸露在外，人手可觸摸到，有的實驗人員有意或者無意的會觸碰到目鏡或者物鏡的光學鏡片部分，這是十分不可取的，一般來說顯微鏡價格都很高，其中有價值的就是光學透鏡部分，光學透鏡對于顯微鏡來說就是整個儀器的心臟，中心，也是脆弱的，霧，油，水，汗液，都會對光學透鏡造成損傷。在顯微鏡的出廠說明書中，明確提出了不能觸碰顯微鏡的光學部分，輕者會對顯微鏡的透鏡造成污染，嚴重的甚至會對顯微鏡的鏡片造成的損傷。
二，對于生物顯微鏡來說，只能觀察生物切片。有的時候，鑒于一些特殊的物品，只能臨時性的制作成簡易切片，沒有用蓋玻片進行封裝，經(jīng)常有的樣品是液體物質(zhì)。在這種時候，有的操作者會移動顯微鏡或者是傾斜顯微鏡，這是十分嚴重的錯誤。因為液體樣品的緣故，在顯微鏡傾斜的時候，液體樣品會流出到顯微鏡的載物臺或者是聚光鏡部分。嚴重的會導致顯微鏡的聚光鏡嚴重損毀不能使用，這是得不償失的。正確的做法是，在使用這種臨時切片時，切忌移動顯微鏡或者傾斜顯微鏡。
三，在裝載好切片時，首先要進行的是對顯微鏡進行調(diào)焦。特別是在高倍物鏡的時候，由于物鏡和標本的距離非常近，甚至接觸到了標本的表面，對于沒有經(jīng)驗的操作者來說。經(jīng)常會把制作好的顯微鏡標本壓壞，這是輕者，嚴重的會損壞奧林巴斯BX43的物鏡部分。正確的操作方法是，在用高倍物鏡觀察標本是，不要雙眼只看目鏡，雙手調(diào)焦。而是在調(diào)焦的同時，注意觀察標本和物鏡的具體，以避免物鏡壓碎切片和對物鏡的損傷。
四，在使用顯微鏡的調(diào)焦系統(tǒng)時，轉動的速度過快或者使用的力度過大，輕者會造成顯微鏡的晃動或者不穩(wěn)定，重者會造成顯微鏡調(diào)焦系統(tǒng)的損壞，這也是一種部分不可取的操作，是很不好的習慣。廠商的出場說明中明確規(guī)定了，在調(diào)節(jié)顯微鏡的調(diào)焦系統(tǒng)時，用的力度一定要小，輕柔。轉動速度要慢，如果因為顯微鏡的硬件原因造成調(diào)焦困難。切不可用蠻力扭動旋鈕，而應該聯(lián)系顯微鏡廠家技術工程師進行上門維修。
五，在使用完顯微鏡后，很多使用者就直接離開實驗室，這也是十分錯誤的做法，正確的做法是，要先把顯微鏡進行清理，首先是對顯微鏡物鏡進行擦拭，特別是100倍油鏡，以避免物鏡被污染。如果使用環(huán)境潮濕，特別是在南方地區(qū)，鏡頭很容易起霧發(fā)霉，因此要求使用完以后把顯微鏡放置于專用的顯微鏡儲存箱，且在里面放入干燥劑，至此，顯微鏡的收納工作才算是完整。
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