當(dāng)建立內(nèi)切酶酶切反應(yīng)體系時有幾個關(guān)鍵因素需要考慮。比如如何在正確的反應(yīng)體系中,加入適量的DNA、內(nèi)切酶和緩沖液,就可以獲得最佳酶切效果。根 據(jù)定義,在50μl體系中,1單位的限制性內(nèi)切酶可以在60分鐘內(nèi)*切割1μg的底物DNA。上述酶、DNA與總反應(yīng)體積的比值可以做為建立反應(yīng)體系的 參考數(shù)據(jù)。但是,目前大多數(shù)科研人員會遵循下表中所列的標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)條件,使用5-10倍的過量酶切割DNA,這樣有利于克服由于DNA來源不同、質(zhì)量和純度 不同而造成的實驗失敗。
“標(biāo)準(zhǔn)”反應(yīng)體系
內(nèi)切酶
從冰箱取出后請一直置于冰上。
酶最后加入到反應(yīng)體系中。
加入酶之前將反應(yīng)混合物混勻,可以用移液槍上下吹打或輕彈管壁,然后在離心機中快速離心。切忌振蕩混勻!
當(dāng)切割超螺旋質(zhì)粒和瓊脂糖包埋DNA時,通常需要超過1unit/μg的酶量以達到*酶切。
DNA
避免酚、氯仿、酒精、EDTA、變性劑或過多鹽離子的污染。
甲基化的DNA會抑制某些酶的切割效率。
緩沖液
使用終濃度為1X的緩沖液。
根據(jù)實驗需要加入終濃度為100μg/ml的BSA(1:100稀釋)。
在不需要BSA即可達到最佳活性的酶切反應(yīng)中如果加入BSA也不會影響酶切效果。
反應(yīng)總體積
建議在50μl反應(yīng)體系中消化1μg底物DNA。
為避免星號活性,甘油濃度應(yīng)<5%。
加入內(nèi)切酶(貯存于50%甘油中)的量應(yīng)不超過總體積的10%。
使用以下技術(shù),內(nèi)切酶的反應(yīng)條件可能未達到最佳反應(yīng)條件:克隆、基因分型、突變檢測、基因定位、探針制備、測序和甲基化檢測等。
內(nèi)切酶貯存液中的添加物(如:甘油和鹽)和底物溶液中尚存的殘余物(如:鹽、EDTA或乙醇)會導(dǎo)致小體積反應(yīng)體系出現(xiàn)問題。NEB提供了一系列高保真內(nèi)切酶(方便建立反應(yīng)體系。下述為小體積反應(yīng)體系反應(yīng)指南。
酶切反應(yīng)體系的選擇
反應(yīng)時間
標(biāo)準(zhǔn)一小時。
可加入過量的酶以縮短反應(yīng)時間,或者使用能夠快速酶切的內(nèi)切酶。
對于許多酶,都可以用更少單位的酶消化16小時。
終止反應(yīng)
若消化后的DNA不需要進行后續(xù)的實驗操作:
用終止液終止反應(yīng)【50%甘油、50mMEDTA(pH8.0)和0.05%溴酚藍(NEB#B7021)】。按每50μl反應(yīng)體系中加入10μl的比例進行。
若消化后的DNA需要進行后續(xù)的實驗操作:
用熱失活法。
利用商業(yè)化的離心柱或酚/氯仿抽提去除內(nèi)切酶。
貯存
大多數(shù)內(nèi)切酶建議保存在-20℃。只有少數(shù)內(nèi)切酶若貯存時間超過30天建議保存在-70℃。詳細(xì)的貯存信息請參閱內(nèi)切酶使用說明書或目錄。
10X反應(yīng)緩沖液和BSA貯存液也應(yīng)保存在-20℃。
不要將BSA直接加入到10X反應(yīng)緩沖液中再凍存,因為這樣BSA會產(chǎn)生沉淀。
穩(wěn)定性
在任何情況下,都應(yīng)盡可能的避免將酶置于高于-20℃的溫度下。
對照反應(yīng)
如果在切割底物DNA時遇到了問題,建議加入以下對照實驗:
沒有加入內(nèi)切酶的實驗DNA,以檢測DNA制備和反應(yīng)緩沖液中是否存在污染。
加入了內(nèi)切酶的對照DNA(含有多個已知內(nèi)切酶切割位點的DNA,如LambdaDNA或腺病毒-2DNA),以檢測內(nèi)切酶的活性。
如果對照DNA能夠被切割而實驗中的底物DNA不能,可以將這兩種DNA混合在一起再進行酶切,以檢測實驗用的底物DNA中是否存在抑制反應(yīng)的物質(zhì)。如果確實存在某種抑制因子(通常為鹽、EDTA或酚),則混合之后對照DNA也不能被切割。
注意:由于某些酶與DNA結(jié)合的親和性非常高,所以不能很好地與產(chǎn)物分離。這樣在進行瓊脂糖凝膠電泳時就會出現(xiàn)彌散現(xiàn)象。若出現(xiàn)這種情況,可以在反應(yīng)結(jié)束后加入終濃度為0.1-0.5%的SDS,帶型會更加清晰。
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